Abstract
Toit sisaldab DNA jälgi taimedest, loomadest ja mikroorganismidest, mida on selle valmistamisel kasutatud või millega toit on kokku puutunud. DNA analüüs võimaldab tuvastada usaldusväärselt toidus olevaid komponente ja nende bioloogilist päritolu, mis omakorda võimaldab tuvastada inimese tervise seisukohast olulisi toidu koostisosi ja võltsinguid. Doktoritöö keskendub toidus olevate taimsete allergeenide DNA põhise tuvastamise metoodika arendamisele kasutades tänapäevast DNA sekveneerimise tehnoloogiat. Toidus olevate taimsete komponentide DNA analüüs eeldab taimegenoomide eripärade arvestamist ja unikaalsete genoomipiirkondade tuvastamist laboris. Toidu DNA analüüsiks kasutatavate PCR-põhiste meetodite puhul kasutatakse valitud liigi või organismirühma tuvastamiseks eelnevalt disainitud spetsiifilisi PCR praimereid. Samas võivad taimede genoomid sisaldada hulganisti praimerite disainiks sobimatuid kordusjärjestustustega genoomiregioone. Doktoritöö raames rakendati primer3_masker programmi taimede genoomide kordusjärjestustuste analüüsiks, et tuvastada veelgi täpsemalt taimede eristamiseks sobivaid genoomiregioone. Paljude erinevate taimede tuvastamine töödeldud toidust on kulutõhusam kasutades teise põlvkonna DNA sekveneerimise tehnoloogiat ja efektiivsemaid andmeanalüüsi meetodeid. Doktoritöö käigus töötati välja unikaalne bioinformaatiline metoodika taimede tuvastamiseks, mille käigus analüüsitakse kogu toidus leiduvat DNA-d. Huvipakkuvate taimede tuvastamiseks kasutatakse sadu lühikesi ja spetsiifilisi plastiidi genoomist pärit DNA järjestusi ehk k-meere. Lühikeste k-meeride rakendamine võimaldab taimede tuvastamist ka töödeldud toidust, milles on DNA lagunenud lühikesteks fragmentideks
Author and committee
dc:creator, dc:contributor.*- Author
-
- Raime, Kairi
Subjects
dc:subject × 6Identifiers
dc:identifier.*- Identifier
- hdl:10062/73049
- OAI identifier oai:identifier
- oai:dspace.ut.ee:10062/73049