Impiego di tecniche innovative per la valorizzazione e caratterizzazione molecolare di specie vegetali ornamentali

L'obiettivo di questo lavoro è stato quello di valutare la capacità dell approccio DNA barcoding per identificare diversi gruppi tassonomici da due collezioni di piante da fiore: taxa commerciali più rilevanti, provenienti dalla produzione in vivaio e piante autoctone mediterranee con atteggiamento ornamentale per nuova introduzione. L analisi del DNA barcoding dei core markers, rbcL e matK, è stato adottato come primo passo per l identificazione di 100 taxa appartenenti a 20 famiglie. Un terzo marcatore, la regione intergenica trnH-psbA, è stato anche testato su 74 taxa, dove i core markers indicati hanno presentato difficoltà. Sequenze di DNA barcode sono state recuperate sulla quasi totalità dei taxa investigati (98%). Le sequenze del gene rbcL sono state quelle più recuperate su 96 taxa e matK su 78. Le sequenze trnH-psbA sono state recuperate su 62 taxa. In questo studio 61 taxa complessivamente (61%) sono stati risolti totalmente a livello specifico o subspecifico, da almeno uno dei tre marcatori. I loci matK e rbcL hanno risolto rispettivamente il 44% e 35% dei taxa sequenziati con successo. I core markers in approccio multilocus hanno portato alla risoluzione del 49% dei taxa, incrementando il numero dei taxa risolti per singolo locus. Il trnH-psbA è stato in grado di discriminare il 52% dei taxa analizzati e risultando determinante nella discriminazione di 14 taxa. Quattro famiglie che includono il maggior numero di taxa (Arecaeae, Fabaceae, Euphorbiaceae, Asteraceae), sono stati valutati in termini di distanza genetica (K2P%). Tra i core markers, matK ha espresso la più alta distanza genetica, da 1,5% a 6,4%, contro un range di 0,7-2,1% di rbcL, confermando il suo superiore livello di risoluzione di specie. Tuttavia, tenendo conto delle alte performance tecniche del marcatore rbcL, l uso dei core markers appare un buon compromesso tra PCR, successo di sequenziamento e risoluzione a livello di specie. I risultati suggeriscono anche l utilizzo di trnH-psbA per incrementare i successi. Un approccio multilocus con ulteriori marcatori necessita di essere affrontato per diversi gruppi tassonomici, mediante la validazione di markers addizionali o le differenti combinazioni di primer, in particolare per matK, par aumentare i successi di identificazione. Nonostante l evidenza di gruppi criptici, i risultati confermano il potenziale dell approccio barcoding per una rapida identificazione di sconosciuti ed eterogenei gruppi di piante. Questo lavoro mette in evidenza anche l importanza di generare un dataset più ampio di riferimento per la flora ornamentale, utile per risolvere le controversie tassonomiche e sostenere la tracciabilità commerciale mediante specifiche schede ottiche associate ad ogni pianta sul mercato.

Grantor dc:publisher

Università degli studi di Catania

Year dc:date

2014

Author dc:creator

• DILIBERTO, GIUSEPPE

Contributors dc:contributor

• ROMANO, Daniela Maura Maria

• DNA barcoding
• molecular marker
• rbcL
• matK
• trnH-psbA

Statement dc:rights

• info:eu-repo/semantics/openAccess
• license:PUBBLICO - Pubblico con Copyright
• license uri:iris.PUB02

Language dc:language

ita

Handle dc:identifier

https://hdl.handle.net/20.500.11769/586533

OAI identifier oai:identifier

oai:www.iris.unict.it:20.500.11769/586533