Αλληλούχηση του barcoding γονιδίου COX1 σε είδη ασπονδύλων, υδατικών συστημάτων της Ελλάδας και δημιουργία πρότυπης βάσης αναφοράς για μελέτες metabarcoding και περιβαλλοντικού DNA (eDNA).

Παρότι τα υδρόβια Κολεόπτερα αποτελούν έναν από τους πιο ποικιλόμορφους και οικολογικά σημαντικούς οργανισμούς των οικοσυστημάτων γλυκού νερού παγκοσμίως, οι γνώσεις μας σχετικά με την ποικιλότητα και την κατανομή τους στην Ελλάδα, παραμένουν αποσπασματικές. Αν και η χώρα φιλοξενεί ιδιαίτερα υψηλό αριθμό ειδών υδρόβιων Κολεοπτέρων, πολλά από τα οποία είναι σπάνια και ενδημικά, δεν υπάρχει μέχρι σήμερα πλήρης κατάλογος ειδών, ούτε ταξινομικές κλείδες που να καλύπτουν το σύνολό τους. Επιπλέον, η Ελλάδα κατατάσσεται τελευταία στην Ευρώπη όσον αφορά την κάλυψη σε DNA barcodes για τα υδρόβια Κολεόπτερα, στις βάσεις γενετικών δεδομένων, περιορίζοντας έτσι την συμπερίληψη της ομάδας σε σύγχρονες μεθόδους βιοπαρακολούθησης, όπως το περιβαλλοντικό DNA (eDNA) και το metabarcoding. Στην παρούσα μελέτη, παρήχθησαν αλληλουχίες του μιτοχονδριακού γονιδίου COI για υδρόβια Κολεόπτερα που συλλέχθηκαν από υδατικά οικοσυστήματα στην Ελλάδα. Η πλειοψηφία των ατόμων Κολεοπτέρων που μελετήθηκαν, προήλθαν κυρίως από τον ποταμό Σπερχειό (Στερεά Ελλάδα), με συμπληρωματικά δείγματα από λίμνες και νησιωτικά υδατικά συστήματα. Αυτά συγκεντρώθηκαν, υπέστησαν διαλογή και ταξινομήθηκαν μορφολογικά σε επίπεδο είδους ή γένους και ακολούθησε εξαγωγή γενετικού υλικού, ενίσχυση με PCR, και αλληλούχηση. Οι παραχθείσες αλληλουχίες του γονιδίου COI, επαληθεύτηκαν μέσω της ορθότητας των μεταφρασμένων τους αμινοξέων, των γενετικών αποστάσεων και των φυλογενετικών δέντρων που κατασκευάστηκαν με τη μέθοδο Neighbor-Joining, και η τελική ανάθεση των ειδών στις αλληλουχίες έγινε, συνδυάζοντας μοριακά δεδομένα αναφοράς, φυλογενετικά στοιχεία και μορφολογικά δεδομένα. Το τελικό σύνολο δεδομένων που προέκυψε, συμπληρώθηκε με αλληλουχίες από προηγούμενες μελέτες και οργανώθηκε σε βάση αναφοράς, συνοδευόμενο από γεωγραφικά, οικολογικά και ταξινομικά μεταδεδομένα. Αυτή η πρότυπη βάση αναφοράς, προσφέρει μια οργανωμένη και αξιόπιστη πηγή πληροφοριών για τα υδρόβια Κολεόπτερα της Ελλάδας και αποσκοπεί να αποτελέσει εργαλείο υποστήριξης μελλοντικών εκτιμήσεων βιοποικιλότητας και μελετών βιοπαρακολούθησης που βασίζονται στο περιβαλλοντικό DNA (eDNA) και το metabarcoding, όσο και σε ευρύτερες οικολογικές και βιογεωγραφικές αναλύσεις.

Authors dc:creator

• ΚΟΥΤΡΑ ΠΟΛΥΞΕΝΗ-ΕΛΕΝΗ
• KOUTRA POLYXENI-ELENI

• Θετικές Επιστήμες
• Science

Language dc:language

Ελληνικά, Greek

Identifier

uoadl:5362421

OAI identifier oai:identifier

oai:lib.uoa.gr:uoadl:5362421