{"id":{"repo_id":"athens","oai_identifier":"oai:lib.uoa.gr:uoadl:5362421"},"canonical_url":"https://search.dev.ndltd.org/etd/athens/oai:lib.uoa.gr:uoadl:5362421","repository":{"repo_id":"athens","name":"National and Kapodistrian University of Athens","base_url":"https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/frontend/oaipmh"},"display":{"title":"Αλληλούχηση του barcoding γονιδίου COX1 σε είδη ασπονδύλων, υδατικών συστημάτων της Ελλάδας και δημιουργία πρότυπης βάσης αναφοράς για μελέτες metabarcoding και περιβαλλοντικού DNA (eDNA).","abstract":"Παρότι τα υδρόβια Κολεόπτερα αποτελούν έναν από τους πιο ποικιλόμορφους και οικολογικά σημαντικούς οργανισμούς των οικοσυστημάτων γλυκού νερού παγκοσμίως, οι γνώσεις μας σχετικά με την ποικιλότητα και την κατανομή τους στην Ελλάδα, παραμένουν αποσπασματικές. Αν και η χώρα φιλοξενεί ιδιαίτερα υψηλό αριθμό ειδών υδρόβιων Κολεοπτέρων, πολλά από τα οποία είναι σπάνια και ενδημικά, δεν υπάρχει μέχρι σήμερα πλήρης κατάλογος ειδών, ούτε ταξινομικές κλείδες που να καλύπτουν το σύνολό τους. Επιπλέον, η Ελλάδα κατατάσσεται τελευταία στην Ευρώπη όσον αφορά την κάλυψη σε DNA barcodes για τα υδρόβια Κολεόπτερα, στις βάσεις γενετικών δεδομένων, περιορίζοντας έτσι την συμπερίληψη της ομάδας σε σύγχρονες μεθόδους βιοπαρακολούθησης, όπως το περιβαλλοντικό DNA (eDNA) και το metabarcoding. Στην παρούσα μελέτη, παρήχθησαν αλληλουχίες του μιτοχονδριακού γονιδίου COI για υδρόβια Κολεόπτερα που συλλέχθηκαν από υδατικά οικοσυστήματα στην Ελλάδα. Η πλειοψηφία των ατόμων Κολεοπτέρων που μελετήθηκαν, προήλθαν κυρίως από τον ποταμό Σπερχειό (Στερεά Ελλάδα), με συμπληρωματικά δείγματα από λίμνες και νησιωτικά υδατικά συστήματα. Αυτά συγκεντρώθηκαν, υπέστησαν διαλογή και ταξινομήθηκαν μορφολογικά σε επίπεδο είδους ή γένους και ακολούθησε εξαγωγή γενετικού υλικού, ενίσχυση με PCR, και αλληλούχηση. Οι παραχθείσες αλληλουχίες του γονιδίου COI, επαληθεύτηκαν μέσω της ορθότητας των μεταφρασμένων τους αμινοξέων, των γενετικών αποστάσεων και των φυλογενετικών δέντρων που κατασκευάστηκαν με τη μέθοδο Neighbor-Joining, και η τελική ανάθεση των ειδών στις αλληλουχίες έγινε, συνδυάζοντας μοριακά δεδομένα αναφοράς, φυλογενετικά στοιχεία και μορφολογικά δεδομένα. Το τελικό σύνολο δεδομένων που προέκυψε, συμπληρώθηκε με αλληλουχίες από προηγούμενες μελέτες και οργανώθηκε σε βάση αναφοράς, συνοδευόμενο από γεωγραφικά, οικολογικά και ταξινομικά μεταδεδομένα. Αυτή η πρότυπη βάση αναφοράς, προσφέρει μια οργανωμένη και αξιόπιστη πηγή πληροφοριών για τα υδρόβια Κολεόπτερα της Ελλάδας και αποσκοπεί να αποτελέσει εργαλείο υποστήριξης μελλοντικών εκτιμήσεων βιοποικιλότητας και μελετών βιοπαρακολούθησης που βασίζονται στο περιβαλλοντικό DNA (eDNA) και το metabarcoding, όσο και σε ευρύτερες οικολογικές και βιογεωγραφικές αναλύσεις.","abstract_html":"Παρότι τα υδρόβια Κολεόπτερα αποτελούν έναν από τους πιο ποικιλόμορφους και οικολογικά σημαντικούς οργανισμούς των οικοσυστημάτων γλυκού νερού παγκοσμίως, οι γνώσεις μας σχετικά με την ποικιλότητα και την κατανομή τους στην Ελλάδα, παραμένουν αποσπασματικές. Αν και η χώρα φιλοξενεί ιδιαίτερα υψηλό αριθμό ειδών υδρόβιων Κολεοπτέρων, πολλά από τα οποία είναι σπάνια και ενδημικά, δεν υπάρχει μέχρι σήμερα πλήρης κατάλογος ειδών, ούτε ταξινομικές κλείδες που να καλύπτουν το σύνολό τους. Επιπλέον, η Ελλάδα κατατάσσεται τελευταία στην Ευρώπη όσον αφορά την κάλυψη σε DNA barcodes για τα υδρόβια Κολεόπτερα, στις βάσεις γενετικών δεδομένων, περιορίζοντας έτσι την συμπερίληψη της ομάδας σε σύγχρονες μεθόδους βιοπαρακολούθησης, όπως το περιβαλλοντικό DNA (eDNA) και το metabarcoding. Στην παρούσα μελέτη, παρήχθησαν αλληλουχίες του μιτοχονδριακού γονιδίου COI για υδρόβια Κολεόπτερα που συλλέχθηκαν από υδατικά οικοσυστήματα στην Ελλάδα. Η πλειοψηφία των ατόμων Κολεοπτέρων που μελετήθηκαν, προήλθαν κυρίως από τον ποταμό Σπερχειό (Στερεά Ελλάδα), με συμπληρωματικά δείγματα από λίμνες και νησιωτικά υδατικά συστήματα. Αυτά συγκεντρώθηκαν, υπέστησαν διαλογή και ταξινομήθηκαν μορφολογικά σε επίπεδο είδους ή γένους και ακολούθησε εξαγωγή γενετικού υλικού, ενίσχυση με PCR, και αλληλούχηση. Οι παραχθείσες αλληλουχίες του γονιδίου COI, επαληθεύτηκαν μέσω της ορθότητας των μεταφρασμένων τους αμινοξέων, των γενετικών αποστάσεων και των φυλογενετικών δέντρων που κατασκευάστηκαν με τη μέθοδο Neighbor-Joining, και η τελική ανάθεση των ειδών στις αλληλουχίες έγινε, συνδυάζοντας μοριακά δεδομένα αναφοράς, φυλογενετικά στοιχεία και μορφολογικά δεδομένα. Το τελικό σύνολο δεδομένων που προέκυψε, συμπληρώθηκε με αλληλουχίες από προηγούμενες μελέτες και οργανώθηκε σε βάση αναφοράς, συνοδευόμενο από γεωγραφικά, οικολογικά και ταξινομικά μεταδεδομένα. Αυτή η πρότυπη βάση αναφοράς, προσφέρει μια οργανωμένη και αξιόπιστη πηγή πληροφοριών για τα υδρόβια Κολεόπτερα της Ελλάδας και αποσκοπεί να αποτελέσει εργαλείο υποστήριξης μελλοντικών εκτιμήσεων βιοποικιλότητας και μελετών βιοπαρακολούθησης που βασίζονται στο περιβαλλοντικό DNA (eDNA) και το metabarcoding, όσο και σε ευρύτερες οικολογικές και βιογεωγραφικές αναλύσεις.","abstract_has_math":false,"creators":["ΚΟΥΤΡΑ ΠΟΛΥΞΕΝΗ-ΕΛΕΝΗ","KOUTRA POLYXENI-ELENI"],"institution":null,"degree_name":null,"degree_level":null,"degree_discipline":null,"degree_department":null,"school":null,"contributors":[],"advisors":[],"committee_chairs":[],"committee_members":[],"year":2026,"date_issued":"2026","date_published":"2026","updated_at":"2026-07-24T01:01:58Z","subjects":["Θετικές Επιστήμες","Science"],"languages":["Ελληνικά","Greek"],"rights":[],"rights_urls":[],"identifier_entries":[{"key":"dc:identifier","label":"Identifier","values":["uoadl:5362421"],"render_values":[{"text":"uoadl:5362421","href":null,"code":true}]}]},"links":{"outbound_url":"https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/5362421","outbound_label":"Repository record","outbound_source":"dc:identifier"},"metadata_groups":[{"id":"people","label":"People","entries":[{"key":"dc:creator","label":"Author","values":["ΚΟΥΤΡΑ ΠΟΛΥΞΕΝΗ-ΕΛΕΝΗ","KOUTRA POLYXENI-ELENI"]}]},{"id":"academic_context","label":"Academic Context","entries":[{"key":"dc:date","label":"Dc Date","values":["2026"]},{"key":"dc:type","label":"Dc Type","values":["born_digital_postgraduate_thesis","Διπλωματική Εργασία","Postgraduate Thesis"]}]},{"id":"subjects_keywords","label":"Subjects and Keywords","entries":[{"key":"dc:subject","label":"Dc Subject","values":["Θετικές Επιστήμες","Science"]}]},{"id":"language_rights","label":"Language and Rights","entries":[{"key":"dc:language","label":"Dc Language","values":["Ελληνικά","Greek"]}]},{"id":"identifiers","label":"Identifiers","entries":[{"key":"dc:identifier","label":"Identifier","values":["uoadl:5362421","https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/5362421"]}]},{"id":"additional","label":"Additional Metadata","entries":[{"key":"dc:description","label":"Description","values":["Παρότι τα υδρόβια Κολεόπτερα αποτελούν έναν από τους πιο ποικιλόμορφους και οικολογικά σημαντικούς οργανισμούς των οικοσυστημάτων γλυκού νερού παγκοσμίως, οι γνώσεις μας σχετικά με την ποικιλότητα και την κατανομή τους στην Ελλάδα, παραμένουν αποσπασματικές. Αν και η χώρα φιλοξενεί ιδιαίτερα υψηλό αριθμό ειδών υδρόβιων Κολεοπτέρων, πολλά από τα οποία είναι σπάνια και ενδημικά, δεν υπάρχει μέχρι σήμερα πλήρης κατάλογος ειδών, ούτε ταξινομικές κλείδες που να καλύπτουν το σύνολό τους. Επιπλέον, η Ελλάδα κατατάσσεται τελευταία στην Ευρώπη όσον αφορά την κάλυψη σε DNA barcodes για τα υδρόβια Κολεόπτερα, στις βάσεις γενετικών δεδομένων, περιορίζοντας έτσι την συμπερίληψη της ομάδας σε σύγχρονες μεθόδους βιοπαρακολούθησης, όπως το περιβαλλοντικό DNA (eDNA) και το metabarcoding. Στην παρούσα μελέτη, παρήχθησαν αλληλουχίες του μιτοχονδριακού γονιδίου COI για υδρόβια Κολεόπτερα που συλλέχθηκαν από υδατικά οικοσυστήματα στην Ελλάδα. Η πλειοψηφία των ατόμων Κολεοπτέρων που μελετήθηκαν, προήλθαν κυρίως από τον ποταμό Σπερχειό (Στερεά Ελλάδα), με συμπληρωματικά δείγματα από λίμνες και νησιωτικά υδατικά συστήματα. Αυτά συγκεντρώθηκαν, υπέστησαν διαλογή και ταξινομήθηκαν μορφολογικά σε επίπεδο είδους ή γένους και ακολούθησε εξαγωγή γενετικού υλικού, ενίσχυση με PCR, και αλληλούχηση. Οι παραχθείσες αλληλουχίες του γονιδίου COI, επαληθεύτηκαν μέσω της ορθότητας των μεταφρασμένων τους αμινοξέων, των γενετικών αποστάσεων και των φυλογενετικών δέντρων που κατασκευάστηκαν με τη μέθοδο Neighbor-Joining, και η τελική ανάθεση των ειδών στις αλληλουχίες έγινε, συνδυάζοντας μοριακά δεδομένα αναφοράς, φυλογενετικά στοιχεία και μορφολογικά δεδομένα. Το τελικό σύνολο δεδομένων που προέκυψε, συμπληρώθηκε με αλληλουχίες από προηγούμενες μελέτες και οργανώθηκε σε βάση αναφοράς, συνοδευόμενο από γεωγραφικά, οικολογικά και ταξινομικά μεταδεδομένα. Αυτή η πρότυπη βάση αναφοράς, προσφέρει μια οργανωμένη και αξιόπιστη πηγή πληροφοριών για τα υδρόβια Κολεόπτερα της Ελλάδας και αποσκοπεί να αποτελέσει εργαλείο υποστήριξης μελλοντικών εκτιμήσεων βιοποικιλότητας και μελετών βιοπαρακολούθησης που βασίζονται στο περιβαλλοντικό DNA (eDNA) και το metabarcoding, όσο και σε ευρύτερες οικολογικές και βιογεωγραφικές αναλύσεις.","Although aquatic Coleoptera are among the most diverse and ecologically significant groups of freshwater invertebrates in the world, knowledge of their diversity and distribution in Greece remains limited and fragmented. Despite the high species richness of aquatic Coleoptera in the country, including many rare and endemic taxa, comprehensive species checklists, taxonomic keys, and molecular reference data are still lacking. Greece, in particular, has the lowest coverage of DNA barcodes for aquatic Coleoptera in Europe, restricting the application of modern biomonitoring approaches such as environmental DNA (eDNA) and metabarcoding. In this study, we generated sequences of the mitochondrial gene, COI, for aquatic Coleoptera collected from freshwater ecosystems across Greece. The majority of the specimens originated from the Spercheios River (central Greece), with additional material coming from lakes and island aquatic systems. Specimens were morphologically identified to species or genus level, followed by DNA extraction, PCR amplification, and sequencing. The resulting COI sequences were validated through amino acid translation, genetic distance analyses, and Neighbor-Joining phylogenetic trees, and were taxonomically assigned using a combination of molecular reference databases, phylogenetic evidence, and morphological information. The final dataset was supplemented with previously generated sequences and organized into a reference database, containing geographic, ecological, and taxonomic metadata. This database provides a structured and reliable molecular resource for Greek aquatic Coleoptera and aims to support future biodiversity assessments and biomonitoring studies based on eDNA and metabarcoding, as well as broader ecological and biogeographical analyses."]},{"key":"dc:title","label":"Title","values":["Αλληλούχηση του barcoding γονιδίου COX1 σε είδη ασπονδύλων, υδατικών συστημάτων της Ελλάδας και δημιουργία πρότυπης βάσης αναφοράς για μελέτες metabarcoding και περιβαλλοντικού DNA (eDNA)."]}]}],"canonical_facts":{"dc:creator":["ΚΟΥΤΡΑ ΠΟΛΥΞΕΝΗ-ΕΛΕΝΗ","KOUTRA POLYXENI-ELENI"],"dc:date":["2026"],"dc:description":["Παρότι τα υδρόβια Κολεόπτερα αποτελούν έναν από τους πιο ποικιλόμορφους και οικολογικά σημαντικούς οργανισμούς των οικοσυστημάτων γλυκού νερού παγκοσμίως, οι γνώσεις μας σχετικά με την ποικιλότητα και την κατανομή τους στην Ελλάδα, παραμένουν αποσπασματικές. Αν και η χώρα φιλοξενεί ιδιαίτερα υψηλό αριθμό ειδών υδρόβιων Κολεοπτέρων, πολλά από τα οποία είναι σπάνια και ενδημικά, δεν υπάρχει μέχρι σήμερα πλήρης κατάλογος ειδών, ούτε ταξινομικές κλείδες που να καλύπτουν το σύνολό τους. Επιπλέον, η Ελλάδα κατατάσσεται τελευταία στην Ευρώπη όσον αφορά την κάλυψη σε DNA barcodes για τα υδρόβια Κολεόπτερα, στις βάσεις γενετικών δεδομένων, περιορίζοντας έτσι την συμπερίληψη της ομάδας σε σύγχρονες μεθόδους βιοπαρακολούθησης, όπως το περιβαλλοντικό DNA (eDNA) και το metabarcoding. Στην παρούσα μελέτη, παρήχθησαν αλληλουχίες του μιτοχονδριακού γονιδίου COI για υδρόβια Κολεόπτερα που συλλέχθηκαν από υδατικά οικοσυστήματα στην Ελλάδα. Η πλειοψηφία των ατόμων Κολεοπτέρων που μελετήθηκαν, προήλθαν κυρίως από τον ποταμό Σπερχειό (Στερεά Ελλάδα), με συμπληρωματικά δείγματα από λίμνες και νησιωτικά υδατικά συστήματα. Αυτά συγκεντρώθηκαν, υπέστησαν διαλογή και ταξινομήθηκαν μορφολογικά σε επίπεδο είδους ή γένους και ακολούθησε εξαγωγή γενετικού υλικού, ενίσχυση με PCR, και αλληλούχηση. Οι παραχθείσες αλληλουχίες του γονιδίου COI, επαληθεύτηκαν μέσω της ορθότητας των μεταφρασμένων τους αμινοξέων, των γενετικών αποστάσεων και των φυλογενετικών δέντρων που κατασκευάστηκαν με τη μέθοδο Neighbor-Joining, και η τελική ανάθεση των ειδών στις αλληλουχίες έγινε, συνδυάζοντας μοριακά δεδομένα αναφοράς, φυλογενετικά στοιχεία και μορφολογικά δεδομένα. Το τελικό σύνολο δεδομένων που προέκυψε, συμπληρώθηκε με αλληλουχίες από προηγούμενες μελέτες και οργανώθηκε σε βάση αναφοράς, συνοδευόμενο από γεωγραφικά, οικολογικά και ταξινομικά μεταδεδομένα. Αυτή η πρότυπη βάση αναφοράς, προσφέρει μια οργανωμένη και αξιόπιστη πηγή πληροφοριών για τα υδρόβια Κολεόπτερα της Ελλάδας και αποσκοπεί να αποτελέσει εργαλείο υποστήριξης μελλοντικών εκτιμήσεων βιοποικιλότητας και μελετών βιοπαρακολούθησης που βασίζονται στο περιβαλλοντικό DNA (eDNA) και το metabarcoding, όσο και σε ευρύτερες οικολογικές και βιογεωγραφικές αναλύσεις.","Although aquatic Coleoptera are among the most diverse and ecologically significant groups of freshwater invertebrates in the world, knowledge of their diversity and distribution in Greece remains limited and fragmented. Despite the high species richness of aquatic Coleoptera in the country, including many rare and endemic taxa, comprehensive species checklists, taxonomic keys, and molecular reference data are still lacking. Greece, in particular, has the lowest coverage of DNA barcodes for aquatic Coleoptera in Europe, restricting the application of modern biomonitoring approaches such as environmental DNA (eDNA) and metabarcoding. In this study, we generated sequences of the mitochondrial gene, COI, for aquatic Coleoptera collected from freshwater ecosystems across Greece. The majority of the specimens originated from the Spercheios River (central Greece), with additional material coming from lakes and island aquatic systems. Specimens were morphologically identified to species or genus level, followed by DNA extraction, PCR amplification, and sequencing. The resulting COI sequences were validated through amino acid translation, genetic distance analyses, and Neighbor-Joining phylogenetic trees, and were taxonomically assigned using a combination of molecular reference databases, phylogenetic evidence, and morphological information. The final dataset was supplemented with previously generated sequences and organized into a reference database, containing geographic, ecological, and taxonomic metadata. This database provides a structured and reliable molecular resource for Greek aquatic Coleoptera and aims to support future biodiversity assessments and biomonitoring studies based on eDNA and metabarcoding, as well as broader ecological and biogeographical analyses."],"dc:identifier":["uoadl:5362421","https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/5362421"],"dc:language":["Ελληνικά","Greek"],"dc:subject":["Θετικές Επιστήμες","Science"],"dc:title":["Αλληλούχηση του barcoding γονιδίου COX1 σε είδη ασπονδύλων, υδατικών συστημάτων της Ελλάδας και δημιουργία πρότυπης βάσης αναφοράς για μελέτες metabarcoding και περιβαλλοντικού DNA (eDNA)."],"dc:type":["born_digital_postgraduate_thesis","Διπλωματική Εργασία","Postgraduate Thesis"]},"updated_at":"2026-07-24T01:01:58Z"}