Charting environmental protein families through planetary metagenomes

Η μεταγονιδιωματική αλληλούχηση επιτρέπει τη μελέτη μικροβιακών και ιικών κοινοτήτων απευθείας από περιβαλλοντικά δείγματα, συμπεριλαμβανομένων ακραίων περιβαλλόντων όπου οι καλλιεργητικές προσεγγίσεις συχνά δεν είναι εφικτές. Ωστόσο, ο μεγάλος όγκος και η υψηλή ποικιλομορφία των μεταγονιδιωματικών δεδομένων καθιστούν την ανάλυση και τη λειτουργική ερμηνεία ιδιαίτερα απαιτητικές. Η παρούσα διπλωματική εργασία εφαρμόζει υπολογιστικές προσεγγίσεις για την ανάκτηση και ανάλυση μεταγονιδιωματικών συναρμολογημένων γονιδιωμάτων (MAGs), ακαλλιέργητων ιικών γονιδιωμάτων (UViGs) και μεγάλων συνόλων πρωτεϊνικών αλληλουχιών που προέρχονται από δημόσια διαθέσιμους μεταγονιδιωματικούς και μεταμεταγραφωμικούς πόρους. Η μελέτη επικεντρώνεται στη μεγάλης κλίμακας ομαδοποίηση πρωτεϊνικών αλληλουχιών με στόχο τη μείωση της πολυπλοκότητας των δεδομένων και την υποστήριξη της λειτουργικής σχολιασμού, ιδιαίτερα για πρωτεΐνες από ακραία περιβάλλοντα που στερούνται στενών ομολόγων σε βάσεις δεδομένων αναφοράς. Η πρόβλεψη δομής πρωτεϊνών και οι δομο-βασισμένες αναζητήσεις ομοιότητας χρησιμοποιούνται συμπληρωματικά των αλληλουχιακών μεθόδων, παρέχοντας πρόσθετη λειτουργική πληροφόρηση για ιδιαίτερα αποκλίνουσες πρωτεΐνες. Επιπλέον, αναπτύχθηκαν δύο διαδικτυακές βάσεις δεδομένων για τη διευκόλυνση της εξερεύνησης των δεδομένων. Η MetaVR παρέχει πρόσβαση σε ακαλλιέργητα ιικά γονιδιώματα από ποικίλα και ακραία οικοσυστήματα, ενώ η metagRoot εστιάζει σε οικογένειες πρωτεϊνών που σχετίζονται με τα μικροβιώματα ριζών φυτών. Συνολικά, οι πόροι αυτοί υποστηρίζουν την ανάλυση της μικροβιακής και ιικής ποικιλομορφίας σε ένα ευρύ φάσμα περιβαλλόντων.

Authors dc:creator

• ΧΑΣΑΠΗ ΗΡΩ
• CHASAPI IRO

• Θετικές Επιστήμες
• Science

Language dc:language

English

Identifier

uoadl:5358509

OAI identifier oai:identifier

oai:lib.uoa.gr:uoadl:5358509