{"id":{"repo_id":"athens","oai_identifier":"oai:lib.uoa.gr:uoadl:5358509"},"canonical_url":"https://search.dev.ndltd.org/etd/athens/oai:lib.uoa.gr:uoadl:5358509","repository":{"repo_id":"athens","name":"National and Kapodistrian University of Athens","base_url":"https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/frontend/oaipmh"},"display":{"title":"Charting environmental protein families through planetary metagenomes","abstract":"Η μεταγονιδιωματική αλληλούχηση επιτρέπει τη μελέτη μικροβιακών και ιικών κοινοτήτων απευθείας από περιβαλλοντικά δείγματα, συμπεριλαμβανομένων ακραίων περιβαλλόντων όπου οι καλλιεργητικές προσεγγίσεις συχνά δεν είναι εφικτές. Ωστόσο, ο μεγάλος όγκος και η υψηλή ποικιλομορφία των μεταγονιδιωματικών δεδομένων καθιστούν την ανάλυση και τη λειτουργική ερμηνεία ιδιαίτερα απαιτητικές. Η παρούσα διπλωματική εργασία εφαρμόζει υπολογιστικές προσεγγίσεις για την ανάκτηση και ανάλυση μεταγονιδιωματικών συναρμολογημένων γονιδιωμάτων (MAGs), ακαλλιέργητων ιικών γονιδιωμάτων (UViGs) και μεγάλων συνόλων πρωτεϊνικών αλληλουχιών που προέρχονται από δημόσια διαθέσιμους μεταγονιδιωματικούς και μεταμεταγραφωμικούς πόρους. Η μελέτη επικεντρώνεται στη μεγάλης κλίμακας ομαδοποίηση πρωτεϊνικών αλληλουχιών με στόχο τη μείωση της πολυπλοκότητας των δεδομένων και την υποστήριξη της λειτουργικής σχολιασμού, ιδιαίτερα για πρωτεΐνες από ακραία περιβάλλοντα που στερούνται στενών ομολόγων σε βάσεις δεδομένων αναφοράς. Η πρόβλεψη δομής πρωτεϊνών και οι δομο-βασισμένες αναζητήσεις ομοιότητας χρησιμοποιούνται συμπληρωματικά των αλληλουχιακών μεθόδων, παρέχοντας πρόσθετη λειτουργική πληροφόρηση για ιδιαίτερα αποκλίνουσες πρωτεΐνες. Επιπλέον, αναπτύχθηκαν δύο διαδικτυακές βάσεις δεδομένων για τη διευκόλυνση της εξερεύνησης των δεδομένων. Η MetaVR παρέχει πρόσβαση σε ακαλλιέργητα ιικά γονιδιώματα από ποικίλα και ακραία οικοσυστήματα, ενώ η metagRoot εστιάζει σε οικογένειες πρωτεϊνών που σχετίζονται με τα μικροβιώματα ριζών φυτών. Συνολικά, οι πόροι αυτοί υποστηρίζουν την ανάλυση της μικροβιακής και ιικής ποικιλομορφίας σε ένα ευρύ φάσμα περιβαλλόντων.","abstract_html":"Η μεταγονιδιωματική αλληλούχηση επιτρέπει τη μελέτη μικροβιακών και ιικών κοινοτήτων απευθείας από περιβαλλοντικά δείγματα, συμπεριλαμβανομένων ακραίων περιβαλλόντων όπου οι καλλιεργητικές προσεγγίσεις συχνά δεν είναι εφικτές. Ωστόσο, ο μεγάλος όγκος και η υψηλή ποικιλομορφία των μεταγονιδιωματικών δεδομένων καθιστούν την ανάλυση και τη λειτουργική ερμηνεία ιδιαίτερα απαιτητικές. Η παρούσα διπλωματική εργασία εφαρμόζει υπολογιστικές προσεγγίσεις για την ανάκτηση και ανάλυση μεταγονιδιωματικών συναρμολογημένων γονιδιωμάτων (MAGs), ακαλλιέργητων ιικών γονιδιωμάτων (UViGs) και μεγάλων συνόλων πρωτεϊνικών αλληλουχιών που προέρχονται από δημόσια διαθέσιμους μεταγονιδιωματικούς και μεταμεταγραφωμικούς πόρους. Η μελέτη επικεντρώνεται στη μεγάλης κλίμακας ομαδοποίηση πρωτεϊνικών αλληλουχιών με στόχο τη μείωση της πολυπλοκότητας των δεδομένων και την υποστήριξη της λειτουργικής σχολιασμού, ιδιαίτερα για πρωτεΐνες από ακραία περιβάλλοντα που στερούνται στενών ομολόγων σε βάσεις δεδομένων αναφοράς. Η πρόβλεψη δομής πρωτεϊνών και οι δομο-βασισμένες αναζητήσεις ομοιότητας χρησιμοποιούνται συμπληρωματικά των αλληλουχιακών μεθόδων, παρέχοντας πρόσθετη λειτουργική πληροφόρηση για ιδιαίτερα αποκλίνουσες πρωτεΐνες. Επιπλέον, αναπτύχθηκαν δύο διαδικτυακές βάσεις δεδομένων για τη διευκόλυνση της εξερεύνησης των δεδομένων. Η MetaVR παρέχει πρόσβαση σε ακαλλιέργητα ιικά γονιδιώματα από ποικίλα και ακραία οικοσυστήματα, ενώ η metagRoot εστιάζει σε οικογένειες πρωτεϊνών που σχετίζονται με τα μικροβιώματα ριζών φυτών. Συνολικά, οι πόροι αυτοί υποστηρίζουν την ανάλυση της μικροβιακής και ιικής ποικιλομορφίας σε ένα ευρύ φάσμα περιβαλλόντων.","abstract_has_math":false,"creators":["ΧΑΣΑΠΗ ΗΡΩ","CHASAPI IRO"],"institution":null,"degree_name":null,"degree_level":null,"degree_discipline":null,"degree_department":null,"school":null,"contributors":[],"advisors":[],"committee_chairs":[],"committee_members":[],"year":2026,"date_issued":"2026","date_published":"2026","updated_at":"2026-07-24T01:01:49Z","subjects":["Θετικές Επιστήμες","Science"],"languages":["English"],"rights":[],"rights_urls":[],"identifier_entries":[{"key":"dc:identifier","label":"Identifier","values":["uoadl:5358509"],"render_values":[{"text":"uoadl:5358509","href":null,"code":true}]}]},"links":{"outbound_url":"https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/5358509","outbound_label":"Repository record","outbound_source":"dc:identifier"},"metadata_groups":[{"id":"people","label":"People","entries":[{"key":"dc:creator","label":"Author","values":["ΧΑΣΑΠΗ ΗΡΩ","CHASAPI IRO"]}]},{"id":"academic_context","label":"Academic Context","entries":[{"key":"dc:date","label":"Dc Date","values":["2026"]},{"key":"dc:type","label":"Dc Type","values":["born_digital_postgraduate_thesis","Διπλωματική Εργασία","Postgraduate Thesis"]}]},{"id":"subjects_keywords","label":"Subjects and Keywords","entries":[{"key":"dc:subject","label":"Dc Subject","values":["Θετικές Επιστήμες","Science"]}]},{"id":"language_rights","label":"Language and Rights","entries":[{"key":"dc:language","label":"Dc Language","values":["English"]}]},{"id":"identifiers","label":"Identifiers","entries":[{"key":"dc:identifier","label":"Identifier","values":["uoadl:5358509","https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/5358509"]}]},{"id":"additional","label":"Additional Metadata","entries":[{"key":"dc:description","label":"Description","values":["Η μεταγονιδιωματική αλληλούχηση επιτρέπει τη μελέτη μικροβιακών και ιικών κοινοτήτων απευθείας από περιβαλλοντικά δείγματα, συμπεριλαμβανομένων ακραίων περιβαλλόντων όπου οι καλλιεργητικές προσεγγίσεις συχνά δεν είναι εφικτές. Ωστόσο, ο μεγάλος όγκος και η υψηλή ποικιλομορφία των μεταγονιδιωματικών δεδομένων καθιστούν την ανάλυση και τη λειτουργική ερμηνεία ιδιαίτερα απαιτητικές. Η παρούσα διπλωματική εργασία εφαρμόζει υπολογιστικές προσεγγίσεις για την ανάκτηση και ανάλυση μεταγονιδιωματικών συναρμολογημένων γονιδιωμάτων (MAGs), ακαλλιέργητων ιικών γονιδιωμάτων (UViGs) και μεγάλων συνόλων πρωτεϊνικών αλληλουχιών που προέρχονται από δημόσια διαθέσιμους μεταγονιδιωματικούς και μεταμεταγραφωμικούς πόρους. Η μελέτη επικεντρώνεται στη μεγάλης κλίμακας ομαδοποίηση πρωτεϊνικών αλληλουχιών με στόχο τη μείωση της πολυπλοκότητας των δεδομένων και την υποστήριξη της λειτουργικής σχολιασμού, ιδιαίτερα για πρωτεΐνες από ακραία περιβάλλοντα που στερούνται στενών ομολόγων σε βάσεις δεδομένων αναφοράς. Η πρόβλεψη δομής πρωτεϊνών και οι δομο-βασισμένες αναζητήσεις ομοιότητας χρησιμοποιούνται συμπληρωματικά των αλληλουχιακών μεθόδων, παρέχοντας πρόσθετη λειτουργική πληροφόρηση για ιδιαίτερα αποκλίνουσες πρωτεΐνες. Επιπλέον, αναπτύχθηκαν δύο διαδικτυακές βάσεις δεδομένων για τη διευκόλυνση της εξερεύνησης των δεδομένων. Η MetaVR παρέχει πρόσβαση σε ακαλλιέργητα ιικά γονιδιώματα από ποικίλα και ακραία οικοσυστήματα, ενώ η metagRoot εστιάζει σε οικογένειες πρωτεϊνών που σχετίζονται με τα μικροβιώματα ριζών φυτών. Συνολικά, οι πόροι αυτοί υποστηρίζουν την ανάλυση της μικροβιακής και ιικής ποικιλομορφίας σε ένα ευρύ φάσμα περιβαλλόντων.","Metagenomic sequencing allows the study of microbial and viral communities directly from environmental samples, including extreme environments where cultivation based approaches are often not feasible. However, the large volume and high diversity of metagenomic data make analysis and functional interpretation challenging. This thesis applies computational approaches to the recovery and analysis of metagenome assembled genomes (MAGs), uncultivated viral genomes (UViGs), and large protein sequence datasets derived from publicly available metagenomic and metatranscriptomic resources. The study focuses on large-scale protein sequence clustering to reduce data complexity and support functional annotation, particularly for proteins from extreme environments that lack close homologs in reference databases. Protein structure prediction and structure-based similarity searches are used to complement sequence based methods and provide additional functional insight for highly divergent proteins. In addition, two web based databases were developed to facilitate data exploration. MetaVR provides access to uncultivated viral genomes from diverse and extreme ecosystems, while metagRoot focuses on protein families associated with plant root microbiomes. Together, these resources support the analysis of microbial and viral diversity across a wide range of environments."]},{"key":"dc:title","label":"Title","values":["Charting environmental protein families through planetary metagenomes"]}]}],"canonical_facts":{"dc:creator":["ΧΑΣΑΠΗ ΗΡΩ","CHASAPI IRO"],"dc:date":["2026"],"dc:description":["Η μεταγονιδιωματική αλληλούχηση επιτρέπει τη μελέτη μικροβιακών και ιικών κοινοτήτων απευθείας από περιβαλλοντικά δείγματα, συμπεριλαμβανομένων ακραίων περιβαλλόντων όπου οι καλλιεργητικές προσεγγίσεις συχνά δεν είναι εφικτές. Ωστόσο, ο μεγάλος όγκος και η υψηλή ποικιλομορφία των μεταγονιδιωματικών δεδομένων καθιστούν την ανάλυση και τη λειτουργική ερμηνεία ιδιαίτερα απαιτητικές. Η παρούσα διπλωματική εργασία εφαρμόζει υπολογιστικές προσεγγίσεις για την ανάκτηση και ανάλυση μεταγονιδιωματικών συναρμολογημένων γονιδιωμάτων (MAGs), ακαλλιέργητων ιικών γονιδιωμάτων (UViGs) και μεγάλων συνόλων πρωτεϊνικών αλληλουχιών που προέρχονται από δημόσια διαθέσιμους μεταγονιδιωματικούς και μεταμεταγραφωμικούς πόρους. Η μελέτη επικεντρώνεται στη μεγάλης κλίμακας ομαδοποίηση πρωτεϊνικών αλληλουχιών με στόχο τη μείωση της πολυπλοκότητας των δεδομένων και την υποστήριξη της λειτουργικής σχολιασμού, ιδιαίτερα για πρωτεΐνες από ακραία περιβάλλοντα που στερούνται στενών ομολόγων σε βάσεις δεδομένων αναφοράς. Η πρόβλεψη δομής πρωτεϊνών και οι δομο-βασισμένες αναζητήσεις ομοιότητας χρησιμοποιούνται συμπληρωματικά των αλληλουχιακών μεθόδων, παρέχοντας πρόσθετη λειτουργική πληροφόρηση για ιδιαίτερα αποκλίνουσες πρωτεΐνες. Επιπλέον, αναπτύχθηκαν δύο διαδικτυακές βάσεις δεδομένων για τη διευκόλυνση της εξερεύνησης των δεδομένων. Η MetaVR παρέχει πρόσβαση σε ακαλλιέργητα ιικά γονιδιώματα από ποικίλα και ακραία οικοσυστήματα, ενώ η metagRoot εστιάζει σε οικογένειες πρωτεϊνών που σχετίζονται με τα μικροβιώματα ριζών φυτών. Συνολικά, οι πόροι αυτοί υποστηρίζουν την ανάλυση της μικροβιακής και ιικής ποικιλομορφίας σε ένα ευρύ φάσμα περιβαλλόντων.","Metagenomic sequencing allows the study of microbial and viral communities directly from environmental samples, including extreme environments where cultivation based approaches are often not feasible. However, the large volume and high diversity of metagenomic data make analysis and functional interpretation challenging. This thesis applies computational approaches to the recovery and analysis of metagenome assembled genomes (MAGs), uncultivated viral genomes (UViGs), and large protein sequence datasets derived from publicly available metagenomic and metatranscriptomic resources. The study focuses on large-scale protein sequence clustering to reduce data complexity and support functional annotation, particularly for proteins from extreme environments that lack close homologs in reference databases. Protein structure prediction and structure-based similarity searches are used to complement sequence based methods and provide additional functional insight for highly divergent proteins. In addition, two web based databases were developed to facilitate data exploration. MetaVR provides access to uncultivated viral genomes from diverse and extreme ecosystems, while metagRoot focuses on protein families associated with plant root microbiomes. Together, these resources support the analysis of microbial and viral diversity across a wide range of environments."],"dc:identifier":["uoadl:5358509","https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/5358509"],"dc:language":["English"],"dc:subject":["Θετικές Επιστήμες","Science"],"dc:title":["Charting environmental protein families through planetary metagenomes"],"dc:type":["born_digital_postgraduate_thesis","Διπλωματική Εργασία","Postgraduate Thesis"]},"updated_at":"2026-07-24T01:01:49Z"}