Faraldsfræði Streptococcus pyogenes á Íslandi 2019-2024

Streptococcus pyogenes er einn af helstu sýkingarvöldum í mönnum og getur valdið misalvarlegum sýkingum. Í alvarlegustu sýkingunum er dánartíðnin almennt há. Bakterían býr yfir ýmsum meinvirkniþáttum sem hún nýtir sér til að komast hjá eða mæta vörnum hýsils og er M próteinið einn af mikilvægustu meinvirkniþáttum hennar. emm genið kóðar fyrir M próteininu og er það gjarnan notað í faraldsfræðilegum tilgangi til að flokka S. pyogenes stofna eftir emm týpum. S. pyogenes faraldrar hafa skotið upp kollinum í gegnum árin en nýlegasti faraldurinn hérlendis stóð yfir frá lokum árs 2022 og fram undir mitt ár 2023. Eins og staðan er í dag þá er ekki fáanlegt bóluefni gegn þessum klínískt mikilvæga sýkingarvaldi en öruggt og skilvirkt bóluefni gæti dregið verulega úr sýkingum og smitum og samhliða því lækkað dánartíðnina. Meginmarkmið rannsóknarinnar var að fá yfirsýn yfir faraldsfræði emm týpa S. pyogenes úr sjúklingasýnum á árunum 2019 – 2024. Þær niðurstöður voru síðan bornar saman við niðurstöður úr fyrri rannsóknum á bæði faraldsfræði emm týpa úr sjúklingasýnum og emm týpur úr nefkoki heilbrigðra leikskólabarna. Einnig var faraldurinn á Íslandi 2022-2023 skoðaður m.t.t. emm týpa ásamt því að kanna mögulega vernd 30-gilds bóluefnis. Alls voru notaðir 647 S. pyogenes stofnar við rannsóknina sem ræktuðust úr sýnum frá efri öndunarfærum, sárum, ígerðum, eyrum og kynfærum á Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans frá 1. janúar 2019 til 24. febrúar 2024. Flestir stofnarnir eru frá stór höfuðborgarsvæði og nágrenni en einnig voru stofnar frá landsbyggðinni. Gerð var kerfisbundin úttekt á öllum S. pyogenes stofnum frá tilteknum sýnaflokkum úr tölvukerfi deildar. Almennt eiga allir stofnar úr öllum sýnaflokkum að vera frystir á þessu tímabili. Til að takmarka sýnafjölda var annað hvert sýni af tiltækum stofnum valið sem úrtak. Stofnar voru teknir úr frysti deildarinnar, þar sem þeir eru geymdir við -80°C í trypsín glýseról soði, og ræktaðir upp á blóðagar. Erfðaefni stofnanna var einangrað og emm gen þeirra magnað upp með PCR. PCR afurðir voru síðan raðgreindar með Sanger aðferð hjá Macrogen í Hollandi. Út frá raðgreiningarniðurstöðum var hverjum stofni úthlutað emm týpu með því að blasta raðgreiningarniðurstöðum inn í gagnagrunn pubMLST. Alls greindust 38 emm týpur og þar af voru emm týpur 1, 89, 12, 4 og 28 algengastar. Í bæði sýnum frá efri öndunarfærum og eyrum var emm týpa 1 algengust en í sárum - ígerðum og kynfærasýnum var emm týpa 89 algengust. Marktæk aukning varð á sýkingum af völdum S. pyogenes í öllum sýnaflokkum árið 2023 í samanburði við heildarfjölda sýna sem barst á Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans. Undantekning á þessu voru kynfærasýni, þar sem ekki var marktæk aukning. emm undirtýpur greindust hjá 502 stofnum og var algengasta undirtýpan emm týpa 1.0. 30-gilt bóluefni nær yfir 20 af þeim 38 emm týpum sem greindust og er heildarfjöldi stofna sem það nær yfir 618 eða 95,5%. Faraldsfræði emm týpa S. pyogenes á Íslandi helst nokkuð svipuð á milli ára og sama má segja um beratíðni heilbrigðra leikskólabarna. Algengustu emm týpur sem greindust eru í takt við þær emm týpur sem hafa verið algengar hjá þjóðum á hátekjusvæðum. Aukningu á S. pyogenes sýkingum 2022-2023 var að mestu orsökuð af aukningu í emm týpu 1 og er það í samræmi við íslenska rannsókn sem gerð 4 var á ífarandi stofnum á sama tímabili og beratíðni heilbrigðra leikskólabarna. Möguleg vernd 30-gilds bóluefnis náði yfir mikinn meirihluta stofna og er því metin sem góð.

Author dc:creator

• Kolbrá Arna Sigurþórsdóttir 2000-

Contributors dc:contributor

• Háskóli Íslands

• Lífeindafræði
• Faraldsfræði
• Streptókokkar

Language dc:language.iso

is

Handle dc:identifier.uri

https://hdl.handle.net/1946/50375

OAI identifier oai:identifier

oai:skemman.is:1946/50375