{"id":{"repo_id":"u-iceland","oai_identifier":"oai:skemman.is:1946/50375"},"canonical_url":"https://search.dev.ndltd.org/etd/u-iceland/oai:skemman.is:1946/50375","repository":{"repo_id":"u-iceland","name":"University of Iceland","base_url":"https://skemman.is/oai/request"},"display":{"title":"Faraldsfræði Streptococcus pyogenes á Íslandi 2019-2024","abstract":"Streptococcus pyogenes er einn af helstu sýkingarvöldum í mönnum og getur valdið misalvarlegum sýkingum. Í alvarlegustu sýkingunum er dánartíðnin almennt há. Bakterían býr yfir ýmsum meinvirkniþáttum sem hún nýtir sér til að komast hjá eða mæta vörnum hýsils og er M próteinið einn af mikilvægustu meinvirkniþáttum hennar. emm genið kóðar fyrir M próteininu og er það gjarnan notað í faraldsfræðilegum tilgangi til að flokka S. pyogenes stofna eftir emm týpum. S. pyogenes faraldrar hafa skotið upp kollinum í gegnum árin en nýlegasti faraldurinn hérlendis stóð yfir frá lokum árs 2022 og fram undir mitt ár 2023. Eins og staðan er í dag þá er ekki fáanlegt bóluefni gegn þessum klínískt mikilvæga sýkingarvaldi en öruggt og skilvirkt bóluefni gæti dregið verulega úr sýkingum og smitum og samhliða því lækkað dánartíðnina. Meginmarkmið rannsóknarinnar var að fá yfirsýn yfir faraldsfræði emm týpa S. pyogenes úr sjúklingasýnum á árunum 2019 – 2024. Þær niðurstöður voru síðan bornar saman við niðurstöður úr fyrri rannsóknum á bæði faraldsfræði emm týpa úr sjúklingasýnum og emm týpur úr nefkoki heilbrigðra leikskólabarna. Einnig var faraldurinn á Íslandi 2022-2023 skoðaður m.t.t. emm týpa ásamt því að kanna mögulega vernd 30-gilds bóluefnis. Alls voru notaðir 647 S. pyogenes stofnar við rannsóknina sem ræktuðust úr sýnum frá efri öndunarfærum, sárum, ígerðum, eyrum og kynfærum á Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans frá 1. janúar 2019 til 24. febrúar 2024. Flestir stofnarnir eru frá stór höfuðborgarsvæði og nágrenni en einnig voru stofnar frá landsbyggðinni. Gerð var kerfisbundin úttekt á öllum S. pyogenes stofnum frá tilteknum sýnaflokkum úr tölvukerfi deildar. Almennt eiga allir stofnar úr öllum sýnaflokkum að vera frystir á þessu tímabili. Til að takmarka sýnafjölda var annað hvert sýni af tiltækum stofnum valið sem úrtak. Stofnar voru teknir úr frysti deildarinnar, þar sem þeir eru geymdir við -80°C í trypsín glýseról soði, og ræktaðir upp á blóðagar. Erfðaefni stofnanna var einangrað og emm gen þeirra magnað upp með PCR. PCR afurðir voru síðan raðgreindar með Sanger aðferð hjá Macrogen í Hollandi. Út frá raðgreiningarniðurstöðum var hverjum stofni úthlutað emm týpu með því að blasta raðgreiningarniðurstöðum inn í gagnagrunn pubMLST. Alls greindust 38 emm týpur og þar af voru emm týpur 1, 89, 12, 4 og 28 algengastar. Í bæði sýnum frá efri öndunarfærum og eyrum var emm týpa 1 algengust en í sárum - ígerðum og kynfærasýnum var emm týpa 89 algengust. Marktæk aukning varð á sýkingum af völdum S. pyogenes í öllum sýnaflokkum árið 2023 í samanburði við heildarfjölda sýna sem barst á Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans. Undantekning á þessu voru kynfærasýni, þar sem ekki var marktæk aukning. emm undirtýpur greindust hjá 502 stofnum og var algengasta undirtýpan emm týpa 1.0. 30-gilt bóluefni nær yfir 20 af þeim 38 emm týpum sem greindust og er heildarfjöldi stofna sem það nær yfir 618 eða 95,5%. Faraldsfræði emm týpa S. pyogenes á Íslandi helst nokkuð svipuð á milli ára og sama má segja um beratíðni heilbrigðra leikskólabarna. Algengustu emm týpur sem greindust eru í takt við þær emm týpur sem hafa verið algengar hjá þjóðum á hátekjusvæðum. Aukningu á S. pyogenes sýkingum 2022-2023 var að mestu orsökuð af aukningu í emm týpu 1 og er það í samræmi við íslenska rannsókn sem gerð 4 var á ífarandi stofnum á sama tímabili og beratíðni heilbrigðra leikskólabarna. Möguleg vernd 30-gilds bóluefnis náði yfir mikinn meirihluta stofna og er því metin sem góð.","abstract_html":"Streptococcus pyogenes er einn af helstu sýkingarvöldum í mönnum og getur valdið misalvarlegum sýkingum. Í alvarlegustu sýkingunum er dánartíðnin almennt há. Bakterían býr yfir ýmsum meinvirkniþáttum sem hún nýtir sér til að komast hjá eða mæta vörnum hýsils og er M próteinið einn af mikilvægustu meinvirkniþáttum hennar. emm genið kóðar fyrir M próteininu og er það gjarnan notað í faraldsfræðilegum tilgangi til að flokka S. pyogenes stofna eftir emm týpum. S. pyogenes faraldrar hafa skotið upp kollinum í gegnum árin en nýlegasti faraldurinn hérlendis stóð yfir frá lokum árs 2022 og fram undir mitt ár 2023. Eins og staðan er í dag þá er ekki fáanlegt bóluefni gegn þessum klínískt mikilvæga sýkingarvaldi en öruggt og skilvirkt bóluefni gæti dregið verulega úr sýkingum og smitum og samhliða því lækkað dánartíðnina. Meginmarkmið rannsóknarinnar var að fá yfirsýn yfir faraldsfræði emm týpa S. pyogenes úr sjúklingasýnum á árunum 2019 – 2024. Þær niðurstöður voru síðan bornar saman við niðurstöður úr fyrri rannsóknum á bæði faraldsfræði emm týpa úr sjúklingasýnum og emm týpur úr nefkoki heilbrigðra leikskólabarna. Einnig var faraldurinn á Íslandi 2022-2023 skoðaður m.t.t. emm týpa ásamt því að kanna mögulega vernd 30-gilds bóluefnis. Alls voru notaðir 647 S. pyogenes stofnar við rannsóknina sem ræktuðust úr sýnum frá efri öndunarfærum, sárum, ígerðum, eyrum og kynfærum á Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans frá 1. janúar 2019 til 24. febrúar 2024. Flestir stofnarnir eru frá stór höfuðborgarsvæði og nágrenni en einnig voru stofnar frá landsbyggðinni. Gerð var kerfisbundin úttekt á öllum S. pyogenes stofnum frá tilteknum sýnaflokkum úr tölvukerfi deildar. Almennt eiga allir stofnar úr öllum sýnaflokkum að vera frystir á þessu tímabili. Til að takmarka sýnafjölda var annað hvert sýni af tiltækum stofnum valið sem úrtak. Stofnar voru teknir úr frysti deildarinnar, þar sem þeir eru geymdir við -80°C í trypsín glýseról soði, og ræktaðir upp á blóðagar. Erfðaefni stofnanna var einangrað og emm gen þeirra magnað upp með PCR. PCR afurðir voru síðan raðgreindar með Sanger aðferð hjá Macrogen í Hollandi. Út frá raðgreiningarniðurstöðum var hverjum stofni úthlutað emm týpu með því að blasta raðgreiningarniðurstöðum inn í gagnagrunn pubMLST. Alls greindust 38 emm týpur og þar af voru emm týpur 1, 89, 12, 4 og 28 algengastar. Í bæði sýnum frá efri öndunarfærum og eyrum var emm týpa 1 algengust en í sárum - ígerðum og kynfærasýnum var emm týpa 89 algengust. Marktæk aukning varð á sýkingum af völdum S. pyogenes í öllum sýnaflokkum árið 2023 í samanburði við heildarfjölda sýna sem barst á Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans. Undantekning á þessu voru kynfærasýni, þar sem ekki var marktæk aukning. emm undirtýpur greindust hjá 502 stofnum og var algengasta undirtýpan emm týpa 1.0. 30-gilt bóluefni nær yfir 20 af þeim 38 emm týpum sem greindust og er heildarfjöldi stofna sem það nær yfir 618 eða 95,5%. Faraldsfræði emm týpa S. pyogenes á Íslandi helst nokkuð svipuð á milli ára og sama má segja um beratíðni heilbrigðra leikskólabarna. Algengustu emm týpur sem greindust eru í takt við þær emm týpur sem hafa verið algengar hjá þjóðum á hátekjusvæðum. Aukningu á S. pyogenes sýkingum 2022-2023 var að mestu orsökuð af aukningu í emm týpu 1 og er það í samræmi við íslenska rannsókn sem gerð 4 var á ífarandi stofnum á sama tímabili og beratíðni heilbrigðra leikskólabarna. Möguleg vernd 30-gilds bóluefnis náði yfir mikinn meirihluta stofna og er því metin sem góð.","abstract_has_math":false,"creators":["Kolbrá Arna Sigurþórsdóttir 2000-"],"institution":null,"degree_name":null,"degree_level":null,"degree_discipline":null,"degree_department":null,"school":null,"contributors":["Háskóli Íslands"],"advisors":[],"committee_chairs":[],"committee_members":[],"year":2025,"date_issued":"2025-05-23T13:41:04Z","date_published":"2025-05-23T13:41:04Z","updated_at":"2026-07-27T21:36:01Z","subjects":["Lífeindafræði","Faraldsfræði","Streptókokkar"],"languages":["is"],"rights":[],"rights_urls":[],"identifier_entries":[]},"links":{"outbound_url":"https://hdl.handle.net/1946/50375","outbound_label":"Handle","outbound_source":"dc:identifier.uri"},"metadata_groups":[{"id":"people","label":"People","entries":[{"key":"dc:contributor","label":"Contributor","values":["Háskóli Íslands"]},{"key":"dc:creator","label":"Author","values":["Kolbrá Arna Sigurþórsdóttir 2000-"]}]},{"id":"academic_context","label":"Academic Context","entries":[{"key":"dc:date.accessioned","label":"Dc Date Accessioned","values":["2025-05-23T13:41:03Z"]},{"key":"dc:date.available","label":"Dc Date Available","values":["2025-05-23T13:41:03Z"]},{"key":"dc:date.issued","label":"Date","values":["2025-05-23T13:41:04Z"]},{"key":"dc:type","label":"Dc Type","values":["Thesis"]}]},{"id":"subjects_keywords","label":"Subjects and Keywords","entries":[{"key":"dc:subject","label":"Dc Subject","values":["Lífeindafræði","Faraldsfræði","Streptókokkar"]}]},{"id":"language_rights","label":"Language and Rights","entries":[{"key":"dc:language.iso","label":"Language (ISO)","values":["is"]}]},{"id":"identifiers","label":"Identifiers","entries":[{"key":"dc:identifier.uri","label":"Identifier URI","values":["https://hdl.handle.net/1946/50375"]}]},{"id":"additional","label":"Additional Metadata","entries":[{"key":"dc:description.abstract","label":"Abstract","values":["Streptococcus pyogenes er einn af helstu sýkingarvöldum í mönnum og getur valdið misalvarlegum sýkingum. Í alvarlegustu sýkingunum er dánartíðnin almennt há. Bakterían býr yfir ýmsum meinvirkniþáttum sem hún nýtir sér til að komast hjá eða mæta vörnum hýsils og er M próteinið einn af mikilvægustu meinvirkniþáttum hennar. emm genið kóðar fyrir M próteininu og er það gjarnan notað í faraldsfræðilegum tilgangi til að flokka S. pyogenes stofna eftir emm týpum. S. pyogenes faraldrar hafa skotið upp kollinum í gegnum árin en nýlegasti faraldurinn hérlendis stóð yfir frá lokum árs 2022 og fram undir mitt ár 2023. Eins og staðan er í dag þá er ekki fáanlegt bóluefni gegn þessum klínískt mikilvæga sýkingarvaldi en öruggt og skilvirkt bóluefni gæti dregið verulega úr sýkingum og smitum og samhliða því lækkað dánartíðnina. Meginmarkmið rannsóknarinnar var að fá yfirsýn yfir faraldsfræði emm týpa S. pyogenes úr sjúklingasýnum á árunum 2019 – 2024. Þær niðurstöður voru síðan bornar saman við niðurstöður úr fyrri rannsóknum á bæði faraldsfræði emm týpa úr sjúklingasýnum og emm týpur úr nefkoki heilbrigðra leikskólabarna. Einnig var faraldurinn á Íslandi 2022-2023 skoðaður m.t.t. emm týpa ásamt því að kanna mögulega vernd 30-gilds bóluefnis. Alls voru notaðir 647 S. pyogenes stofnar við rannsóknina sem ræktuðust úr sýnum frá efri öndunarfærum, sárum, ígerðum, eyrum og kynfærum á Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans frá 1. janúar 2019 til 24. febrúar 2024. Flestir stofnarnir eru frá stór höfuðborgarsvæði og nágrenni en einnig voru stofnar frá landsbyggðinni. Gerð var kerfisbundin úttekt á öllum S. pyogenes stofnum frá tilteknum sýnaflokkum úr tölvukerfi deildar. Almennt eiga allir stofnar úr öllum sýnaflokkum að vera frystir á þessu tímabili. Til að takmarka sýnafjölda var annað hvert sýni af tiltækum stofnum valið sem úrtak. Stofnar voru teknir úr frysti deildarinnar, þar sem þeir eru geymdir við -80°C í trypsín glýseról soði, og ræktaðir upp á blóðagar. Erfðaefni stofnanna var einangrað og emm gen þeirra magnað upp með PCR. PCR afurðir voru síðan raðgreindar með Sanger aðferð hjá Macrogen í Hollandi. Út frá raðgreiningarniðurstöðum var hverjum stofni úthlutað emm týpu með því að blasta raðgreiningarniðurstöðum inn í gagnagrunn pubMLST. Alls greindust 38 emm týpur og þar af voru emm týpur 1, 89, 12, 4 og 28 algengastar. Í bæði sýnum frá efri öndunarfærum og eyrum var emm týpa 1 algengust en í sárum - ígerðum og kynfærasýnum var emm týpa 89 algengust. Marktæk aukning varð á sýkingum af völdum S. pyogenes í öllum sýnaflokkum árið 2023 í samanburði við heildarfjölda sýna sem barst á Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans. Undantekning á þessu voru kynfærasýni, þar sem ekki var marktæk aukning. emm undirtýpur greindust hjá 502 stofnum og var algengasta undirtýpan emm týpa 1.0. 30-gilt bóluefni nær yfir 20 af þeim 38 emm týpum sem greindust og er heildarfjöldi stofna sem það nær yfir 618 eða 95,5%. Faraldsfræði emm týpa S. pyogenes á Íslandi helst nokkuð svipuð á milli ára og sama má segja um beratíðni heilbrigðra leikskólabarna. Algengustu emm týpur sem greindust eru í takt við þær emm týpur sem hafa verið algengar hjá þjóðum á hátekjusvæðum. Aukningu á S. pyogenes sýkingum 2022-2023 var að mestu orsökuð af aukningu í emm týpu 1 og er það í samræmi við íslenska rannsókn sem gerð 4 var á ífarandi stofnum á sama tímabili og beratíðni heilbrigðra leikskólabarna. Möguleg vernd 30-gilds bóluefnis náði yfir mikinn meirihluta stofna og er því metin sem góð.","Streptococcus pyogenes is a major human pathogen capable of causing infections of varying severity. In the most severe infections, the mortality rate is generally high. The bacterium possesses various virulence factors that enable it to evade or overcome host defences, with the M protein being one of the most important virulence factors. The emm gene encodes the M protein and is often used in epidemiological purposes to type S. pyogenes strains into emm types. S. pyogenes outbreaks have occurred over the years, with the most recent outbreak in Iceland taking place from late 2022 until mid- 2023. Currently, no vaccine is available against this clinically important pathogen. However, a safe and effective vaccine could significantly reduce infection rates and transmission, while simultaneously lowering mortality rates. The main objective of this study was to obtain an overview of the epidemiology of S. pyogenes emm types from 2019 – 2024. Those results were compared with findings from previous studies on the epidemiology of emm types from patient samples and carriage in healthy preschool children. Additionally, the Icelandic outbreak in 2022-2023 was examined in terms of emm types, and the potential protection of a 30-valent vaccine was evaluated. A total of 647 S. pyogenes strains were included in the study. The strains were cultured from samples obtained from the upper respiratory tract, wounds, abscesses, ears and genitals at the Department of Clinical Microbiology at Landspítali from January 1st, 2019, to February 24th 2024. Most of the strains originated from the Reykjavík Capital Area and its surroundings, although some were from outside the capital region. Information on all S. pyogenes strains from specific sample groups were extracted from the department’s LIS database. Generally, all strains from all sample groups during this period were intended to be stored in the department ́s freezers. To limit the number of strains, every other available strain was selected as a subject of this study. All strains, stored in the department’s freezers at -80°C in trypsin glycerol broth, were thawed and cultured on blood agar. The genetic material of the strains was isolated and their emm genes were amplified by PCR. PCR products were sequenced with the Sanger method by Macrogen in the Netherlands. Based on the sequencing data, each strain was assigned an emm type by blasting the sequence at the pubMLST website. A total of 38 emm types were identified, of which emm types 1, 89, 12, 4 and 28 were the most common. In samples from both upper respiratory tract and ears, emm type 1 was the most prevalent, while in wounds - abscesses and genital samples, emm type 89 was the most prevalent. There was a significant increase in S. pyogenes infections in all sample categories in 2023 in comparison to total number of samples that the Clinical Department of Microbiology in Iceland received that same year, except for genital samples. emm subtypes were identified in 502 strains, and the most common subtype was emm type 1.0. The 30-valent vaccine covers 20 of the 38 identified emm types, bringing the total number of strains covered to 618 or 95,5%. The epidemiology of S. pyogenes emm types remained similar between years, as does the carriage rate of healthy preschool children. The most common emm types identified are consistent with emm types that have been common in high-income regions. The increase in S. pyogenes infections in 2022-7 2023 was largely driven by a rise in emm type 1, which is consistent with findings from a study conducted on invasive strains during the same period and the carriage rate of healthy preschool children. The potential coverage of the 30-valent vaccine covered the vast majority of strains and is therefore considered good."]},{"key":"dc:title","label":"Title","values":["Faraldsfræði Streptococcus pyogenes á Íslandi 2019-2024","Epidemiology of Streptococcus pyogenes in Iceland 2019-2024"]}]}],"canonical_facts":{"dc:contributor":["Háskóli Íslands"],"dc:creator":["Kolbrá Arna Sigurþórsdóttir 2000-"],"dc:date.accessioned":["2025-05-23T13:41:03Z"],"dc:date.available":["2025-05-23T13:41:03Z"],"dc:date.issued":["2025-05-23T13:41:04Z"],"dc:description.abstract":["Streptococcus pyogenes er einn af helstu sýkingarvöldum í mönnum og getur valdið misalvarlegum sýkingum. Í alvarlegustu sýkingunum er dánartíðnin almennt há. Bakterían býr yfir ýmsum meinvirkniþáttum sem hún nýtir sér til að komast hjá eða mæta vörnum hýsils og er M próteinið einn af mikilvægustu meinvirkniþáttum hennar. emm genið kóðar fyrir M próteininu og er það gjarnan notað í faraldsfræðilegum tilgangi til að flokka S. pyogenes stofna eftir emm týpum. S. pyogenes faraldrar hafa skotið upp kollinum í gegnum árin en nýlegasti faraldurinn hérlendis stóð yfir frá lokum árs 2022 og fram undir mitt ár 2023. Eins og staðan er í dag þá er ekki fáanlegt bóluefni gegn þessum klínískt mikilvæga sýkingarvaldi en öruggt og skilvirkt bóluefni gæti dregið verulega úr sýkingum og smitum og samhliða því lækkað dánartíðnina. Meginmarkmið rannsóknarinnar var að fá yfirsýn yfir faraldsfræði emm týpa S. pyogenes úr sjúklingasýnum á árunum 2019 – 2024. Þær niðurstöður voru síðan bornar saman við niðurstöður úr fyrri rannsóknum á bæði faraldsfræði emm týpa úr sjúklingasýnum og emm týpur úr nefkoki heilbrigðra leikskólabarna. Einnig var faraldurinn á Íslandi 2022-2023 skoðaður m.t.t. emm týpa ásamt því að kanna mögulega vernd 30-gilds bóluefnis. Alls voru notaðir 647 S. pyogenes stofnar við rannsóknina sem ræktuðust úr sýnum frá efri öndunarfærum, sárum, ígerðum, eyrum og kynfærum á Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans frá 1. janúar 2019 til 24. febrúar 2024. Flestir stofnarnir eru frá stór höfuðborgarsvæði og nágrenni en einnig voru stofnar frá landsbyggðinni. Gerð var kerfisbundin úttekt á öllum S. pyogenes stofnum frá tilteknum sýnaflokkum úr tölvukerfi deildar. Almennt eiga allir stofnar úr öllum sýnaflokkum að vera frystir á þessu tímabili. Til að takmarka sýnafjölda var annað hvert sýni af tiltækum stofnum valið sem úrtak. Stofnar voru teknir úr frysti deildarinnar, þar sem þeir eru geymdir við -80°C í trypsín glýseról soði, og ræktaðir upp á blóðagar. Erfðaefni stofnanna var einangrað og emm gen þeirra magnað upp með PCR. PCR afurðir voru síðan raðgreindar með Sanger aðferð hjá Macrogen í Hollandi. Út frá raðgreiningarniðurstöðum var hverjum stofni úthlutað emm týpu með því að blasta raðgreiningarniðurstöðum inn í gagnagrunn pubMLST. Alls greindust 38 emm týpur og þar af voru emm týpur 1, 89, 12, 4 og 28 algengastar. Í bæði sýnum frá efri öndunarfærum og eyrum var emm týpa 1 algengust en í sárum - ígerðum og kynfærasýnum var emm týpa 89 algengust. Marktæk aukning varð á sýkingum af völdum S. pyogenes í öllum sýnaflokkum árið 2023 í samanburði við heildarfjölda sýna sem barst á Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans. Undantekning á þessu voru kynfærasýni, þar sem ekki var marktæk aukning. emm undirtýpur greindust hjá 502 stofnum og var algengasta undirtýpan emm týpa 1.0. 30-gilt bóluefni nær yfir 20 af þeim 38 emm týpum sem greindust og er heildarfjöldi stofna sem það nær yfir 618 eða 95,5%. Faraldsfræði emm týpa S. pyogenes á Íslandi helst nokkuð svipuð á milli ára og sama má segja um beratíðni heilbrigðra leikskólabarna. Algengustu emm týpur sem greindust eru í takt við þær emm týpur sem hafa verið algengar hjá þjóðum á hátekjusvæðum. Aukningu á S. pyogenes sýkingum 2022-2023 var að mestu orsökuð af aukningu í emm týpu 1 og er það í samræmi við íslenska rannsókn sem gerð 4 var á ífarandi stofnum á sama tímabili og beratíðni heilbrigðra leikskólabarna. Möguleg vernd 30-gilds bóluefnis náði yfir mikinn meirihluta stofna og er því metin sem góð.","Streptococcus pyogenes is a major human pathogen capable of causing infections of varying severity. In the most severe infections, the mortality rate is generally high. The bacterium possesses various virulence factors that enable it to evade or overcome host defences, with the M protein being one of the most important virulence factors. The emm gene encodes the M protein and is often used in epidemiological purposes to type S. pyogenes strains into emm types. S. pyogenes outbreaks have occurred over the years, with the most recent outbreak in Iceland taking place from late 2022 until mid- 2023. Currently, no vaccine is available against this clinically important pathogen. However, a safe and effective vaccine could significantly reduce infection rates and transmission, while simultaneously lowering mortality rates. The main objective of this study was to obtain an overview of the epidemiology of S. pyogenes emm types from 2019 – 2024. Those results were compared with findings from previous studies on the epidemiology of emm types from patient samples and carriage in healthy preschool children. Additionally, the Icelandic outbreak in 2022-2023 was examined in terms of emm types, and the potential protection of a 30-valent vaccine was evaluated. A total of 647 S. pyogenes strains were included in the study. The strains were cultured from samples obtained from the upper respiratory tract, wounds, abscesses, ears and genitals at the Department of Clinical Microbiology at Landspítali from January 1st, 2019, to February 24th 2024. Most of the strains originated from the Reykjavík Capital Area and its surroundings, although some were from outside the capital region. Information on all S. pyogenes strains from specific sample groups were extracted from the department’s LIS database. Generally, all strains from all sample groups during this period were intended to be stored in the department ́s freezers. To limit the number of strains, every other available strain was selected as a subject of this study. All strains, stored in the department’s freezers at -80°C in trypsin glycerol broth, were thawed and cultured on blood agar. The genetic material of the strains was isolated and their emm genes were amplified by PCR. PCR products were sequenced with the Sanger method by Macrogen in the Netherlands. Based on the sequencing data, each strain was assigned an emm type by blasting the sequence at the pubMLST website. A total of 38 emm types were identified, of which emm types 1, 89, 12, 4 and 28 were the most common. In samples from both upper respiratory tract and ears, emm type 1 was the most prevalent, while in wounds - abscesses and genital samples, emm type 89 was the most prevalent. There was a significant increase in S. pyogenes infections in all sample categories in 2023 in comparison to total number of samples that the Clinical Department of Microbiology in Iceland received that same year, except for genital samples. emm subtypes were identified in 502 strains, and the most common subtype was emm type 1.0. The 30-valent vaccine covers 20 of the 38 identified emm types, bringing the total number of strains covered to 618 or 95,5%. The epidemiology of S. pyogenes emm types remained similar between years, as does the carriage rate of healthy preschool children. The most common emm types identified are consistent with emm types that have been common in high-income regions. The increase in S. pyogenes infections in 2022-7 2023 was largely driven by a rise in emm type 1, which is consistent with findings from a study conducted on invasive strains during the same period and the carriage rate of healthy preschool children. The potential coverage of the 30-valent vaccine covered the vast majority of strains and is therefore considered good."],"dc:identifier.uri":["https://hdl.handle.net/1946/50375"],"dc:language.iso":["is"],"dc:subject":["Lífeindafræði","Faraldsfræði","Streptókokkar"],"dc:title":["Faraldsfræði Streptococcus pyogenes á Íslandi 2019-2024","Epidemiology of Streptococcus pyogenes in Iceland 2019-2024"],"dc:type":["Thesis"]},"updated_at":"2026-07-27T21:36:01Z"}