Novel applications of SNP array data in the analysis of the genetic structure of Europeans and in genetic association studies

Inimese iga fenotüüpiline tunnus kujuneb elukestvalt genotüübi ning keskkonna vahelise koosmõju tagajärjel. Inimesegeneetika üks peamisi eesmärke on mõista komplekshaiguste geneetilisi põhjuseid ning läbi selle muuta haiguste diagnoosimist täpsemaks ja ravi tõhusamaks. Inimese genoomi täisjärjestuse avaldamine on viinud genotüpiseerimistehnoloogiate kiirele arengule ning teinud võimalikuks tuvastada sadades DNA proovides samaaegselt miljoneid järjestusvariatsioone. Laiapõhjaliste genoomiuuringute tulemusena on rohkem kui 3000 DNA järjestusvariatsiooni seostatud enam kui 600 erineva komplekstunnusega. Kuna üksikud järjestusvariatsioonid kirjeldavad enamasti ära vähem kui 1% tunnuse pärilikust komponendist on ülegenoomsetes assotsiatsioonuuringutes vaja kombineerida paljude kohortide andmestikke, et oleks võimalik formuleerida statistiliselt usaldusväärseid järeldusi. Üheks selliseks populatsioonipõhiseks kohortidiks on Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu biobank, mis sisaldab informatsiooni 51 000 eestlase elustiili ja põetud haiguste kohta ning samas talletab ka geenidoonorite bioloogilist materjali. Käesolevas töös uuriti Kirde-Euroopa populatsioonide, sh eestlaste, paiknemist Euroopa alleelisageduste geneetilise struktuuri kaardil. Selgus, et soomlased distantseeruvad nii rootslastest kui ka teistest Loode-Euroopa populatsioonidest, samas kui eestlased paiknevad lähestikku lätlaste, leedulaste ning loode-venelastega. Antud tulemus on võimaldanud kaasata Geenivaramu andmestikku rohkem kui kaheksakümnesse rahvusvahelisse geneetilisse assotsiatsioonuuringusse. Käesolevas töös on kirjeldatud kahte uut komplekstunnusseoselist DNA järjestusvarianti. Tuginedes antud uuringutele võib väita, et ülegenoomsed genotüpiseerimiskiibi andmed võimaldavad tuvastada valimi geneetilist struktureeritust ja leida haigusriski suurendavaid DNA järjestusvariatsioone.

Author

• Esko, Tõnu

• populatsioonigeneetika
• genoomid
• DNA analüüs
• genotüüp
• Euroopa
• population genetics
• genomes
• DNA analysis
• genotype

Identifier

hdl:10062/26945

OAI identifier oai:identifier

oai:dspace.ut.ee:10062/26945