Anotación de nuevos microRNAs en el genoma porcino mediante una aproximación basada en Machine Learning

La predicción computacional de microRNAs (miRNAs) supone un campo de investigación activo en la actualidad, sobre todo en especies no modelo cuyas anotaciones son aún limitadas y poco fiables. Mediante la utilización de una aproximación basada en algoritmos de Machine Learning como el Support Vector Machine (SVM) y Random Forest (RF), y haciendo uso de la comparación por homología en la anotación de miRNAs en humano, hemos desarrollado un proceso para la identificación y anotación de nuevos candidatos a estructuras pre-miRNA en el genoma porcino. Partiendo de la generación de un set de datos positivos y negativos, filtrados según tamaño y conformación estructural, se definieron diversos atributos estructurales para cada secuencia, con el objetivo de entrenar un modelo SVM de Machine Learning. Un conjunto de secuencias candidatas obtenidas mediante comparación por homología, fueron clasificadas como candidatos pre-miRNAs por el modelo SVM entrenado previamente, y posteriormente filtradas mediante un análisis de fiabilidad de posición genómica (Neighbouring Score). Mediante este proceso fuimos capaces de identificar un total de 26 nuevas secuencias pre-miRNA candidatas en el genoma porcino. De entre ellas destacó el miRNA ssc-miR-483, homólogo del miRNA homónimo en humano hsa-miR-483, alojado en el intrón 2 del gen IGF2, cuya función estaría ligada a la regulación de la proliferación celular y la diferenciación de adipocitos, influyendo en la capacidad de integración y depósito de lípidos en respuesta a variaciones en la ingesta de alimentos. Estos resultados podrían ampliar el conocimiento sobre la regulación del metabolismo energético y lipídico en la especie porcina.

Grantor dc:publisher

Universitat Oberta de Catalunya

Year dc:date.issued

2018

Author dc:creator

• Mármol Sánchez, Emilio

• machine learning
• microRNA
• support vector machine
• aprendizaje automático
• máquinas de vectores de soporte
• aprenentatge automàtic
• màquines de vectors de suport

Licence dc:rights.uri

• http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/

Language dc:language.iso

spa

Handle dc:identifier.uri

https://hdl.handle.net/10609/82085

OAI identifier oai:identifier

oai:openaccess.uoc.edu:10609/82085