Visualización mediante shiny de la calidad de los datos de RNA-Seq relacionados con el sistema inmune y el cáncer

Debido al alza en la incidencia del cáncer en la población, ha llegado a ser la segunda causa de muerte en el mundo. Por ello, el estudio del sistema inmune relacionado con esta enfermedad es prioritario, investigar en qué falla y cómo se modifica la expresión de las células linfocíticas. Así se ganaría información acerca de la evasión inmune llegando a poder reconocer posibles checkpoints o dianas farmacológicas en las que actuar con diferentes tipos de fármacos, inmunoterapias u otras terapias personalizadas posibles. Para poder analizar la expresión génica es preciso primero realizar un pre-filtrado, control y normalización de los resultados obtenidos por las muestras de un estudio RNA-seq. Esto es lo que se pretende en este estudio, mostrando además las diferentes etapas de los resultados obtenidos con gráficos y tablas en una aplicación hecha con el paquete shiny. Las muestras se obtuvieron de la página web de gene expression omnibus. Se utilizó el paquete edgeR así como DT entre otros para la construcción de la aplicación. Además se incluye en la memoria: el informe del presupuesto para un pequeño laboratorio y centro de investigación que secuencie el genoma de los clientes y que realice también otros estudios derivados de las ciencias ómicas de otros centros como hospitales, institutos y centros de investigación.

Grantor dc:publisher

Universitat Oberta de Catalunya

Year dc:date.issued

2018

Author dc:creator

• Ferrer Torres, Adrián

• Shiny
• RNAseq
• gene expression
• quality control
• expresión génica
• control de calidad
• expressió gènica
• control de qualitat

Licence dc:rights.uri

• http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/

Language dc:language.iso

spa

Handle dc:identifier.uri

https://hdl.handle.net/10609/74347

OAI identifier oai:identifier

oai:openaccess.uoc.edu:10609/74347