Análisis de variabilidad de secuencia in vivo de RNAs circulares con ribozimas

Recientemente se han descubierto retrotransposones LTR no autónomos que se expresan como RNAs circulares con ribozimas HHR, bautizados como retrozimas. En este estudio se ha realizado un análisis detallado de la variabilidad natural de un retrozima de Fragaria ananassa bajo diversas condiciones. Concretamente se estudió el grado de variabilidad in vivo en el retrozima elegido, la cantidad de variantes de secuencia que aparecen en el tiempo, si el hecho de que el RNA del retrozima circularice o no afecta a la variabilidad del retrozima, y qué efectos tiene la variabilidad observada en su estructura secundaria. Para ello se diseñaron distintas construcciones utilizadas para la transformacióngenética de dos modelos de plantas, para posteriormente purificar y extraer el RNA y realizar una secuenciación mediante Sanger. Las secuencias obtenidas fueron ordenadas y utilizadas para realizar un análisis de variantes mediante scripts inhouse en que se utilizan Biopython, bwa-mem, BCFtools y SAMtools, mientras que las estructuras secundarias se obtuvieron mediante el servicio web RNAalifold. En los experimentos realizados se confirmó la aparición de un mismo grupo de variantes estables que indicarían algún tipo de ventaja adaptativa o edición específica de los circRNAs que las contienen. Además, se ha demostrado que la variabilidad en retrozimas mutados que dan lugar a RNA lineales es mínima comparada con la observada en los retrozimas con circRNAs. La posible función específica de estas variantes estables queda aún por determinar en futuros experimentos, ya que ni siquiera parecieron influir en motivos conservados ni en las estructuras secundarias obtenidas.

Grantor dc:publisher

Universitat Oberta de Catalunya (UOC)

Year dc:date.issued

2020

Author dc:creator

• Bañuls Tornero, Marc

• circRNA
• retrozyme
• LTR retrotransposons
• RNA circular
• retrozima
• retrotransposones LTR
• retrotransposons LTR

Statement dc:rights

• CC BY-NC-ND

Licence dc:rights.uri

• http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/

Language dc:language.iso

spa

Handle dc:identifier.uri

http://hdl.handle.net/10609/120406

OAI identifier oai:identifier

oai:openaccess.uoc.edu:10609/120406