Integration of Functional Enrichment Analysis Techniques

Η λειτουργική ανάλυση εμπλουτισμού αποτελεί βασικό εργαλείο ερμηνείας ομικών πειραμάτων. Ωστόσο, τα αποτελέσματα της επηρεάζονται σημαντικά από μια σειρά αναλυτικών επιλογών που σπάνια τεκμηριώνονται: ποιο εργαλείο χρησιμοποιείται, πώς ορίζεται το σύνολο αναφοράς, ποιες βάσεις γνώσης ερωτώνται, ποιοι στατιστικοί έλεγχοι εφαρμόζονται και με ποια κατώφλια φιλτράρονται τα ευρήματα. Το πρόβλημα δεν είναι η έλλειψη εργαλείων, αλλά η απουσία ροής εργασίας που θα καθιστούσε αυτές τις επιλογές ορατές και συγκρίσιμες. Στην παρούσα εργασία εντοπίζονται οι πιο συχνές μεθοδολογικές παγίδες μέσα από βιβλιογραφική σύνθεση και μετατρέπονται σε απαιτήσεις σχεδιασμού. Από αυτές τις απαιτήσεις προκύπτουν άξονες σύγκρισης που περιγράφουν τις θεμιτές διαφοροποιήσεις μεταξύ αναλύσεων εμπλουτισμού ως προς εργαλεία, βάσεις γνώσης, παραμέτρους και ρυθμίσεις. Το FLAME v3.0 υλοποιεί αυτή την προσέγγιση ως διαδικτυακή πλατφόρμα που δεν αντικαθιστά τα υπάρχοντα εργαλεία εμπλουτισμού αλλά λειτουργεί ως επίπεδο σύγκρισης πάνω από αυτά. Ενσωματώνει έξι εργαλεία ανάλυσης υπερεκπροσώπησης μέσω απευθείας συνδέσεων, ελέγχοντας την εκτέλεση και καταγράφοντας αυτόματα τα μεταδεδομένα προέλευσης κάθε ανάλυσης. Τα αποτελέσματα κανονικοποιούνται σε ενιαίο σχήμα, ώστε η μηχανή σύγκρισης να είναι ανεξάρτητη από το εργαλείο που τα παρήγαγε. Η σύγκριση γίνεται μέσω του συνδυασμένου ελέγχου πιθανότητας κατά Fisher και μετρικών πραγματικής συμφωνίας, ενώ τα αποτελέσματα προβάλλονται σε συμπληρωματικές οπτικοποιήσεις που αναδεικνύουν τη συμφωνία και τις αποκλίσεις μεταξύ εργαλείων, καθώς και τα ευρήματα που στηρίζονται σε ένα μόνο εργαλείο. Η αρθρωτή αρχιτεκτονική επιτρέπει την προσθήκη νέων εργαλείων και μεθοδολογιών εμπλουτισμού χωρίς αλλαγές στον μηχανισμό σύγκρισης.

Authors dc:creator

• ΜΥΣΤΑΚΙΔΗΣ ΙΩΑΝΝΗΣ
• MYSTAKIDIS IOANNIS

• Θετικές Επιστήμες
• Science

Language dc:language

Ελληνικά, Greek, English

Identifier

uoadl:5359631

OAI identifier oai:identifier

oai:lib.uoa.gr:uoadl:5359631