Genome-wide association study of muscle traits in Icelandic sheep

Rannsókn þessi leitaði að mögulegum tengslum á milli BLUP einkunnar fyrir vöðvasöfnun og einbasabreytileika í erfðamengi íslensku sauðkindarinnar. DNA var einangrað úr blóðsýnum úr 96 sauðkindum og það arfgerðargreint með örflögu sem inniheldur sæti fyrir 606.006 einbasabreytileika. Sýnum var skipt í fimm hópa eftir uppruna; einn hópurinn inniheldur sýni frá tilraunabúinu á Hesti í Borgarfirði, annar sýni frá Sæðingastöðvum Vesturlands og Suðurlands og sá þriðji sýni úr kollóttu fé á Ströndum, í þessum hópum er fé sem hefur verið valið skipulega fyrir vöðvasöfnun. Hinir tveir hóparnir eru Höfðafé safnað á Stafholtsveggjum í Borgarfirði og svo forystufé safnað hér og þar um landið, í þessum hópum er fé sem hefur ekki verið valið fyrir vöðvasöfnun. Tölfræðilega marktækur munur er á BLUP einkunnum fyrir holdfyllingu skrokka á milli hópa eftir því hvort valið hefur verið fyrir vöðvasöfnun eða ekki. Við skoðun á stofngerð kom í ljós að forystuféð skar sig frá öðrum hópum á mynd sem sýnir breytileika reiknaðan út frá erfðafjarlægð milli allra gripa. Erfðamengis-tengslagreining (e. genome-wide association study) var framkvæmd annars vegar með BLUP einkunn sem eiginleika og hins vegar með öll sýnin skipt í tvo hópa; valið vöðvafé og óvalið fé sem tilfelli og viðmið (e. case/control). Fáir einbasabreytileikar voru tölfræðilega marktækt tengdir við eiginleikana en þeir sem sýndu háa fylgni voru teknir til skoðunar. Nálægt þeim einbasabreytileikum sem sýndu fylgni við vöðvastærð fundust 13 gen sem geta talist koma til greina sem gen sem hefur áhrif á vöðvastærð í íslensku sauðfé. Þessi gen eru CSF3R, ADAM17, GADD45B, GRID2, SPG11, DAB2, FREM3, GAB1, KLF13, AKAP6, PNN, DOCK1 og TRRAP. GADD45B hefur virkni sem tengist stjórnun á vexti og frumudauða. Það var raðgreint í 11 sýnum, sýnin voru borin saman og borin við genið í viðmiðunarerfðamengi sauðfjár en enginn breytileiki sem hefur áhrif á virkni próteinsins fannst. Til þess að fá tölfræðilega marktækar niðurstöður á erfðamengis-tengslagreiningunni þyrfti að endurtaka rannsóknina með fleiri arfgerðargreindum sýnum. Til þess að finna breytingu sem gæti orsakað aukna vöðvasöfnun þyrfti að raðgreina öll genin sem teljast koma til greina.

Author dc:creator

• Ólöf Ósk Guðmundsdóttir 1988-

Contributors dc:contributor

• Landbúnaðarháskóli Íslands

• Sheep
• Genome-wide association analysis
• SNP
• High density SNP chip
• Muscle traits
• Genetic diversity
• Population structure

Language dc:language.iso

en

Handle dc:identifier.uri

http://hdl.handle.net/1946/20392

OAI identifier oai:identifier

oai:skemman.is:1946/20392