Transkriptomická analýza bakterií produkujících sloučeniny s přidanou hodnotou

Produkce látek s přidanou hodnotou pomocí mikroorganismů, jako jsou biopaliva nebo biopolymery, je často omezena nedostatečným porozuměním regulačních a metabolických mechanismů, které tyto procesy řídí. Tato práce se zaměřuje na studium dynamiky genové exprese u dvou biotechnologicky významných bakterií, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a Rhodospirillum rubrum DSM 467T, v souvislosti se solventogenezí a akumulací polyhydroxyalkanoátů. Změny v genové expresi byly analyzovány pomocí RNA-Seq s cílem charakterizovat změny v genové expresi při různých kultivačních podmínkách a popsat jejich vztah k produkci metabolitů. Vzhledem ke specifickým výzvám spojeným s analýzou bakteriálních transkriptomů byl vyvinut flexibilní bioinformatický postup pro zpracování RNA-Seq dat, který umožňuje konzistentní a reprodukovatelnou analýzu napříč různými experimenty. U C. beijerinckii byla transkriptomická data dále využita k identifikaci a experimentální validaci stabilních referenčních genů pro normalizaci RT-qPCR. Výsledky této práce přispívají k lepšímu porozumění regulačních a metabolických mechanismů spojených s produkcí látek s přidanou hodnotou a zároveň poskytují obecně využitelný rámec pro systematickou analýzu bakteriálních transkriptomů. Získané poznatky mohou přispět k efektivnějšímu využití mikroorganismů v biotechnologiích, zejména při optimalizaci produkce biopaliv a biopolymerů.

Grantor dc:publisher

Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií

Author dc:creator

• Šabatová, Kateřina

Advisor dc:contributor.advisor

• Provazník, Valentýna

• RNA sekvenování
• transkriptomika
• referenční geny
• bakterie
• biotechnologie
• RNA sequencing
• transcriptomics
• reference genes
• bacteria
• biotechnology

Statement dc:rights

• Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení

Language dc:language.iso

en

Dc Identifier Other

177116

OAI identifier oai:identifier

oai:dspace.vut.cz:11012/260450