{"id":{"repo_id":"brno-tech","oai_identifier":"oai:dspace.vut.cz:11012/260450"},"canonical_url":"https://search.dev.ndltd.org/etd/brno-tech/oai:dspace.vut.cz:11012/260450","repository":{"repo_id":"brno-tech","name":"Brno University of Technology","base_url":"https://dspace.vut.cz/oai/request"},"display":{"title":"Transkriptomická analýza bakterií produkujících sloučeniny s přidanou hodnotou","abstract":"Produkce látek s přidanou hodnotou pomocí mikroorganismů, jako jsou biopaliva nebo biopolymery, je často omezena nedostatečným porozuměním regulačních a metabolických mechanismů, které tyto procesy řídí. Tato práce se zaměřuje na studium dynamiky genové exprese u dvou biotechnologicky významných bakterií, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a Rhodospirillum rubrum DSM 467T, v souvislosti se solventogenezí a akumulací polyhydroxyalkanoátů. Změny v genové expresi byly analyzovány pomocí RNA-Seq s cílem charakterizovat změny v genové expresi při různých kultivačních podmínkách a popsat jejich vztah k produkci metabolitů. Vzhledem ke specifickým výzvám spojeným s analýzou bakteriálních transkriptomů byl vyvinut flexibilní bioinformatický postup pro zpracování RNA-Seq dat, který umožňuje konzistentní a reprodukovatelnou analýzu napříč různými experimenty. U C. beijerinckii byla transkriptomická data dále využita k identifikaci a experimentální validaci stabilních referenčních genů pro normalizaci RT-qPCR. Výsledky této práce přispívají k lepšímu porozumění regulačních a metabolických mechanismů spojených s produkcí látek s přidanou hodnotou a zároveň poskytují obecně využitelný rámec pro systematickou analýzu bakteriálních transkriptomů. Získané poznatky mohou přispět k efektivnějšímu využití mikroorganismů v biotechnologiích, zejména při optimalizaci produkce biopaliv a biopolymerů.","abstract_html":"Produkce látek s přidanou hodnotou pomocí mikroorganismů, jako jsou biopaliva nebo biopolymery, je často omezena nedostatečným porozuměním regulačních a metabolických mechanismů, které tyto procesy řídí. Tato práce se zaměřuje na studium dynamiky genové exprese u dvou biotechnologicky významných bakterií, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a Rhodospirillum rubrum DSM 467T, v souvislosti se solventogenezí a akumulací polyhydroxyalkanoátů. Změny v genové expresi byly analyzovány pomocí RNA-Seq s cílem charakterizovat změny v genové expresi při různých kultivačních podmínkách a popsat jejich vztah k produkci metabolitů. Vzhledem ke specifickým výzvám spojeným s analýzou bakteriálních transkriptomů byl vyvinut flexibilní bioinformatický postup pro zpracování RNA-Seq dat, který umožňuje konzistentní a reprodukovatelnou analýzu napříč různými experimenty. U C. beijerinckii byla transkriptomická data dále využita k identifikaci a experimentální validaci stabilních referenčních genů pro normalizaci RT-qPCR. Výsledky této práce přispívají k lepšímu porozumění regulačních a metabolických mechanismů spojených s produkcí látek s přidanou hodnotou a zároveň poskytují obecně využitelný rámec pro systematickou analýzu bakteriálních transkriptomů. Získané poznatky mohou přispět k efektivnějšímu využití mikroorganismů v biotechnologiích, zejména při optimalizaci produkce biopaliv a biopolymerů.","abstract_has_math":false,"creators":["Šabatová, Kateřina"],"institution":"Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií","degree_name":null,"degree_level":null,"degree_discipline":null,"degree_department":null,"school":null,"contributors":[],"advisors":["Provazník, Valentýna"],"committee_chairs":[],"committee_members":[],"year":null,"date_issued":"","date_published":null,"updated_at":"2026-07-24T01:22:47Z","subjects":["RNA sekvenování","transkriptomika","referenční geny","bakterie","biotechnologie","RNA sequencing","transcriptomics","reference genes","bacteria","biotechnology"],"languages":["en"],"rights":["Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení"],"rights_urls":[],"identifier_entries":[{"key":"dc:identifier.other","label":"Dc Identifier Other","values":["177116"],"render_values":[{"text":"177116","href":null,"code":true}]}]},"links":{"outbound_url":"http://hdl.handle.net/11012/260450","outbound_label":"Handle","outbound_source":"dc:identifier.uri"},"metadata_groups":[{"id":"people","label":"People","entries":[{"key":"dc:contributor.advisor","label":"Advisor","values":["Provazník, Valentýna"]},{"key":"dc:creator","label":"Author","values":["Šabatová, Kateřina"]}]},{"id":"academic_context","label":"Academic Context","entries":[{"key":"dc:publisher","label":"Institution","values":["Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií"]},{"key":"dc:type","label":"Dc Type","values":["Text"]},{"key":"thesis:institution_name","label":"Thesis Institution Name","values":["Ph.D."]}]},{"id":"subjects_keywords","label":"Subjects and Keywords","entries":[{"key":"dc:subject","label":"Dc Subject","values":["RNA sekvenování","transkriptomika","referenční geny","bakterie","biotechnologie","RNA sequencing","transcriptomics","reference genes","bacteria","biotechnology"]}]},{"id":"language_rights","label":"Language and Rights","entries":[{"key":"dc:language.iso","label":"Language (ISO)","values":["en"]},{"key":"dc:rights","label":"Dc Rights","values":["Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení"]}]},{"id":"identifiers","label":"Identifiers","entries":[{"key":"dc:identifier.other","label":"Dc Identifier Other","values":["177116"]},{"key":"dc:identifier.uri","label":"Identifier URI","values":["http://hdl.handle.net/11012/260450"]}]},{"id":"additional","label":"Additional Metadata","entries":[{"key":"dc:description.abstract","label":"Abstract","values":["Produkce látek s přidanou hodnotou pomocí mikroorganismů, jako jsou biopaliva nebo biopolymery, je často omezena nedostatečným porozuměním regulačních a metabolických mechanismů, které tyto procesy řídí. Tato práce se zaměřuje na studium dynamiky genové exprese u dvou biotechnologicky významných bakterií, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a Rhodospirillum rubrum DSM 467T, v souvislosti se solventogenezí a akumulací polyhydroxyalkanoátů. Změny v genové expresi byly analyzovány pomocí RNA-Seq s cílem charakterizovat změny v genové expresi při různých kultivačních podmínkách a popsat jejich vztah k produkci metabolitů. Vzhledem ke specifickým výzvám spojeným s analýzou bakteriálních transkriptomů byl vyvinut flexibilní bioinformatický postup pro zpracování RNA-Seq dat, který umožňuje konzistentní a reprodukovatelnou analýzu napříč různými experimenty. U C. beijerinckii byla transkriptomická data dále využita k identifikaci a experimentální validaci stabilních referenčních genů pro normalizaci RT-qPCR. Výsledky této práce přispívají k lepšímu porozumění regulačních a metabolických mechanismů spojených s produkcí látek s přidanou hodnotou a zároveň poskytují obecně využitelný rámec pro systematickou analýzu bakteriálních transkriptomů. Získané poznatky mohou přispět k efektivnějšímu využití mikroorganismů v biotechnologiích, zejména při optimalizaci produkce biopaliv a biopolymerů.","Bacterial production of value-added compounds, such as biofuels and biopolymers, is often limited by an incomplete understanding of the underlying regulatory and metabolic mechanisms. This thesis investigates gene expression dynamics in two biotechnologically relevant bacteria, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 and Rhodospirillum rubrum DSM 467T, associated with solventogenesis and polyhydroxyalkanoate accumulation, respectively. Transcriptomic changes were analyzed using RNA-Seq to characterize condition-dependent gene expression patterns and their relationship to metabolite production. To address challenges specific to bacterial transcriptomics, a flexible bioinformatics workflow for the analysis of RNA-Seq data was developed, enabling consistent and reproducible analysis across diverse experimental designs. In C. beijerinckii, transcriptomic data were further used to identify and experimentally validate stable reference genes for RT-qPCR normalization. The results improve our understanding of the regulatory and metabolic mechanisms behind the production of value-added chemicals and provide a robust framework for systematic transcriptomic analysis in prokaryotes, supporting future efforts to optimize microbial production of biofuels and biopolymers."]},{"key":"dc:title","label":"Title","values":["Transkriptomická analýza bakterií produkujících sloučeniny s přidanou hodnotou"]}]}],"canonical_facts":{"dc:contributor.advisor":["Provazník, Valentýna"],"dc:creator":["Šabatová, Kateřina"],"dc:description.abstract":["Produkce látek s přidanou hodnotou pomocí mikroorganismů, jako jsou biopaliva nebo biopolymery, je často omezena nedostatečným porozuměním regulačních a metabolických mechanismů, které tyto procesy řídí. Tato práce se zaměřuje na studium dynamiky genové exprese u dvou biotechnologicky významných bakterií, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a Rhodospirillum rubrum DSM 467T, v souvislosti se solventogenezí a akumulací polyhydroxyalkanoátů. Změny v genové expresi byly analyzovány pomocí RNA-Seq s cílem charakterizovat změny v genové expresi při různých kultivačních podmínkách a popsat jejich vztah k produkci metabolitů. Vzhledem ke specifickým výzvám spojeným s analýzou bakteriálních transkriptomů byl vyvinut flexibilní bioinformatický postup pro zpracování RNA-Seq dat, který umožňuje konzistentní a reprodukovatelnou analýzu napříč různými experimenty. U C. beijerinckii byla transkriptomická data dále využita k identifikaci a experimentální validaci stabilních referenčních genů pro normalizaci RT-qPCR. Výsledky této práce přispívají k lepšímu porozumění regulačních a metabolických mechanismů spojených s produkcí látek s přidanou hodnotou a zároveň poskytují obecně využitelný rámec pro systematickou analýzu bakteriálních transkriptomů. Získané poznatky mohou přispět k efektivnějšímu využití mikroorganismů v biotechnologiích, zejména při optimalizaci produkce biopaliv a biopolymerů.","Bacterial production of value-added compounds, such as biofuels and biopolymers, is often limited by an incomplete understanding of the underlying regulatory and metabolic mechanisms. This thesis investigates gene expression dynamics in two biotechnologically relevant bacteria, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 and Rhodospirillum rubrum DSM 467T, associated with solventogenesis and polyhydroxyalkanoate accumulation, respectively. Transcriptomic changes were analyzed using RNA-Seq to characterize condition-dependent gene expression patterns and their relationship to metabolite production. To address challenges specific to bacterial transcriptomics, a flexible bioinformatics workflow for the analysis of RNA-Seq data was developed, enabling consistent and reproducible analysis across diverse experimental designs. In C. beijerinckii, transcriptomic data were further used to identify and experimentally validate stable reference genes for RT-qPCR normalization. The results improve our understanding of the regulatory and metabolic mechanisms behind the production of value-added chemicals and provide a robust framework for systematic transcriptomic analysis in prokaryotes, supporting future efforts to optimize microbial production of biofuels and biopolymers."],"dc:identifier.other":["177116"],"dc:identifier.uri":["http://hdl.handle.net/11012/260450"],"dc:language.iso":["en"],"dc:publisher":["Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií"],"dc:rights":["Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení"],"dc:subject":["RNA sekvenování","transkriptomika","referenční geny","bakterie","biotechnologie","RNA sequencing","transcriptomics","reference genes","bacteria","biotechnology"],"dc:title":["Transkriptomická analýza bakterií produkujících sloučeniny s přidanou hodnotou"],"dc:type":["Text"],"thesis:institution_name":["Ph.D."]},"updated_at":"2026-07-24T01:22:47Z"}