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Se caracterizó el árbol aplicando 12 descriptores, los frutos empleando 15 descriptores y las semillas aplicando 5 descriptores cualitativos y cuantitativos. Se realizaron análisis de varianza, análisis descriptivo a todas las variables, análisis conglomerado y discriminante canónico solo a las variables cuantitativas. Los árboles tienen altura media de 3.6 m, la altura de horqueta fue de 1.4 m. El 79 % de los árboles mostraron apariencia vigorosa y el 55 % crecen en competencia completa en la parcela. El peso medio del fruto fue de 683.1 g con 39 semillas en promedio. El árbol ID-298 registró el máximos peso y diámetro del fruto, sin embargo mostro un espesor del caballete grueso (3 cm), el ID-287 registró la mayor cantidad de semilla por fruto (49) y el ID-356 presentó el mayor peso de 100 semillas al 6.7% de humedad. El color amarillo predominó (71 %) en los frutos evaluados. El análisis de conglomerado conformo dos grupos morfológicamente diferentes. Las características que más contribuyeron a explicar la variabilidad fueron: Peso, longitud y diámetro del fruto, espesor del caballete, profundidad del surco; Ancho, largo y espesor de semilla, pe so fresco y peso seco de 100 semillas; Sin embargo, no mostró diferencias significativas en el número de semillas por fruto, ni para las variables morfológicas del árbol. Aplicando los parámetros siguientes: más de 35 semillas por fruto, índice de semilla mayor a 1 g e índice de mazorca menor a 20, se preseleccionaron 28 árboles élite de cacao. El análisis de componentes principales demostró que 7 variables explican el 77 % de variabilidad observada y para explicar el 100 % se necesita 20 variables. 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