Gyper: A graph-based HLA genotyper using aligned DNA sequences

Major histocompatibility complex er hópur gena sem spilar lykilhlutverk í ónæmiskerfi þúsunda lífvera. Í manninum er hann kallaður human leukocyte antigen (HLA) og er staðsettur á styttri armi litnings 6. Vitneskja um hvaða genasamsætu einstaklingur hefur er mikilvægt fyrir svið læknisfræðinnar. Ýmsar leiðir eru til staðar sem geta til um tegund HLA genasamsætu einstaklings með hárri nákvæmni en þessar aðferðir eru dýrar og tímafrekar. Nýlega hafa margar aðferðir sprottið upp sem nota DNA raðgreiningargögn í sama tilgangi vegna mikils aðgengis að slíkum gögnum. Helsti kostur slíkra aðferða er að þær krefjast aðeins tölvu og DNA raðgreiningargagna. Galli þeirra er að þær eru tímafrekar, oft þarf klukkustundir eða jafnvel daga til að vinna úr gögnunum. Við kynnum Gyper, nýjan opinn hugbúnað sem finnur HLA genasamsætu einstaklings með raðgreiningargögnum á aðeins nokkrum tugum sekúnda. Hraði Gyper fæst með því að skoða aðeins lítinn, en mikilvægan, hlut af raðgreiningargögnunum og bera saman við genasamsæturnar á hagkvæman hátt. Við notuðum Gyper til að finna genasamsætu um 4.000 Íslendinga á sex mikilvægum HLA genum. Með tengslaneti ályktuðum við HLA genasamsætur fyrir um 150.000 Íslendinga. Sannprófun sýndi að Gyper náði að tilgreina rétta genasamsætu í yfir 96% tilfella. Til að bera niðurstöður okkar saman við önnur forrit, þá fundum við einnig genasamsætur einstaklinga úr 1000 Genomes verkefninu. Í öllum tilfellum var nákvæmni Gyper sú sama eða hærri. Niðurstöður okkar sýna að Gyper nær að vera mjög hraðvirkur, en á sama tíma nákvæmur, í tilgreiningu sinni á genasamsætum einstaklinga fyrir HLA svæðið og á sér mikla notkunarmöguleika.

Author dc:creator

• Hannes Pétur Eggertsson 1989-

Contributors dc:contributor

• Háskóli Íslands

• Reikniverkfræði
• Hugbúnaðargerð
• DNA kjarnsýra
• Genamengi
• Raðgreining

Language dc:language.iso

en

Handle dc:identifier.uri

http://hdl.handle.net/1946/23093

OAI identifier oai:identifier

oai:skemman.is:1946/23093