Mit dem Mikroskop wurde in den 1620er Jahren ein neues Instrument in die Naturforschung eingeführt, dessen Möglichkeiten man zunächst geradezu euphorisch begrüßte, gegen Ende des Jahrhunderts dann jedoch mit zunehmendem Zweifel bedachte. Diese Entwicklung und die Beobachtungen, welche verschiedene Forschern an zahlreichen Gegenständen durchführten, werden in der Wissenschaftsgeschichte bislang vor allem aus einer ideengeschichtlichen Perspektive heraus betrachtet und erklärt: Erfolg und Niedergang der mikroskopischen Forschung wären demnach abhängig vom Status, den bestimmte naturphilosophische Konzepte, etwa der wiederbelebte Atomismus, innerhalb der wissenschaftlichen Gemeinschaft erhielten. Der Aspekt der wissenschaftlichen Praxis und der Verlauf der Forschung im Einzelnen spielt unter dieser Perspektive bislang nur eine geringe Rolle. Zwar gibt es Untersuchungen zu den jeweils verwendeten Mikroskopen (sofern erhalten), Studien zum konkreten Vorgehen einzelner Forscher, ihrem Umgang mit diesen neuen Instrumenten und den ihnen eigenen Potentialen und Schwierigkeiten waren dagegen eher eine Seltenheit. Insbesondere stellt sich in diesem Zusammenhang die Frage nach der Motivation spezifischer Untersuchungen (1), den Beziehungen verschiedener Beobachtungen zueinander (2) und den Bedingungen, unter denen Beobachtungstechniken (3) entwickelt und hinterfragt wurden. Ausgehend von diesen drei Teilfragen ergibt sich ein Bild der frühneuzeitlichen Mikroskopie, das sich grundlegend von den bisherigen, ideengeschichtlichen Entwürfen unterscheidet: Die Fragestellungen (1), welche den Beobachtungen zugrundelagen, wiesen zu Anfang noch einen engen Bezug zu Naturphilosophie, Naturgeschichte und Medizin auf. Schon bald verloren diese traditionellen Kontexte allerdings ihre Relevanz, und die Beobachtungen folgten zunehmend einer Richtung, die durch die Untersuchungen selbst vorgegeben wurde. Die zentrale Ursache hierfür lag darin, dass die untersuchten Objekte (2) über Vergleiche und Analogien in wechselseitige und stark fluktuierende Beziehungen zueinander gesetzt wurden. Dadurch entstand einerseits ein ständiger Bedarf an weiteren Beobachtungen, andererseits hingen die Interpretationen von Strukturen auch immer von den Ergebnissen früherer Untersuchungen ab. Hinsichtlich der Methoden (3) zeigt sich eine immer stärkere Spezialisierung der Techniken nach den jeweiligen Erfordernissen der Beobachtungen, welche durch die dominierende Ansicht, dass es sich beim mikroskopischen Sehen um eine künstliche Form der Wahrnehmung handle, vorangetrieben wurde. Die Probleme und zunehmenden Unstimmigkeiten, die aus diesen Techniken erwuchsen, wurden zwar von einigen Forschern reflektiert, die individuelle Spezialisierung verhinderte jedoch scheinbar einen Austausch über diese Thematik untereinander. Anstelle der allgemeinen, stringenten Entwicklung, die eine ideengeschichtliche Perspektive nahelegen würde, zeigen sich aus dieser praxisorientierten Perspektive zahlreiche nur wenig miteinander zusammenhängende Einzelgeschichten: Zwar arbeiteten viele Forscher, die sich des Mikroskops bedienten, zu ähnlichen Themen, ihre jeweiligen Ziele und Vorgehensweisen unterschieden sich jedoch, und der Austausch untereinander war trotz bestehender Möglichkeiten minimal. Dadurch wird zum einen deutlich, dass die zuvor als grundlegend angenommene Dominanz bestimmter abstrakter Ideen für die Forschung im Einzelnen kaum von Belang war. Zum anderen zeigt sich, dass wissenschaftliche Praxis insbesondere dann, wenn sie mit Instrumenten arbeitet, einer erheblichen Eigendynamik unterliegen kann.
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