Statistical analysis of multivariate data in bioinformatics

Valgud on organismide ühed tähtsaimad ehituskivid. Nende kogust ja omavahelisi seoseid uurides on võimalik saada infot organismi seisundi kohta. Tänapäevased seadmed võimaldavad koguda lühikese ajaga palju valkudega seotud andmeid. Nende analüüs on aga suhteliselt keerukas ja on loonud uue teadusharu nimega bioinformaatika. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks on kirjeldada mitmemõõtmeliste andmete statistilise analüüsiga seotud probleeme ja nende lahendusi. Näidatakse, kuidas sellised andmed saab esitada maatriksi kujul. Antakse ülevaade andmeallikatest ja analüüsimeetoditest ning näidatakse, kuidas neid saab praktikas kasutada. Kirjeldatakse üleeuroopalist vähiuuringute projekti PREDECT, kus paljud organisatsioonid osalevad vähimudelite täiustamises. Antakse ülevaade metaandmete kogumisest paljudelt partneritelt, samuti veebitööriistadest, mis loodi esmaseks andmeanalüüsiks. Kirjeldatakse uudse rinnavähi mudeliga seotud analüüsi ja koelõikude võrdlust erinevates laboritingimustes. Tutvustatakse vabalt kasutatavat veebitööriista, millega saab teha kirjeldavat andmeanalüüsi. Järgmistes peatükkides kirjeldatakse andmeanalüüsi erinevates uuringutes. Inimese platsentas leiti mitmeid uusi alleelispetsiifilise ekspressiooniga geene. Uuriti atoopilise dermatiidi molekulaarseid mehhanisme, täpsemalt valgu gamma-interferoon mõju sellele haigusele. Leiti mikroRNAsid, mida saab kasutada endometrioosi markeritena, ja loodi klassifitseerija endometrioosihaigete eristamiseks tervetest.

Author

• Metsalu, Tauno

• bioinformaatika
• mitmemõõtmeline analüüs
• juhtumiuuringud
• bioinformatics
• multivariate analysis
• case studies

Identifier

hdl:10062/50409

OAI identifier oai:identifier

oai:dspace.ut.ee:10062/50409