Molecular differences and similarities between histological subtypes of non-small cell lung cancer
type: CreativeWork
description: Uuringuks kasutati 147 mitteväikerakulise kopsuvähi tõttu opereeritud patsiendi koematerjali ning fenotüübi ja elulemuse andmeid. Geeniekspressiooni katse viidi läbi Illumina Human-6 ülegenoomi kiibiga mis sisaldab rohkem kui 48000 transkripti. Leitud markerite arvu vähendamiseks säilitati geenid mis näitasid vähemalt kahekordset ekspressiooni erinevust vähivabast normkoest. Erinevate vähitüüpide ja staadiumite molekulaarsete profiilide erinevuste visualiseerimiseks kasutati peakomponentanalüüsi. Metageeni leidmiseks piirati andmestiku suurust, klasterdades sarnase ekspressiooniga geene hierarhiliselt täieliku aheldatuse meetodil, kasutades sarnasusmõõduna Pearsoni korrelatsiooni. I b staadiumi patsientide geeniekspressiooni andmed jagati 500 gruppi ning iga klastri profiili keskmine moodustas metageeni. Uuringu tulemusena leiti mitteväikerakulises kopsuvähis normaalsest kopsukoest vähemalt kahekordse ekspressiooni erinevusega 672 alla- ja 1103 üles reguleeritud geeni. Lisaks leiti 18 uut potentsiaalset biomarkerit edasisteks kopsuvähi uuringuteks. Geeniekspressiooni profiili peakomponentanalüüs aitas eristada erinevaid vähitüüpe teineteisest ja mõnel juhul ka algkollet metastaasist. Samas ei eristu mitteväikerakulise kopsuvähi geeniekspressiooni profiilil ega ka selle peakomponentanalüüsil TNM il põhinevad vähkide kliinilised staadiumid. Kasutades p väärtust 10-6 ei õnnestunud veenvalt leida adenokartsinoomi ja bronhioloalveolaarset vähki eristavaid markereid. Ib staadiumi patsientide prognoosi hindamiseks leiti kaks statistilise olulisuse ja aktsepteeritava veapiiriga metageeni mis jaotas haigusjuhud ekspressiooni profiilide järgi kahte prognostilisse gruppi elulemusega vastavalt <757 ja >1225 päeva. Kahe grupi eristamiseks valisime kokkuleppeliselt 1000 päeva piiri.
abstract: Uuringuks kasutati 147 mitteväikerakulise kopsuvähi tõttu opereeritud patsiendi koematerjali ning fenotüübi ja elulemuse andmeid. Geeniekspressiooni katse viidi läbi Illumina Human-6 ülegenoomi kiibiga mis sisaldab rohkem kui 48000 transkripti. Leitud markerite arvu vähendamiseks säilitati geenid mis näitasid vähemalt kahekordset ekspressiooni erinevust vähivabast normkoest. Erinevate vähitüüpide ja staadiumite molekulaarsete profiilide erinevuste visualiseerimiseks kasutati peakomponentanalüüsi. Metageeni leidmiseks piirati andmestiku suurust, klasterdades sarnase ekspressiooniga geene hierarhiliselt täieliku aheldatuse meetodil, kasutades sarnasusmõõduna Pearsoni korrelatsiooni. I b staadiumi patsientide geeniekspressiooni andmed jagati 500 gruppi ning iga klastri profiili keskmine moodustas metageeni. Uuringu tulemusena leiti mitteväikerakulises kopsuvähis normaalsest kopsukoest vähemalt kahekordse ekspressiooni erinevusega 672 alla- ja 1103 üles reguleeritud geeni. Lisaks leiti 18 uut potentsiaalset biomarkerit edasisteks kopsuvähi uuringuteks. Geeniekspressiooni profiili peakomponentanalüüs aitas eristada erinevaid vähitüüpe teineteisest ja mõnel juhul ka algkollet metastaasist. Samas ei eristu mitteväikerakulise kopsuvähi geeniekspressiooni profiilil ega ka selle peakomponentanalüüsil TNM il põhinevad vähkide kliinilised staadiumid. Kasutades p väärtust 10-6 ei õnnestunud veenvalt leida adenokartsinoomi ja bronhioloalveolaarset vähki eristavaid markereid. Ib staadiumi patsientide prognoosi hindamiseks leiti kaks statistilise olulisuse ja aktsepteeritava veapiiriga metageeni mis jaotas haigusjuhud ekspressiooni profiilide järgi kahte prognostilisse gruppi elulemusega vastavalt <757 ja >1225 päeva. Kahe grupi eristamiseks valisime kokkuleppeliselt 1000 päeva piiri.
author: Vooder, Tõnu
keywords: kopsuvähk, geenid, geeniekspressioon, biomarkerid, lung cancer, genes, gene expression, biomarkers
date published: 2011-07-21
date modified: 2026-07-24T06:23:39Z
provider: University of Tartu
publisher: Networked Digital Library of Theses and Dissertations
type: WebPage
source organization: University of Tartu