Studies on bacterial ribosomes by chemical modification approaches

Ribosoom on suur makromolekulaarne kompleks, mis kodeerib päriliku informatsiooni valgulisse olemusse. Eeltuumsete organsimide ribosoom koosneb kaheks alamühikust, väikesest (30S) ja suurest (50S) alamühikust. Ribosoomi kahte alamühikut hoiavad koos ~ 30 erinevat ühendust, mis on jagatud 12 silla (B1a-B8) vahel. Väike alamühik koosneb ühest RNA molekulist (16S rRNA, 1542 nukleotiidi) ja 21-st ribosoomi valgust (S1-S21). Ribosoomi suur alamühik koosneb kahest RNA molekulist (5S rRNA, 120 nukleotiidi ja 23S rRNA, 2904 nukleotiidi) ja 33-st ribosoomi valgust (L1-L36). Minu töös uuritakse ribosomaalse RNA keemiliste positsioonide olulisust ribosoomi kahe alamühiku omavahelisel seonumisel. Keemilise modifitseerimise meetodit kasutades detekteerisime 16S rRNA-s kuus positsiooni (A702, A1418, A1483, U793, U1414 ja U1495), millede modifitseerimine takistab alamühikute assotseerumist. Detekteeritud positsioonid paiknevad tuntud alamühikute vahelistes sildades. Seega alamühikute assotsiatsioonil mängivad olulist rolli sillad B2a (U1495), B2b(U793), B3 (A1418, A1483, U1414) ja B7a (A702). Lisaks sellele töötasime välja meetodi, millega saab uurida RNA suhkur-fosfaat selgroo interaktsioone 23S rRNA-s. Välja töötatud meetodit on võimalik kasutada RNA suhkur-fosfaat selgroo interaktsioonide uurimiseks, substraatide sidumiskohtade määramiseks ja individuaalsete positsioonide mõju määramiseks valgusünteesi erinevates etappides. Kolmandas töös uuritakse ribosoomi valkude võimet välja vahetuda ja selle tulemusena taastada keemiliselt kahjustatud ribosoomide funktsioon. Ribosoomis välja vahetuvate valkude kindlaks tegemiseks, me kasutasime kahte in vitro meetodit, nii radioaktiivset märgistamist kui ka raskete isotoopide eristamise meetodit. Ribosoomi valgud S2, L1, L7/12, L9, L10, L11 ja L33 on kõige kergemini vahetuvad r-valgud. Seega, meie tulemused näitavad, et kahjustatud ribosoome on võimalik parandada valkude asendamise teel.

Author

• Pulk, Arto

• doktoritööd
• molekulaarbioloogia
• bakterid
• ribosoomid
• keemilise modifitseerimise meetodid

Identifier

hdl:10062/15123

OAI identifier oai:identifier

oai:dspace.ut.ee:10062/15123