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Les sources ponctuelles et diffuses de contamination fécale, comme les rejets municipaux, les rejets des résidences isolées, les déjections provenant d’exploitations animales ou de rassemblement d’animaux sauvages contribuent à la fermeture de nombreux secteurs de cueillette de mollusques. Des études de suivi des sources microbiennes de pollution ont vu le jour afin d’identifier avec plus de certitude les causes exactes de la contamination de ces secteurs. Ces méthodes seraient applicables pour identifier la contamination humaine et potentiellement de ruminants et de rassemblements de goélands dans deux secteurs de la Côte-Nord et un secteur de la Gaspésie. Toutefois, ces méthodes manquent encore de validité et de précision et ne permettent pas de quantifier la contribution de chaque source. 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