Régulation de l’épissage alternatif par un complexe de facteur d’épissage et annotation fonctionnelle de l’épissage alternatif
L'épissage alternatif est un mécanisme important pour réguler l'expression et l’activité des gènes en permettant à un gène de produire plusieurs isoformes de stabilité différente et de fonctions divergentes, parfois même opposées. De nombreuses isoformes d'épissage aberrantes sont liées à des maladies incluant des cancers. Actuellement, la conséquence de l'épissage alternatif est généralement déterminée gène par gène, ce qui limite considérablement la compréhension de l'impact biologique et cellulaire des changements du profil d'épissage ou comment l’épissage alternatif contribue à la définition de l’identité d’une espèce. L'épissage alternatif est régulé par les protéines se liant au RNA (RBPs) entre d’autres facteurs. RBFOX2 est un tel RBP régulant l'épissage dans les tissus sains et cancéreux. Il est proposé que RBFOX2 régule l'épissage des cibles sans son motif canonique par la liaison indirecte médiée par un autre régulateur d'épissage dans le cadre d'un complexe. Cependant, le mécanisme exact de la régulation de l'épissage au sein du complexe reste incertain. Dans cette thèse, en utilisant l'immunoprécipitation, la déplétion de la protéine spécifique, l'ARN-seq et la PCR sensible à l'épissage, nous avons montré que RBFOX2 peut interagir avec hnRNPC, hnRNPM et SRSF1 et se lie à l'ARN en utilisant leurs motifs. Nous avons montré que ces protéines régulent l'épissage alternatif en fonction de la configuration de leur interaction avec le pré-ARNm, et ciblent des gènes de différentes fonctions. Pour mieux comprendre comment l'épissage alternatif modifie la fonction des gènes et le phénotype cellulaire, nous avons également développé Sherbrooke Alternative Protein Feature IdentificatoR (SAPFIR), un serveur Web pour annoter des caractéristiques protéiques alternativement incluses telles que les domaines protéiques prédits par InterProScan, dans des gènes individuels ou des listes de régions génomiques. Cet outil permet l’analyse fonctionnelle des expériences d'épissage différentiel et montre comment les fonctions cellulaires sont affectées par un programme d'épissage défini. L’ensemble de cette thèse fournit un outil pour mieux comprendre les conséquences fonctionnelles de l'épissage alternatif et illustre comment plusieurs régulateurs d'épissage interagissent entre eux pour réguler l'épissage alternatif.
Épissage alternatif, RBFOX2, Complexe de facteur d'épissage, Séquençage d'ARN, SAPFIR, Alternative splicing, Slicing factor complex, RNA-seq
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