{"id":{"repo_id":"sherbrooke","oai_identifier":"oai:usherbrooke.scholaris.ca:11143/16314"},"canonical_url":"https://search.dev.ndltd.org/etd/sherbrooke/oai:usherbrooke.scholaris.ca:11143/16314","repository":{"repo_id":"sherbrooke","name":"Université de Sherbrooke","base_url":"https://usherbrooke.scholaris.ca/server/oai/request"},"display":{"title":"Adaptation de streptomyces scabies au périderme de la pomme de terre","abstract":"Le périderme de la pomme de terre est composé principalement de subérine. La subérine est composée de deux domaines, les domaines polyaliphatique et polyaromatique. Le domaine aliphatique de la subérine est constitué de polyesters d’acides gras avec des acides féruliques estérifiés. L'acide férulique est supposé se lier transversalement à la partie aromatique de la subérine. La subérine aromatique est composée principalement d’acides férulique et coumarique. Des recherches antérieures ont montré l’importance des esters férulés dans le maintien de l’intégrité du périderme, qui agit comme une barrière contre l’entrée de pathogènes. Il est de plus en plus évident que Streptomyces scabies, une bactérie causant la gale commune de la pomme de terre, peut dégrader la partie aliphatique de la subérine, mais son aptitude à dégrader le domaine aromatique n’a pas été étudiée. Dans la première partie de cette thèse, une surexpression hétérologue du gène sub1 a été faite dans une souche de E. coli. Ensuite, la protéine codée par ce gène a été purifiée. L’activité de l’enzyme Sub1 sur divers substrats dont un polymère synthétique (PET) et des biopolymères comme la subérine et la cutine a été testé. Notre étude démontre que Sub1 est bel et bien une cutinase/subérinase puisque des acides gras sont libérés de ces substrats en présence de l’enzyme. Sub1 hydrolysait aussi le polyester synthétique PET et pourrait donc être intéressante dans des applications biotechnologiques. Dans la deuxième partie, une étude chronologique de la déplétion en acides trans-féruliques et en acides p-coumariques a été réalisée à l'aide de la chromatographie en phase liquide à haute performance (HPLC) en échantillonnant périodiquement les surnageants de culture de S. scabies souches EF-35 et 87.22 cultivées en présence de ces composés aromatiques. Cette étude a révélé que S. scabies peut dégrader les acides trans-férulique et p-coumarique. Une analyse protéomique de S. scabies 87.22 cultivé en présence d'acide trans-férulique a permis d'identifier certaines protéines qui pourraient être impliquées dans le catabolisme du ferulate. De plus, l'expression des gènes codant pour les protéines identifiées a été déterminée par qRT-PCR en présence des acides trans-férulique et des acides p-coumarique. Les gènes testés étaient fortement exprimés en présence des deux composés. Les données suggèrent que le catabolisme des acides trans-férulique et des acides p-coumarique s'est produit via la voie du β-cétoadipate. Dans la troisième partie, nous avons comparé les réponses de S. scabies 87.22, S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 lors de leur interaction avec le périderme de la pomme de terre enrichi en subérine. S. scabies 87.22 et les espèces émergentes induisant la gale commune (Streptomyces acidiscabies ATCC 49003 et Streptomyces turgidiscabies Car8) ont été comparées à la fois pour leur capacité à se développer sur le périderme de la pomme de terre enrichi en subérine et à récupérer les nutriments de ce substrat. Les résultats ont révélé que, contrairement à S. scabies 87.22, S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 présentaient une capacité d'utilisation médiocre vis-à-vis des deux constituants principaux de la fraction aromatique de la subérine (acides trans-férulique et p-coumarique). S. scabies 87.22 a également montré une croissance supérieure à celle des autres espèces induisant la gale commune lorsqu'elle était cultivée en culture pure ou en co-culture avec S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 dans un milieu contenant de la subérine. De plus, S. scabies 87.22 semble mieux adapté que les deux espèces de Streptomyces à dégrader le matériau cellulosique incrusté dans les parois cellulaires subérisées du périderme de pomme de terre. Les résultats présentés dans cette thèse visaient à démontrer pour la première fois la capacité de S. scabies à dégrader non seulement la partie aliphatique de la subérine, mais également le domaine aromatique. Il a également été démontré que S. scabies 87.22 était bien mieux adapté à la plante hôte que les agents pathogènes émergents (S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8). Toutes ces propriétés pourraient conférer un avantage à S. scabies 87.22 en tant que saprophyte par rapport aux autres espèces induisant la gale commune et en tant que parasite, car la dégradation de la subérine peut faciliter à la fois la colonisation de la pomme de terre et les processus infectieux.","abstract_html":"Le périderme de la pomme de terre est composé principalement de subérine. La subérine est composée de deux domaines, les domaines polyaliphatique et polyaromatique. Le domaine aliphatique de la subérine est constitué de polyesters d’acides gras avec des acides féruliques estérifiés. L'acide férulique est supposé se lier transversalement à la partie aromatique de la subérine. La subérine aromatique est composée principalement d’acides férulique et coumarique. Des recherches antérieures ont montré l’importance des esters férulés dans le maintien de l’intégrité du périderme, qui agit comme une barrière contre l’entrée de pathogènes. Il est de plus en plus évident que Streptomyces scabies, une bactérie causant la gale commune de la pomme de terre, peut dégrader la partie aliphatique de la subérine, mais son aptitude à dégrader le domaine aromatique n’a pas été étudiée. Dans la première partie de cette thèse, une surexpression hétérologue du gène sub1 a été faite dans une souche de E. coli. Ensuite, la protéine codée par ce gène a été purifiée. L’activité de l’enzyme Sub1 sur divers substrats dont un polymère synthétique (PET) et des biopolymères comme la subérine et la cutine a été testé. Notre étude démontre que Sub1 est bel et bien une cutinase/subérinase puisque des acides gras sont libérés de ces substrats en présence de l’enzyme. Sub1 hydrolysait aussi le polyester synthétique PET et pourrait donc être intéressante dans des applications biotechnologiques. Dans la deuxième partie, une étude chronologique de la déplétion en acides trans-féruliques et en acides p-coumariques a été réalisée à l'aide de la chromatographie en phase liquide à haute performance (HPLC) en échantillonnant périodiquement les surnageants de culture de S. scabies souches EF-35 et 87.22 cultivées en présence de ces composés aromatiques. Cette étude a révélé que S. scabies peut dégrader les acides trans-férulique et p-coumarique. Une analyse protéomique de S. scabies 87.22 cultivé en présence d'acide trans-férulique a permis d'identifier certaines protéines qui pourraient être impliquées dans le catabolisme du ferulate. De plus, l'expression des gènes codant pour les protéines identifiées a été déterminée par qRT-PCR en présence des acides trans-férulique et des acides p-coumarique. Les gènes testés étaient fortement exprimés en présence des deux composés. Les données suggèrent que le catabolisme des acides trans-férulique et des acides p-coumarique s'est produit via la voie du β-cétoadipate. Dans la troisième partie, nous avons comparé les réponses de S. scabies 87.22, S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 lors de leur interaction avec le périderme de la pomme de terre enrichi en subérine. S. scabies 87.22 et les espèces émergentes induisant la gale commune (Streptomyces acidiscabies ATCC 49003 et Streptomyces turgidiscabies Car8) ont été comparées à la fois pour leur capacité à se développer sur le périderme de la pomme de terre enrichi en subérine et à récupérer les nutriments de ce substrat. Les résultats ont révélé que, contrairement à S. scabies 87.22, S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 présentaient une capacité d'utilisation médiocre vis-à-vis des deux constituants principaux de la fraction aromatique de la subérine (acides trans-férulique et p-coumarique). S. scabies 87.22 a également montré une croissance supérieure à celle des autres espèces induisant la gale commune lorsqu'elle était cultivée en culture pure ou en co-culture avec S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 dans un milieu contenant de la subérine. De plus, S. scabies 87.22 semble mieux adapté que les deux espèces de Streptomyces à dégrader le matériau cellulosique incrusté dans les parois cellulaires subérisées du périderme de pomme de terre. Les résultats présentés dans cette thèse visaient à démontrer pour la première fois la capacité de S. scabies à dégrader non seulement la partie aliphatique de la subérine, mais également le domaine aromatique. Il a également été démontré que S. scabies 87.22 était bien mieux adapté à la plante hôte que les agents pathogènes émergents (S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8). Toutes ces propriétés pourraient conférer un avantage à S. scabies 87.22 en tant que saprophyte par rapport aux autres espèces induisant la gale commune et en tant que parasite, car la dégradation de la subérine peut faciliter à la fois la colonisation de la pomme de terre et les processus infectieux.","abstract_has_math":false,"creators":["Khalil Habeeb Khalil, Mario"],"institution":"Université de Sherbrooke","degree_name":"Ph. D.","degree_level":"Doctorat","degree_discipline":"Biologie","degree_department":null,"school":null,"contributors":[],"advisors":["Beaulieu, Carole","Beaudoin, Nathalie"],"committee_chairs":[],"committee_members":[],"year":2019,"date_issued":"2019","date_published":"2019","updated_at":"2026-07-27T21:07:37Z","subjects":["Sub1","Common scab-inducing species","Hydroxycinnamates","Suberin","Streptomyces scabies","Trans-ferulic acid"],"languages":["fr","en"],"rights":[],"rights_urls":["http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ca/"],"identifier_entries":[]},"links":{"outbound_url":"http://hdl.handle.net/11143/16314","outbound_label":"Handle","outbound_source":"dc:identifier.uri"},"metadata_groups":[{"id":"people","label":"People","entries":[{"key":"dc:contributor.advisor","label":"Advisor","values":["Beaulieu, Carole","Beaudoin, Nathalie"]},{"key":"dc:creator","label":"Author","values":["Khalil Habeeb Khalil, Mario"]}]},{"id":"academic_context","label":"Academic Context","entries":[{"key":"dc:date.accessioned","label":"Dc Date Accessioned","values":["2019-12-06T23:05:45Z"]},{"key":"dc:date.available","label":"Dc Date Available","values":["2019-12-06T23:05:45Z"]},{"key":"dc:date.issued","label":"Date","values":["2019"]},{"key":"dc:publisher","label":"Institution","values":["Université de Sherbrooke"]},{"key":"dc:type","label":"Dc Type","values":["Thèse de doctorat"]},{"key":"thesis:degree_discipline","label":"Discipline","values":["Biologie"]},{"key":"thesis:degree_level","label":"Degree Level","values":["Doctorat"]},{"key":"thesis:degree_name","label":"Degree Name","values":["Ph. D."]},{"key":"thesis:institution_name","label":"Thesis Institution Name","values":["Université de Sherbrooke"]}]},{"id":"subjects_keywords","label":"Subjects and Keywords","entries":[{"key":"dc:subject","label":"Dc Subject","values":["Sub1","Common scab-inducing species","Hydroxycinnamates","Suberin","Streptomyces scabies","Trans-ferulic acid"]}]},{"id":"language_rights","label":"Language and Rights","entries":[{"key":"dc:language.iso","label":"Language (ISO)","values":["fr","en"]},{"key":"dc:rights.uri","label":"Rights URI","values":["http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ca/"]}]},{"id":"identifiers","label":"Identifiers","entries":[{"key":"dc:identifier.uri","label":"Identifier URI","values":["http://hdl.handle.net/11143/16314"]}]},{"id":"additional","label":"Additional Metadata","entries":[{"key":"dc:description.abstract","label":"Abstract","values":["Le périderme de la pomme de terre est composé principalement de subérine. La subérine est composée de deux domaines, les domaines polyaliphatique et polyaromatique. Le domaine aliphatique de la subérine est constitué de polyesters d’acides gras avec des acides féruliques estérifiés. L'acide férulique est supposé se lier transversalement à la partie aromatique de la subérine. La subérine aromatique est composée principalement d’acides férulique et coumarique. Des recherches antérieures ont montré l’importance des esters férulés dans le maintien de l’intégrité du périderme, qui agit comme une barrière contre l’entrée de pathogènes. Il est de plus en plus évident que Streptomyces scabies, une bactérie causant la gale commune de la pomme de terre, peut dégrader la partie aliphatique de la subérine, mais son aptitude à dégrader le domaine aromatique n’a pas été étudiée. Dans la première partie de cette thèse, une surexpression hétérologue du gène sub1 a été faite dans une souche de E. coli. Ensuite, la protéine codée par ce gène a été purifiée. L’activité de l’enzyme Sub1 sur divers substrats dont un polymère synthétique (PET) et des biopolymères comme la subérine et la cutine a été testé. Notre étude démontre que Sub1 est bel et bien une cutinase/subérinase puisque des acides gras sont libérés de ces substrats en présence de l’enzyme. Sub1 hydrolysait aussi le polyester synthétique PET et pourrait donc être intéressante dans des applications biotechnologiques. Dans la deuxième partie, une étude chronologique de la déplétion en acides trans-féruliques et en acides p-coumariques a été réalisée à l'aide de la chromatographie en phase liquide à haute performance (HPLC) en échantillonnant périodiquement les surnageants de culture de S. scabies souches EF-35 et 87.22 cultivées en présence de ces composés aromatiques. Cette étude a révélé que S. scabies peut dégrader les acides trans-férulique et p-coumarique. Une analyse protéomique de S. scabies 87.22 cultivé en présence d'acide trans-férulique a permis d'identifier certaines protéines qui pourraient être impliquées dans le catabolisme du ferulate. De plus, l'expression des gènes codant pour les protéines identifiées a été déterminée par qRT-PCR en présence des acides trans-férulique et des acides p-coumarique. Les gènes testés étaient fortement exprimés en présence des deux composés. Les données suggèrent que le catabolisme des acides trans-férulique et des acides p-coumarique s'est produit via la voie du β-cétoadipate. Dans la troisième partie, nous avons comparé les réponses de S. scabies 87.22, S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 lors de leur interaction avec le périderme de la pomme de terre enrichi en subérine. S. scabies 87.22 et les espèces émergentes induisant la gale commune (Streptomyces acidiscabies ATCC 49003 et Streptomyces turgidiscabies Car8) ont été comparées à la fois pour leur capacité à se développer sur le périderme de la pomme de terre enrichi en subérine et à récupérer les nutriments de ce substrat. Les résultats ont révélé que, contrairement à S. scabies 87.22, S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 présentaient une capacité d'utilisation médiocre vis-à-vis des deux constituants principaux de la fraction aromatique de la subérine (acides trans-férulique et p-coumarique). S. scabies 87.22 a également montré une croissance supérieure à celle des autres espèces induisant la gale commune lorsqu'elle était cultivée en culture pure ou en co-culture avec S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 dans un milieu contenant de la subérine. De plus, S. scabies 87.22 semble mieux adapté que les deux espèces de Streptomyces à dégrader le matériau cellulosique incrusté dans les parois cellulaires subérisées du périderme de pomme de terre. Les résultats présentés dans cette thèse visaient à démontrer pour la première fois la capacité de S. scabies à dégrader non seulement la partie aliphatique de la subérine, mais également le domaine aromatique. Il a également été démontré que S. scabies 87.22 était bien mieux adapté à la plante hôte que les agents pathogènes émergents (S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8). Toutes ces propriétés pourraient conférer un avantage à S. scabies 87.22 en tant que saprophyte par rapport aux autres espèces induisant la gale commune et en tant que parasite, car la dégradation de la subérine peut faciliter à la fois la colonisation de la pomme de terre et les processus infectieux.","Potato periderm is composed mainly of suberin. Suberin is composed of two domains (polyaliphatic and polyaromatic domains). The aliphatic domain of suberin consists of fatty acid polyesters with esterified ferulic acids. Ferulic acid is believed to cross‐link to the aromatic moiety of suberin. The aromatic suberin is composed mainly of ferulic and coumaric acids. Previous research reported the importance of ferulate esters in maintaining the integrity of the periderm which acts as a barrier against pathogens entry. Evidence accumulates that Streptomyces scabies, a potato common scab-inducing bacterium, can degrade the aliphatic part of suberin but its ability to degrade the aromatic domain has not been studied. In the first part of this thesis, a heterologous overexpression of the sub1 gene was made in an E. coli strain. Then, the protein encoded by this gene was purified. The activity of the enzyme Sub1 on various substrates including the synthetic polymer polyethylene terephthalate (PET) and the natural polymers such as suberin and cutin has been tested. Our study demonstrates that Sub1 is a cutinase/suberinase since fatty acids are released from these substrates in the presence of this enzyme. Sub1 also hydrolyzed the synthetic polyester polyethylene terephthalate (PET) and could therefore be of interest in biotechnological applications. In the second part, a time course study of both trans-ferulic and p-coumaric acids depletion was carried out using High Performance Liquid Chromatography (HPLC) by periodically sampling culture supernatants of S. scabies strains EF-35 and 87.22 grown in the presence of these aromatic compounds. This study revealed that S. scabies can degrade both trans-ferulic and p-coumaric acids. A proteomic analysis of S. scabies 87.22 in the presence of trans-ferulic acid allowed the identification of some proteins which could be involved in the catabolism of ferulate. Moreover, the expression of the genes encoding the identified proteins was determined by qRT-PCR in the presence of both trans-ferulic and p-coumaric acids. The tested genes were highly expressed in the presence of both compounds. The data suggest that trans-ferulic and p-coumaric acids catabolism occurred via the β-ketoadipate pathway. In the third part, we compared S. scabies 87.22, Streptomyces acidiscabies ATCC 49003 and Streptomyces turgidiscabies Car8 in their interaction with suberin-enriched potato periderm. S. scabies 87.22 and the emerging common scab-inducing species (Streptomyces acidiscabies ATCC 49003 and Streptomyces turgidiscabies Car8) were compared for both their ability to grow on suberin-enriched potato periderm and their retrieval of nutrients from this substrate. Results revealed that, in contrast to S. scabies 87.22, the other two common scab-inducing species S. acidiscabies ATCC 49003 and S. turgidiscabies Car8 exhibited poor utilization of the two main constituents of the aromatic moiety of suberin (trans-ferulic and p-coumaric acids). S. scabies 87.22 also showed higher growth rates than the other common scab-inducing species when grown in pure culture, or in co-culture, with S. acidiscabies ATCC 49003 and S. turgidiscabies Car8 in suberin-containing medium. Furthermore, this study also demonstrated that S. scabies 87.22 is better adapted than the two other Streptomyces species to degrade the cellulosic material embedded in the suberized cell walls of potato periderm. The results presented in this thesis demonstrated for the first time the ability of S. scabies to degrade not only the aliphatic part of suberin but also the aromatic domain. S. scabies was shown also to be better adapted to its host plant compared to the emerging pathogens S. acidiscabies ATCC 49003 and S. turgidiscabies Car8. All these properties could give an advantage to S. scabies 87.22 over the other common scab-inducing species as both a saprophyte and as a parasite since suberin degradation may facilitate both the potato tuber colonization and the infection processes."]},{"key":"dc:title","label":"Title","values":["Adaptation de streptomyces scabies au périderme de la pomme de terre"]}]}],"canonical_facts":{"dc:contributor.advisor":["Beaulieu, Carole","Beaudoin, Nathalie"],"dc:creator":["Khalil Habeeb Khalil, Mario"],"dc:date.accessioned":["2019-12-06T23:05:45Z"],"dc:date.available":["2019-12-06T23:05:45Z"],"dc:date.issued":["2019"],"dc:description.abstract":["Le périderme de la pomme de terre est composé principalement de subérine. La subérine est composée de deux domaines, les domaines polyaliphatique et polyaromatique. Le domaine aliphatique de la subérine est constitué de polyesters d’acides gras avec des acides féruliques estérifiés. L'acide férulique est supposé se lier transversalement à la partie aromatique de la subérine. La subérine aromatique est composée principalement d’acides férulique et coumarique. Des recherches antérieures ont montré l’importance des esters férulés dans le maintien de l’intégrité du périderme, qui agit comme une barrière contre l’entrée de pathogènes. Il est de plus en plus évident que Streptomyces scabies, une bactérie causant la gale commune de la pomme de terre, peut dégrader la partie aliphatique de la subérine, mais son aptitude à dégrader le domaine aromatique n’a pas été étudiée. Dans la première partie de cette thèse, une surexpression hétérologue du gène sub1 a été faite dans une souche de E. coli. Ensuite, la protéine codée par ce gène a été purifiée. L’activité de l’enzyme Sub1 sur divers substrats dont un polymère synthétique (PET) et des biopolymères comme la subérine et la cutine a été testé. Notre étude démontre que Sub1 est bel et bien une cutinase/subérinase puisque des acides gras sont libérés de ces substrats en présence de l’enzyme. Sub1 hydrolysait aussi le polyester synthétique PET et pourrait donc être intéressante dans des applications biotechnologiques. Dans la deuxième partie, une étude chronologique de la déplétion en acides trans-féruliques et en acides p-coumariques a été réalisée à l'aide de la chromatographie en phase liquide à haute performance (HPLC) en échantillonnant périodiquement les surnageants de culture de S. scabies souches EF-35 et 87.22 cultivées en présence de ces composés aromatiques. Cette étude a révélé que S. scabies peut dégrader les acides trans-férulique et p-coumarique. Une analyse protéomique de S. scabies 87.22 cultivé en présence d'acide trans-férulique a permis d'identifier certaines protéines qui pourraient être impliquées dans le catabolisme du ferulate. De plus, l'expression des gènes codant pour les protéines identifiées a été déterminée par qRT-PCR en présence des acides trans-férulique et des acides p-coumarique. Les gènes testés étaient fortement exprimés en présence des deux composés. Les données suggèrent que le catabolisme des acides trans-férulique et des acides p-coumarique s'est produit via la voie du β-cétoadipate. Dans la troisième partie, nous avons comparé les réponses de S. scabies 87.22, S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 lors de leur interaction avec le périderme de la pomme de terre enrichi en subérine. S. scabies 87.22 et les espèces émergentes induisant la gale commune (Streptomyces acidiscabies ATCC 49003 et Streptomyces turgidiscabies Car8) ont été comparées à la fois pour leur capacité à se développer sur le périderme de la pomme de terre enrichi en subérine et à récupérer les nutriments de ce substrat. Les résultats ont révélé que, contrairement à S. scabies 87.22, S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 présentaient une capacité d'utilisation médiocre vis-à-vis des deux constituants principaux de la fraction aromatique de la subérine (acides trans-férulique et p-coumarique). S. scabies 87.22 a également montré une croissance supérieure à celle des autres espèces induisant la gale commune lorsqu'elle était cultivée en culture pure ou en co-culture avec S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8 dans un milieu contenant de la subérine. De plus, S. scabies 87.22 semble mieux adapté que les deux espèces de Streptomyces à dégrader le matériau cellulosique incrusté dans les parois cellulaires subérisées du périderme de pomme de terre. Les résultats présentés dans cette thèse visaient à démontrer pour la première fois la capacité de S. scabies à dégrader non seulement la partie aliphatique de la subérine, mais également le domaine aromatique. Il a également été démontré que S. scabies 87.22 était bien mieux adapté à la plante hôte que les agents pathogènes émergents (S. acidiscabies ATCC 49003 et S. turgidiscabies Car8). Toutes ces propriétés pourraient conférer un avantage à S. scabies 87.22 en tant que saprophyte par rapport aux autres espèces induisant la gale commune et en tant que parasite, car la dégradation de la subérine peut faciliter à la fois la colonisation de la pomme de terre et les processus infectieux.","Potato periderm is composed mainly of suberin. Suberin is composed of two domains (polyaliphatic and polyaromatic domains). The aliphatic domain of suberin consists of fatty acid polyesters with esterified ferulic acids. Ferulic acid is believed to cross‐link to the aromatic moiety of suberin. The aromatic suberin is composed mainly of ferulic and coumaric acids. Previous research reported the importance of ferulate esters in maintaining the integrity of the periderm which acts as a barrier against pathogens entry. Evidence accumulates that Streptomyces scabies, a potato common scab-inducing bacterium, can degrade the aliphatic part of suberin but its ability to degrade the aromatic domain has not been studied. In the first part of this thesis, a heterologous overexpression of the sub1 gene was made in an E. coli strain. Then, the protein encoded by this gene was purified. The activity of the enzyme Sub1 on various substrates including the synthetic polymer polyethylene terephthalate (PET) and the natural polymers such as suberin and cutin has been tested. Our study demonstrates that Sub1 is a cutinase/suberinase since fatty acids are released from these substrates in the presence of this enzyme. Sub1 also hydrolyzed the synthetic polyester polyethylene terephthalate (PET) and could therefore be of interest in biotechnological applications. In the second part, a time course study of both trans-ferulic and p-coumaric acids depletion was carried out using High Performance Liquid Chromatography (HPLC) by periodically sampling culture supernatants of S. scabies strains EF-35 and 87.22 grown in the presence of these aromatic compounds. This study revealed that S. scabies can degrade both trans-ferulic and p-coumaric acids. A proteomic analysis of S. scabies 87.22 in the presence of trans-ferulic acid allowed the identification of some proteins which could be involved in the catabolism of ferulate. Moreover, the expression of the genes encoding the identified proteins was determined by qRT-PCR in the presence of both trans-ferulic and p-coumaric acids. The tested genes were highly expressed in the presence of both compounds. The data suggest that trans-ferulic and p-coumaric acids catabolism occurred via the β-ketoadipate pathway. In the third part, we compared S. scabies 87.22, Streptomyces acidiscabies ATCC 49003 and Streptomyces turgidiscabies Car8 in their interaction with suberin-enriched potato periderm. S. scabies 87.22 and the emerging common scab-inducing species (Streptomyces acidiscabies ATCC 49003 and Streptomyces turgidiscabies Car8) were compared for both their ability to grow on suberin-enriched potato periderm and their retrieval of nutrients from this substrate. Results revealed that, in contrast to S. scabies 87.22, the other two common scab-inducing species S. acidiscabies ATCC 49003 and S. turgidiscabies Car8 exhibited poor utilization of the two main constituents of the aromatic moiety of suberin (trans-ferulic and p-coumaric acids). S. scabies 87.22 also showed higher growth rates than the other common scab-inducing species when grown in pure culture, or in co-culture, with S. acidiscabies ATCC 49003 and S. turgidiscabies Car8 in suberin-containing medium. Furthermore, this study also demonstrated that S. scabies 87.22 is better adapted than the two other Streptomyces species to degrade the cellulosic material embedded in the suberized cell walls of potato periderm. The results presented in this thesis demonstrated for the first time the ability of S. scabies to degrade not only the aliphatic part of suberin but also the aromatic domain. S. scabies was shown also to be better adapted to its host plant compared to the emerging pathogens S. acidiscabies ATCC 49003 and S. turgidiscabies Car8. All these properties could give an advantage to S. scabies 87.22 over the other common scab-inducing species as both a saprophyte and as a parasite since suberin degradation may facilitate both the potato tuber colonization and the infection processes."],"dc:identifier.uri":["http://hdl.handle.net/11143/16314"],"dc:language.iso":["fr","en"],"dc:publisher":["Université de Sherbrooke"],"dc:rights.uri":["http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ca/"],"dc:subject":["Sub1","Common scab-inducing species","Hydroxycinnamates","Suberin","Streptomyces scabies","Trans-ferulic acid"],"dc:title":["Adaptation de streptomyces scabies au périderme de la pomme de terre"],"dc:type":["Thèse de doctorat"],"thesis:degree_discipline":["Biologie"],"thesis:degree_level":["Doctorat"],"thesis:degree_name":["Ph. D."],"thesis:institution_name":["Université de Sherbrooke"]},"updated_at":"2026-07-27T21:07:37Z"}