Caractérisation de l'agent de biocontrôle Pseudomonas fluorescens LBUM223 par l'étude comparative de son interaction avec deux agents pathogènes de la pomme de terre
"Le mildiou et la gale commune sont deux maladies d'importance chez la pomme de terre pour lesquelles aucune méthode n'est totalement durable pour contrôler les agents pathogènes responsables : Phytophthora infestans et Streptomyces scabies. Dans ce contexte, le biocontrôle, qui est l'utilisation de microorganismes conférant une défense accrue contre des agents phytopathogènes, apparaît comme une alternative écologique de choix. La production d'un composé antimicrobien, l'acide phénazine-1-carboxylique (PCA) par certaines bactéries appartenant aux Pseudomonas spp, isolées au sein du laboratoire, semble être un facteur clé du potentiel de ces mêmes bactéries à être utilisées comme agents de biocontrôle contre ces deux maladies. Pseudomonas fluorescens LBUM223 et son mutant isogénique non producteur de PCA sont utilisés dans cette thèse dans le but d'étudier l'impact de LBUM223 et sa production de PCA sur les transcriptomes de P. infestans et S. scabies. Les analyses transcriptomiques de ces deux agents pathogènes sont réalisées grâce à l'utilisation de la technique de RNA-Seq à la suite de tests de confrontation in vitro et la validdation de l'expression de gènes d'intérêt par RT-qPCR. Les résultats obtenus ont démontré que chacun des deux agents pathogènes a subi des changements importants au niveau de son transcriptome à la suite de l'exposition à LBUM223 ou l'agent de PCA synthétique, impliquant des changements transcriptionnels dans des fonctions métaboliques comme le transport, l'oxydoréduction et la pathogénèse. Mots clés: Pseudomonas fluorescens, Phytophthora infestans, Streptomyces scabies, biocontrôle, RNA-Seq, microbiome, pomme de terre."--Sommaire.
Pseudomonas fluorescens, Gale commune de la pomme de terre, Streptomyces scabies, Phytophthora infestans, Séquençage à haut débit, Mildiou de la pomme de terre, Biopesticides, Bactéricides, Phénazine, Pomme de terre, Maladies et fléaux
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