Einfluss gekrümmter Sequenzen auf Fernwechselwirkungen in superhelikaler DNA

Gekrümmte Sequenzbereiche nehmen bevorzugt eine Endschleifenposition in scDNA ein. Daraus sollte eine festgelegte dreidimensionale scDNA-Konformation resultieren, die die Wechselwirkungswahrscheinlichkeit von entfernt liegenden Orten in der DNA beeinflusst. Der Einfluss von Krümmung auf Fernwechselwirkungen in scDNA wurde durch kinetische Messungen der intramolekularen Vernetzung zweier sequenzspezifisch biotinylierter Stellen in der DNA über Streptavidin charakterisiert. Die Markierung der DNA erfolgte über triplexbildende Oligonukleotide (TFOs), die mit Biotin modifiziert waren. Die Biotinylierungsstellen lagen flankierend zu einer Insertion, die eine sequenzinduzierte Krümmung aufweist. Es wurde die lokale Konzentration JM einer Biotinylierungsposition in der Umgebung der zweiten und intramolekulare Reaktionskonstanten bestimmt. Die jM-Werte wurden mit Computersimulationen der untersuchten DNAs verglichen. Für scDNA ohne Krümmung stimmten experimentelle und simulierte Befunde nahezu genau überein. Weiterhin sank jM in quantitativer Übereinstimmung mit den Simulationen für zunehmend asymmetrische Positionen der Marker in Relation zur Krümmung. Allerdings widersprach eine geringe Erhöhung von jM in scDNA mit Krümmung gegenüber einer Kontrolle ohne Krümmung den Simulationen, die einen stärkeren Einfluss erwarten ließen. Dies ist wahrscheinlich auf eine sterische Behinderung des an einer biotinylierten Stelle gebundenen Strept-POD in der Superhelix zurückzuführen. Der Effekt trat in scDNA mit Krümmung, dessen Bewegungsfreiheitsgrade wegen der Endschleifenposition der Krümmung reduziert sind, deutlich hervor. Die Befunde deuten darauf hin, dass eine lokale Krümmung in scDNA Interaktionen zwischen Orten über große Entfernungen beeinflussen kann

Level thesis:degree_level

thesis.doctoral

Grantor dc:publisher

Universität Heidelberg

Year

2001

Author dc:creator

• Bussiek, Malte

Contributors dc:contributor

• Langowski, Jörg

Repository record source_url

http://www.ub.uni-heidelberg.de/archiv/1825

OAI identifier oai:identifier

oai:archiv.ub.uni-heidelberg.de:1825