Klonierung und Charakterisierung des ranBP17-Gens im Bruchpunktbereich der Translokation t(5;14) bei Patienten mit akuter lymphatischer Leukämie
type: CreativeWork
description: Die Lokalisation von ranBP17 im Bruchpunktbereich t(5;14)(q34;q11) bei zwei ALL-Patienten wurde mittels genomischer Sequenzierung isolierter, ranBP17-positiver PAC-Klone und genomischer BLAST-Homologiesuche ermittelt. Dabei bricht ranBP17 beim ersten Patienten zwischen den Exonen 24a-25 auseinander, wohingegen bei dem Patienten 2 der Bruch 8030bp hinter dem 3`-Ende dieses Gens stattfindet und ranBP17 komplett auf dem Chromosom 5q34 verbleibt. In beiden Fällen werden von Chromosom 14q11 die TCRa/d-Enhancer in die Nähe von ranBP17 transloziert. In einer Entfernung von 9242bp vom äußersten 3`-Ende von ranBP17 konnte durch eine BLAST-Homologiesuche das Exon 1 von hox11l2, einem Homeoboxgen, identifiziert werden. Dieses Gen wird durch die t(5;14) bei beiden ALL-Patienten an das TCR-Dd3-Element von Chromosom 14q11 transloziert. Da bei beiden Bruchpunktereignissen die Enhancer des TCRa/d-Locus an das funktionstüchtige ranBP17 transloziert werden, ist von einer Beteiligung dieses Gens an der ALL-Entstehung auszugehen. Das Expressionsmuster von ranBP17 in humanem Testis- und Pankreasgewebe zeigte vier Transkripte von 2.0, 4.2, 7.5 und 10.0kb. Die hohe evolutionäre Konservierung von ranBP17 konnte mittels eines genomischen Southern Blots bis zum Huhn belegt und mittels einer Gendatenbanksuche durch die 41ige Homologie zum C. elegans Gen c35a5.8 ergänzt werden. Mittels einer 5`-RACE-PCR mit humaner Testis cDNA konnte das Startcodon von ranBP17, das in einer typischen Kozak-Konsensussequenz liegt, ermittelt werden. Weitere cDNA-Screeningexperimente führten zur Klonierung mehrerer Transkripte des ranBP17-Gens. Das Transkript mit dem längsten ORF besitzt eine Größe von 4301bp und kodiert für ein 1088AA großes Protein. Durch eine genomische BLAST-Homologiesuche konnte die komplette Exonstruktur und der größte Teil der Intronstruktur von ranBP17 aufgedeckt werden. Neben den 28 Exonen von ranBP17 konnten dadurch die Exone 9, 14a-e, 24a-b sowie das Exon 25 als Module für alternative
abstract: Die Lokalisation von ranBP17 im Bruchpunktbereich t(5;14)(q34;q11) bei zwei ALL-Patienten wurde mittels genomischer Sequenzierung isolierter, ranBP17-positiver PAC-Klone und genomischer BLAST-Homologiesuche ermittelt. Dabei bricht ranBP17 beim ersten Patienten zwischen den Exonen 24a-25 auseinander, wohingegen bei dem Patienten 2 der Bruch 8030bp hinter dem 3`-Ende dieses Gens stattfindet und ranBP17 komplett auf dem Chromosom 5q34 verbleibt. In beiden Fällen werden von Chromosom 14q11 die TCRa/d-Enhancer in die Nähe von ranBP17 transloziert. In einer Entfernung von 9242bp vom äußersten 3`-Ende von ranBP17 konnte durch eine BLAST-Homologiesuche das Exon 1 von hox11l2, einem Homeoboxgen, identifiziert werden. Dieses Gen wird durch die t(5;14) bei beiden ALL-Patienten an das TCR-Dd3-Element von Chromosom 14q11 transloziert. Da bei beiden Bruchpunktereignissen die Enhancer des TCRa/d-Locus an das funktionstüchtige ranBP17 transloziert werden, ist von einer Beteiligung dieses Gens an der ALL-Entstehung auszugehen. Das Expressionsmuster von ranBP17 in humanem Testis- und Pankreasgewebe zeigte vier Transkripte von 2.0, 4.2, 7.5 und 10.0kb. Die hohe evolutionäre Konservierung von ranBP17 konnte mittels eines genomischen Southern Blots bis zum Huhn belegt und mittels einer Gendatenbanksuche durch die 41ige Homologie zum C. elegans Gen c35a5.8 ergänzt werden. Mittels einer 5`-RACE-PCR mit humaner Testis cDNA konnte das Startcodon von ranBP17, das in einer typischen Kozak-Konsensussequenz liegt, ermittelt werden. Weitere cDNA-Screeningexperimente führten zur Klonierung mehrerer Transkripte des ranBP17-Gens. Das Transkript mit dem längsten ORF besitzt eine Größe von 4301bp und kodiert für ein 1088AA großes Protein. Durch eine genomische BLAST-Homologiesuche konnte die komplette Exonstruktur und der größte Teil der Intronstruktur von ranBP17 aufgedeckt werden. Neben den 28 Exonen von ranBP17 konnten dadurch die Exone 9, 14a-e, 24a-b sowie das Exon 25 als Module für alternative
author: Schäfer, Martin
date published: 2001-06-22
date modified: 2026-07-24T02:29:02Z
provider: Universität Heidelberg
publisher: Networked Digital Library of Theses and Dissertations
type: WebPage
source organization: Universität Heidelberg