{"id":{"repo_id":"freiburg-diss","oai_identifier":"oai:freidok.uni-freiburg.de:2257"},"canonical_url":"https://search.dev.ndltd.org/etd/freiburg-diss/oai:freidok.uni-freiburg.de:2257","repository":{"repo_id":"freiburg-diss","name":"University of Freiburg","base_url":"https://freidok.uni-freiburg.de/oai/oai2.php"},"display":{"title":"Etablierung der sequentiellen-multilokus-Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung : eine Methode zur Darstellung koinzidenter Onkogen-Amplifikationen und numerischer chromosomaler Aneuploidien an Gewebeschnitten am Beispiel des Barrett Karzinoms","abstract":"Die Fluoreszenz-in-situ-Hybdrisierung (FISH) ist die Methode der Wahl zum spezifischen und sensitiven Nachweis von DNA-Sequenzen (z.B. Gene) im nativen Kontext (in-situ). Aufgrund der begrenzten Anzahl lichtmikroskopisch unterscheidbarer Fluorochrome ist allerdings die Anzahl der in einem Experiment simultan darstellbaren DNA-Sequenzen mit typischerweise 1-3 Genen oder Zentromeren stark eingeschränkt. Simultane Mehrfachdarstellungen sind heute an Gewebeschnitten nicht etabliert.
Die vorliegende Arbeit beschreibt die Entwicklung eines methodischen Ansatzes der erstmals die Mehrfachdarstellung von 10 DNA-Sequenzen in Zellkernen eines Gewebes ermöglicht. Dieses Ziel wird durch eine Abfolge von Hybridisierungen in denselben Zellkernen eines Gewebes erreicht.
Dadurch können Kopienzahlen mehrerer Gene und Zentromere auf Einzelzellniveau bestimmt werden und dosisabhängige Gen-Gen-Interaktionen und komplexe Muster von Genkopienzahländerungen lassen sich beschreiben.
Die Etablierung der sequentiellen Hybridisierungen erfolgte für die Gene c-met, c-myc, CyclinD1, Her2/neu, eine DNA-Sequenz auf 20q13.2 und für die zugehörigen Zentromere 7, 8, 11, 17 und 20 am Beispiel des Adenokarzinoms des distalen Ösophagus, das sogenannte Barrett Karzinom. Die identifizierten Muster von 10 DNA-Sequenzen auf Einzelzellniveau in Gewebeschnitten ermöglichen eine differenzierte Beschreibung intratumoraler Tumorzellheterogenität und von Tumorzellpopulationen an Hand von Onkogen-Amplifikationen und Aneuploidien. Zudem konnte erstmals gezeigt werden, dass Genkopienzahländerungen in Tumorzellkernen positiv oder negativ korreliert sein können.
Die mögliche tumorbiologische und klinische Relevanz wird beispielhaft für die Metastasierung durch einen Vergleich von Primärtumor und Metastasen gezeigt. Daneben wurden endoskopisch gewonnene Biopsien mit dem zugehörigen Tumor des Operationspräparates verglichen und die Frage der molekulargenetischen Repräsentativität diskutiert.","abstract_html":"Die Fluoreszenz-in-situ-Hybdrisierung (FISH) ist die Methode der Wahl zum spezifischen und sensitiven Nachweis von DNA-Sequenzen (z.B. Gene) im nativen Kontext (in-situ). Aufgrund der begrenzten Anzahl lichtmikroskopisch unterscheidbarer Fluorochrome ist allerdings die Anzahl der in einem Experiment simultan darstellbaren DNA-Sequenzen mit typischerweise 1-3 Genen oder Zentromeren stark eingeschränkt. Simultane Mehrfachdarstellungen sind heute an Gewebeschnitten nicht etabliert. <br>Die vorliegende Arbeit beschreibt die Entwicklung eines methodischen Ansatzes der erstmals die Mehrfachdarstellung von 10 DNA-Sequenzen in Zellkernen eines Gewebes ermöglicht. Dieses Ziel wird durch eine Abfolge von Hybridisierungen in denselben Zellkernen eines Gewebes erreicht. <br>Dadurch können Kopienzahlen mehrerer Gene und Zentromere auf Einzelzellniveau bestimmt werden und dosisabhängige Gen-Gen-Interaktionen und komplexe Muster von Genkopienzahländerungen lassen sich beschreiben. <br>Die Etablierung der sequentiellen Hybridisierungen erfolgte für die Gene c-met, c-myc, CyclinD1, Her2/neu, eine DNA-Sequenz auf 20q13.2 und für die zugehörigen Zentromere 7, 8, 11, 17 und 20 am Beispiel des Adenokarzinoms des distalen Ösophagus, das sogenannte Barrett Karzinom. Die identifizierten Muster von 10 DNA-Sequenzen auf Einzelzellniveau in Gewebeschnitten ermöglichen eine differenzierte Beschreibung intratumoraler Tumorzellheterogenität und von Tumorzellpopulationen an Hand von Onkogen-Amplifikationen und Aneuploidien. Zudem konnte erstmals gezeigt werden, dass Genkopienzahländerungen in Tumorzellkernen positiv oder negativ korreliert sein können. <br>Die mögliche tumorbiologische und klinische Relevanz wird beispielhaft für die Metastasierung durch einen Vergleich von Primärtumor und Metastasen gezeigt. Daneben wurden endoskopisch gewonnene Biopsien mit dem zugehörigen Tumor des Operationspräparates verglichen und die Frage der molekulargenetischen Repräsentativität diskutiert.","abstract_has_math":false,"creators":["Schwab, Katharina Margarete"],"institution":null,"degree_name":null,"degree_level":null,"degree_discipline":null,"degree_department":null,"school":null,"contributors":["Werner, Martin"],"advisors":[],"committee_chairs":[],"committee_members":[],"year":null,"date_issued":"","date_published":null,"updated_at":"2026-07-24T02:22:40Z","subjects":["Barrett Karzinom","sequentielle Hybridisierung","Koamplifikation","Tumorzellpopulationen","Barrett´s adenocarcinoma","co-amplification","sequential hybridization"],"languages":[],"rights":[],"rights_urls":[],"identifier_entries":[]},"links":{"outbound_url":"https://freidok.uni-freiburg.de/data/2257","outbound_label":"Repository record","outbound_source":"source_url"},"metadata_groups":[{"id":"people","label":"People","entries":[{"key":"dc:contributor","label":"Contributor","values":["Werner, Martin"]},{"key":"dc:creator","label":"Author","values":["Schwab, Katharina Margarete"]}]},{"id":"academic_context","label":"Academic Context","entries":[{"key":"dc:type","label":"Dc Type","values":["DoctoralThesis"]}]},{"id":"subjects_keywords","label":"Subjects and Keywords","entries":[{"key":"dc:subject","label":"Dc Subject","values":["Barrett Karzinom","sequentielle Hybridisierung","Koamplifikation","Tumorzellpopulationen","Barrett´s adenocarcinoma","co-amplification","sequential hybridization"]}]},{"id":"additional","label":"Additional Metadata","entries":[{"key":"dc:description.abstract","label":"Abstract","values":["Die Fluoreszenz-in-situ-Hybdrisierung (FISH) ist die Methode der Wahl zum spezifischen und sensitiven Nachweis von DNA-Sequenzen (z.B. Gene) im nativen Kontext (in-situ). Aufgrund der begrenzten Anzahl lichtmikroskopisch unterscheidbarer Fluorochrome ist allerdings die Anzahl der in einem Experiment simultan darstellbaren DNA-Sequenzen mit typischerweise 1-3 Genen oder Zentromeren stark eingeschränkt. Simultane Mehrfachdarstellungen sind heute an Gewebeschnitten nicht etabliert.
Die vorliegende Arbeit beschreibt die Entwicklung eines methodischen Ansatzes der erstmals die Mehrfachdarstellung von 10 DNA-Sequenzen in Zellkernen eines Gewebes ermöglicht. Dieses Ziel wird durch eine Abfolge von Hybridisierungen in denselben Zellkernen eines Gewebes erreicht.
Dadurch können Kopienzahlen mehrerer Gene und Zentromere auf Einzelzellniveau bestimmt werden und dosisabhängige Gen-Gen-Interaktionen und komplexe Muster von Genkopienzahländerungen lassen sich beschreiben.
Die Etablierung der sequentiellen Hybridisierungen erfolgte für die Gene c-met, c-myc, CyclinD1, Her2/neu, eine DNA-Sequenz auf 20q13.2 und für die zugehörigen Zentromere 7, 8, 11, 17 und 20 am Beispiel des Adenokarzinoms des distalen Ösophagus, das sogenannte Barrett Karzinom. Die identifizierten Muster von 10 DNA-Sequenzen auf Einzelzellniveau in Gewebeschnitten ermöglichen eine differenzierte Beschreibung intratumoraler Tumorzellheterogenität und von Tumorzellpopulationen an Hand von Onkogen-Amplifikationen und Aneuploidien. Zudem konnte erstmals gezeigt werden, dass Genkopienzahländerungen in Tumorzellkernen positiv oder negativ korreliert sein können.
Die mögliche tumorbiologische und klinische Relevanz wird beispielhaft für die Metastasierung durch einen Vergleich von Primärtumor und Metastasen gezeigt. Daneben wurden endoskopisch gewonnene Biopsien mit dem zugehörigen Tumor des Operationspräparates verglichen und die Frage der molekulargenetischen Repräsentativität diskutiert.","The fluorescence-in-situ-hybridisation (FISH) is the method of choice for the specific and sensitive detection of DNA sequences (e.g. genes) in the native context (in-situ). Because of the restricted numbers of fluorochromes, which can be simultaneously differentiated by a light-optical microscope, the numbers of simultaneously detectable DNA-sequences in one experiment, is typically restricted to 1 - 3 genes or centromeres. Simultaneous multicolour painting tools are not established on tissue sections today.
This dissertation describes the development of a methodical approach, which for the first time enables the sequential display of 10 DNA-sequences in the identical cell nuclei of tissue sections. This objective is made possible through a sequence of hybridisation of the identical cell nuclei of one specific tissue section.
Thereby the numbers of copies of multiple genes and centromeres on the level of a single cell nucleus can be determined and complex patterns of changes in gene-copy-numbers can be described.
The establishment of the sequential hybridisation is realized for the genes c-met, c-myc, CyclinD1, Her2/neu, a DNA-sequence on 20q13.2 and the associated centromeres 7, 8, 11, 17 and 20, using the adenocarcinoma of the distal esophagus, the so called Barrett´s adenocarcinoma as an example. The identified patterns of the 10 DNA sequences on the level of a single cell nucleus of one tissue section permit the differentiated description of intratumoral heterogeneity. Additionally population of tumour cells can be described, based on the oncogene amplifications and chromosome-aneuploidies. Besides this it can be shown for the first time, that changes in gene-copy-numbers in tumour cell nuclei can correlate in a positive or negative direction.
One possible tomour biological and clinical relevance is shown exemplarily for the metastasis, through a comparison of primary tumours and metastases. Furthermore endoscopic generated biopsies are compared with the belonging tumour from a surgical resection specimen and the the topic of the molecular genetic representativeness is being discussed."]},{"key":"dc:format.medium","label":"Dc Format Medium","values":["application/pdf"]},{"key":"dc:title","label":"Title","values":["Etablierung der sequentiellen-multilokus-Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung : eine Methode zur Darstellung koinzidenter Onkogen-Amplifikationen und numerischer chromosomaler Aneuploidien an Gewebeschnitten am Beispiel des Barrett Karzinoms","Establishement of the sequential multilocus fluorescence in situ hybridization : a method for displaying conicident oncogene amplifications and numeric chromosomal aneuploidies on tissue sections, using the Barret's adenocarcinoma as an example"]}]}],"canonical_facts":{"dc:contributor":["Werner, Martin"],"dc:creator":["Schwab, Katharina Margarete"],"dc:description.abstract":["Die Fluoreszenz-in-situ-Hybdrisierung (FISH) ist die Methode der Wahl zum spezifischen und sensitiven Nachweis von DNA-Sequenzen (z.B. Gene) im nativen Kontext (in-situ). Aufgrund der begrenzten Anzahl lichtmikroskopisch unterscheidbarer Fluorochrome ist allerdings die Anzahl der in einem Experiment simultan darstellbaren DNA-Sequenzen mit typischerweise 1-3 Genen oder Zentromeren stark eingeschränkt. Simultane Mehrfachdarstellungen sind heute an Gewebeschnitten nicht etabliert.
Die vorliegende Arbeit beschreibt die Entwicklung eines methodischen Ansatzes der erstmals die Mehrfachdarstellung von 10 DNA-Sequenzen in Zellkernen eines Gewebes ermöglicht. Dieses Ziel wird durch eine Abfolge von Hybridisierungen in denselben Zellkernen eines Gewebes erreicht.
Dadurch können Kopienzahlen mehrerer Gene und Zentromere auf Einzelzellniveau bestimmt werden und dosisabhängige Gen-Gen-Interaktionen und komplexe Muster von Genkopienzahländerungen lassen sich beschreiben.
Die Etablierung der sequentiellen Hybridisierungen erfolgte für die Gene c-met, c-myc, CyclinD1, Her2/neu, eine DNA-Sequenz auf 20q13.2 und für die zugehörigen Zentromere 7, 8, 11, 17 und 20 am Beispiel des Adenokarzinoms des distalen Ösophagus, das sogenannte Barrett Karzinom. Die identifizierten Muster von 10 DNA-Sequenzen auf Einzelzellniveau in Gewebeschnitten ermöglichen eine differenzierte Beschreibung intratumoraler Tumorzellheterogenität und von Tumorzellpopulationen an Hand von Onkogen-Amplifikationen und Aneuploidien. Zudem konnte erstmals gezeigt werden, dass Genkopienzahländerungen in Tumorzellkernen positiv oder negativ korreliert sein können.
Die mögliche tumorbiologische und klinische Relevanz wird beispielhaft für die Metastasierung durch einen Vergleich von Primärtumor und Metastasen gezeigt. Daneben wurden endoskopisch gewonnene Biopsien mit dem zugehörigen Tumor des Operationspräparates verglichen und die Frage der molekulargenetischen Repräsentativität diskutiert.","The fluorescence-in-situ-hybridisation (FISH) is the method of choice for the specific and sensitive detection of DNA sequences (e.g. genes) in the native context (in-situ). Because of the restricted numbers of fluorochromes, which can be simultaneously differentiated by a light-optical microscope, the numbers of simultaneously detectable DNA-sequences in one experiment, is typically restricted to 1 - 3 genes or centromeres. Simultaneous multicolour painting tools are not established on tissue sections today.
This dissertation describes the development of a methodical approach, which for the first time enables the sequential display of 10 DNA-sequences in the identical cell nuclei of tissue sections. This objective is made possible through a sequence of hybridisation of the identical cell nuclei of one specific tissue section.
Thereby the numbers of copies of multiple genes and centromeres on the level of a single cell nucleus can be determined and complex patterns of changes in gene-copy-numbers can be described.
The establishment of the sequential hybridisation is realized for the genes c-met, c-myc, CyclinD1, Her2/neu, a DNA-sequence on 20q13.2 and the associated centromeres 7, 8, 11, 17 and 20, using the adenocarcinoma of the distal esophagus, the so called Barrett´s adenocarcinoma as an example. The identified patterns of the 10 DNA sequences on the level of a single cell nucleus of one tissue section permit the differentiated description of intratumoral heterogeneity. Additionally population of tumour cells can be described, based on the oncogene amplifications and chromosome-aneuploidies. Besides this it can be shown for the first time, that changes in gene-copy-numbers in tumour cell nuclei can correlate in a positive or negative direction.
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