Knowledge bases and stochastic algorithms for mining biological data: applications on A-to-I RNA editing and RNAi

Fino alla seconda metà del Novecento, il rapporto tra la Biologia e l Informatica era molto flebile e i dati venivano generalmente raccolti su materiali deperibili come la carta e stipati in schedari. Questa situazione è cambiata grazie all avvento della Bioinformatica, un campo relativamente nuovo che si occupa di problemi biologici sfruttando l'uso di approcci computazionali. Questa scienza interdisciplinare ha due particolari campi d'azione: da una parte, la costruzione di database biologici che hanno lo scopo di immagazzinare in modo razionale l'enorme quantità di dati raccolti, dall'altra, lo sviluppo e l'applicazione di algoritmi ,anche approssimati, per l'estrazione di modelli di predizione da questo tipo di dati. Questa tesi presenterà risultati relativi ad entrambi gli aspetti. Verranno infatti presentati tre nuovi database, miRandola, miReditar e VIRGO. Essi si distinguono per il loro libero accesso ed una interfaccia web di tipo user-friendly. Infine, verranno introdotti anche alcuni risultati legati all'applicazione di approcci stocastici sul targeting dei microrNA e il fenomeno dell'RNA interference.

Grantor dc:publisher

Università degli studi di Catania

Year dc:date

2013

Author dc:creator

• NIGITA, GIOVANNI

Contributors dc:contributor

• PULVIRENTI, ALFREDO
• CUTELLO, Vincenzo

• Biological databases, Profile HMMs, Motif discovery, Stochastic Algorithms, A-to-I RNA editing, microRNAs

Statement dc:rights

• info:eu-repo/semantics/openAccess
• license:PUBBLICO - Pubblico con Copyright
• license uri:iris.PUB02

Language dc:language

eng

Handle dc:identifier

https://hdl.handle.net/20.500.11769/586208

OAI identifier oai:identifier

oai:www.iris.unict.it:20.500.11769/586208