Rekonstrukce repetitivních elementů DNA

Eukaryotické genomy obsahují velké množství repetitivních struktur. Jejich detekce a sestavení patří dnes k hlavním výzvám bioinformatiky. Tato práce obsahuje hlavní klasifikaci repetitivní DNA a představuje implementaci nového de novo assembleru, zaměřeného na hledání a sestavení LTR retrotranspozonů a satelitní DNA. Assembler přijímá na svém vstupu krátké ready (single nebo pair-end), získané sekvenátory druhé generace (NGS). Tento assembler je založen na přístupu Overlap Layout Consensus.

Grantor dc:publisher

Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií

Author dc:creator

• Hypský, Jan

Advisor dc:contributor.advisor

• Puterová, Janka

• repetitivní DNA
• sestavení repetic
• de novo assembler
• LTR retrotranspozony
• satelitní DNA
• krátké ready
• Overlap Layout Consensus
• repetitive DNA
• repeats assembly
• LTR retrotransposons
• satellite DNA
• short reads

Statement dc:rights

• Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení

Language dc:language.iso

cs

Dc Identifier Other

114935

OAI identifier oai:identifier

oai:dspace.vut.cz:11012/84923