Akcelerace algoritmů pro hledání palindromu a opakujících se struktur
type: CreativeWork
description: Veškerá genetická informace živých organismů je uložena v DNA. Zkoumání její struktury a funkce představuje důležitou oblast výzkumu moderní biologie. Jednou ze zajímavých struktur, vyskytujících se v sekvencích DNA, jsou také palindromy. Na základě jejich výzkumu se předpokládá, že hrají důležitou roli při interpretaci informace uložené v DNA, jelikož se často vyskytují v okolí důležitých genů. Jejich hledání je složitější díky výskytu mutací (změn v posloupnosti prvků DNA), což zvyšuje časovou složitost algoritmů. Proto má smysl zabývat se jejich paralelizací a akcelerací. Rozborem metod pro hledání palindromů a návrhem akcelerační architektury se zabývá tato práce. Výpočet pomocí hardwarové jednotky implementované v čipu FPGA na kartě ml555 může být až 6 667krát rychlejší oproti nejlepšímu známému softwarovému řešení využívajícímu sufixová pole.
abstract: Veškerá genetická informace živých organismů je uložena v DNA. Zkoumání její struktury a funkce představuje důležitou oblast výzkumu moderní biologie. Jednou ze zajímavých struktur, vyskytujících se v sekvencích DNA, jsou také palindromy. Na základě jejich výzkumu se předpokládá, že hrají důležitou roli při interpretaci informace uložené v DNA, jelikož se často vyskytují v okolí důležitých genů. Jejich hledání je složitější díky výskytu mutací (změn v posloupnosti prvků DNA), což zvyšuje časovou složitost algoritmů. Proto má smysl zabývat se jejich paralelizací a akcelerací. Rozborem metod pro hledání palindromů a návrhem akcelerační architektury se zabývá tato práce. Výpočet pomocí hardwarové jednotky implementované v čipu FPGA na kartě ml555 může být až 6 667krát rychlejší oproti nejlepšímu známému softwarovému řešení využívajícímu sufixová pole.
author: Voženílek, Jan
language: cs
keywords: Hledání přibližných palindromů, hardwarová akcelerace, VHDL, FPGA., Approximate palindrome detection, hardware acceleration
date modified: 2026-07-24T01:22:47Z
provider: Brno University of Technology
publisher: Networked Digital Library of Theses and Dissertations
type: WebPage
source organization: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií

PropertyValue
property ID: Handle
value: http://hdl.handle.net/11012/54337