Automatizace vyhodnocení diskové difuze pomocí multiplatformní aplikace s integrací expertních vyhodnocovacích pravidel

V této diplomové práci je navržena, implementována a integrována multiplatformní aplikace pro automatizované vyhodnocení diskové difuze (DD) při testování citlivosti na antibiotika (AST). Zpracovací řetězec DD zahrnuje detekci Petriho misek vylepšeným detektorem FCOS s mAP. = 98,76% a mAP. = 77,18%, detekci antibiotických disků s mAP.:. = 96,03%, OCR rozpoznávání kódů disků se dvěma větvemi s přesností 97,98% na 545 instancích a detekci inhibičních zón s mAP.:. = 90,98% a F = 98,10%. Vyvinutý AST ES integruje breakpointy EUCAST, expertní pravidla a databázi NCBI Taxonomy do strukturované databáze a převádí MIC nebo DD hodnoty a kontextová data na základní i expertně anotovanou kategorii SIR s doplňujícími informacemi. Systém je dostupný jako knihovna pro C# .NET a HTTP REST API, DD/AST aplikace může být nasazena jako samostatná WPF aplikace i jako zásuvný modul platformy pickingrobot vyvíjené společností Bruker. Správnost interpretace byla ověřena na 20 strukturovaných scénářích pro pět druhů bakterií a šest indikačních kategorií, ve všech byly výsledky správné.

Grantor dc:publisher

Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií

Author dc:creator

• Lepík, Jakub

Advisor dc:contributor.advisor

• Mezina, Anzhelika

• AST
• automatizovaná interpretace
• C#
• disková difuze
• EUCAST
• expertní systém
• klinická mikrobiologie
• měření citlivosti na antibiotika
• multiplatformní vývoj
• NCBI
• .NET
• Počítačové vidění
• REST API
• Strojové učení
• Zpracování obrazu
• antibiotic susceptibility testing
• automated interpretation
• clinical microbiology
• Computer Vision
• cross-platform development
• disk diffusion
• expert system
• Image Processing
• Machine Learning

Statement dc:rights

• Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení

Language dc:language.iso

en

Dc Identifier Other

175360

OAI identifier oai:identifier

oai:dspace.vut.cz:11012/257286