Vyhledáváni repetitivní DNA z nukleotidových sekvencí

V této práci je rozebrána problematika repetitivních DNA a algoritmů pro vyhledávání tandemových repetic. Tandemové repetice hrají důležitou roli v biologickém průmyslu. Slouží jako genetické markery pro tvoření genetických map, profilů DNA pro určování otcovství a ve forenzní oblasti. Dalším důvodem pro jejich vyhledávání je, že mají za následek několik závažných onemocnění člověka. Algoritmy pro jejich vyhledávání jsou proto předmětem mnoha studií. Algoritmy dělíme do dvou hlavních skupin – algoritmy porovnávající řetězce DNA a algoritmy založené na zpracování numericky reprezentované DNA. Úkolem této bakalářské práce je vybrat si zástupce z každé skupiny, navrhnout jejich realizaci a tu poté také předvést v programovém prostředí Matlab. Výsledkem práce by mělo být porovnání obou programů na základě vybraných kritérií s pomocí několika sekvencí. Těchto několik vybraných sekvencí budou mít za úkol tyto programy zpracovat a výsledky z těchto zpracování budou mezi sebou porovnány.

Grantor dc:publisher

Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií

Author dc:creator

• Moskovská, Kateřina

Advisor dc:contributor.advisor

• Kubicová, Vladimíra

• rozptýlené repetice
• tandemové repetice
• mikrosatelity
• expanze trinukleotidů
• algoritmus
• numerická reprezentace
• Fourierova transformace
• plovoucí okno
• spektrogram
• porovnávání řetězců
• interspred repeats
• tandem repeats
• microsatelites
• expansion of the trinucleotide repeats
• algorithm
• numerical representation
• Fourier transform
• sliding window
• spectrogram
• string matching

Statement dc:rights

• Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení

Language dc:language.iso

cs

Dc Identifier Other

51785

OAI identifier oai:identifier

oai:dspace.vut.cz:11012/12448