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Nesse contexto, os objetivos deste estudo foram diagnosticar candidemia em neonatos, associando os fatores epidemiológicos predisponentes e o perfil de susceptibilidade às drogas antifúngicas dos agentes etiológicos. No período de março de 2010 a julho de 2011, foram feitas coletas das amostras clínicas em neonatos de Unidades de Terapia Intensiva Neonatal do Hospital Agamenon Magalhães e do Instituto de Medicina Integral Professor Fernando Figueira. O diagnóstico micológico foi realizado através do exame direto, cultura e identificação dos agentes etiológicos. Foram coletadas amostras de sangue de 301 pacientes e isoladas 30 culturas, sendo identificadas Candida albicans (11), C. parapsilosis (11), C. pelliculosa (5), C. glabrata (1), C. guilliermondii (1) e C. tropicalis (1). Dos 30 pacientes com hemoculturas positivas para fungos, 90% eram pré-termos, 60% do sexo masculino, 93,4% possuíam peso ao nascer inferior a 2,5kg e as condições clínicas mais associadas foram icterícia e síndrome do desconforto respiratório. A grande maioria dos pacientes fazia uso de dispositivo terapêutico invasivo, destacando-se nutrição parenteral (96,7%) e cateterismo umbilical (73,3%). Quanto à susceptibilidade antifúngica todos os isolados de levedura foram sensíveis a anfotericina B, porém foi observada resistência ao fluconazol e voriconazol, principalmente por C. albicans, e 7 dos 11 isolados de C. parapsilosis foram resistentes a anidulafungina. As infecções fúngicas invasivas são frequentes em neonatos, permanecendo as espécies de Candida como as mais isoladas. 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