{"id":{"repo_id":"brasilia","oai_identifier":"oai:repositorio.unb.br:10482/21039"},"canonical_url":"https://search.dev.ndltd.org/etd/brasilia/oai:repositorio.unb.br:10482/21039","repository":{"repo_id":"brasilia","name":"Universidade de Brasília","base_url":"http://repositorio2.unb.br/oai/request"},"display":{"title":"Análise da interação entre moléculas desenhadas a partir do ácido anacárdico e a proteína PPAR usando ferramentas in silico","abstract":"Os receptores nucleares ativados por proliferadores de peroxissoma (PPAR) se mostram de grande importância nos mais diversos tecidos, dentre eles o tecido adiposo e o muscular de forma especial por estarem relacionados ao metabolismo glicose e lipídeos. Sendo assim, sua alteração pode estar relacionada a vários tipos de doenças como: diabetes, aterosclerose, hipertensão, dislipidemia e câncer, entre outras. Os PPAR tem sua conformação alterada após a interação com o ligante, podendo este ser diversas gorduras da dieta ou diversos metabólitos de lipídeos, permitindo assim a modulação de sua atividade pela ligação de diferentes cofatores. Devido a sua grande importância em várias partes do metabolismo, os PPAR têm sido alvo de várias moléculas contra as mais variadas doenças. Sendo assim, o presente trabalho usou análises in silico para estudar a interação entre a proteína PPARγ e possíveis ligantes derivados do ácido anacárdico. Para este objetivo, utilizou-se o programa Autodock Vina para realização das análises de docking e o Gromacs para a dinâmica molecular. Observou-se nas duas estratégias distintas de docking utilizadas (rígido e flexível) que todos os ligantes mostraram capacidade de interagir na região próxima à hélice 12 (RH12) e próxima à hélice 3 e às fitas β (RH3). Os ligantes LDT11, 13, 208, 380 e 383 apresentaram mais ligações de hidrogênio, o que pode estar relacionado a maior estabilidade do ligante: hélice 12, possivelmente gerando um maior recrutamento de coativadores. Uma terceira posição (RH3'), interagindo de modo polar com resíduos como Glu259 e Arg280, muito presente no docking rígido, quase não esteve presente no flexível que foi feito com alguns aminoácidos flexíveis, apresentando valores de afinidade menores. Nos experimentos de dinâmica molecular o LDT11 realizou interações durante longos períodos com a Ser289, His449 e Tyr473 na região da hélice 12, levando a menores valores de RMSD do que a estrutura apo, principalmente com dois ligantes no sítio de interação, o que pode indicar a cooperatividade como importante na estabilização dessa região da proteína. Na hélice 3 e fitas β, os contatos foram com a Arg288, Glu291, Ser342 e Glu343, possivelmente relacionado à estabilização e consequente inibição da fosforilação da Ser273. A região de interação com o ligante (LBD) da PPARγ foi expressa em grande porcentagem solúvel nas cepas de E. coli BL21 (DE3) e BL21 (DE3) pLysE a 25ºC e na BL21 (DE3) pLysS a 28ºC. A purificação da proteína foi executada por cromatografia de afinidade a metal imobilizado, sendo eluída a 250 mM de imidazol.","abstract_html":"Os receptores nucleares ativados por proliferadores de peroxissoma (PPAR) se mostram de grande importância nos mais diversos tecidos, dentre eles o tecido adiposo e o muscular de forma especial por estarem relacionados ao metabolismo glicose e lipídeos. Sendo assim, sua alteração pode estar relacionada a vários tipos de doenças como: diabetes, aterosclerose, hipertensão, dislipidemia e câncer, entre outras. Os PPAR tem sua conformação alterada após a interação com o ligante, podendo este ser diversas gorduras da dieta ou diversos metabólitos de lipídeos, permitindo assim a modulação de sua atividade pela ligação de diferentes cofatores. Devido a sua grande importância em várias partes do metabolismo, os PPAR têm sido alvo de várias moléculas contra as mais variadas doenças. Sendo assim, o presente trabalho usou análises in silico para estudar a interação entre a proteína PPARγ e possíveis ligantes derivados do ácido anacárdico. Para este objetivo, utilizou-se o programa Autodock Vina para realização das análises de docking e o Gromacs para a dinâmica molecular. Observou-se nas duas estratégias distintas de docking utilizadas (rígido e flexível) que todos os ligantes mostraram capacidade de interagir na região próxima à hélice 12 (RH12) e próxima à hélice 3 e às fitas β (RH3). Os ligantes LDT11, 13, 208, 380 e 383 apresentaram mais ligações de hidrogênio, o que pode estar relacionado a maior estabilidade do ligante: hélice 12, possivelmente gerando um maior recrutamento de coativadores. Uma terceira posição (RH3'), interagindo de modo polar com resíduos como Glu259 e Arg280, muito presente no docking rígido, quase não esteve presente no flexível que foi feito com alguns aminoácidos flexíveis, apresentando valores de afinidade menores. Nos experimentos de dinâmica molecular o LDT11 realizou interações durante longos períodos com a Ser289, His449 e Tyr473 na região da hélice 12, levando a menores valores de RMSD do que a estrutura apo, principalmente com dois ligantes no sítio de interação, o que pode indicar a cooperatividade como importante na estabilização dessa região da proteína. Na hélice 3 e fitas β, os contatos foram com a Arg288, Glu291, Ser342 e Glu343, possivelmente relacionado à estabilização e consequente inibição da fosforilação da Ser273. A região de interação com o ligante (LBD) da PPARγ foi expressa em grande porcentagem solúvel nas cepas de E. coli BL21 (DE3) e BL21 (DE3) pLysE a 25ºC e na BL21 (DE3) pLysS a 28ºC. A purificação da proteína foi executada por cromatografia de afinidade a metal imobilizado, sendo eluída a 250 mM de imidazol.","abstract_has_math":false,"creators":["Lima, Jônatas Cunha Barbosa"],"institution":null,"degree_name":null,"degree_level":null,"degree_discipline":null,"degree_department":null,"school":null,"contributors":[],"advisors":["Barbosa, João Alexandre Ribeiro Gonçalves"],"committee_chairs":[],"committee_members":[],"year":2016,"date_issued":"2016-07-28","date_published":"2016-07-28","updated_at":"2026-08-21T16:42:33Z","subjects":[],"languages":["por"],"rights":["Acesso Aberto"],"rights_urls":[],"identifier_entries":[{"key":"dc:identifier.doi","label":"DOI","values":["http://dx.doi.org/10.26512/2016.02.D.21039"],"render_values":[{"text":"http://dx.doi.org/10.26512/2016.02.D.21039","href":"http://dx.doi.org/10.26512/2016.02.D.21039","code":true}]}]},"links":{"outbound_url":"http://repositorio.unb.br/handle/10482/21039","outbound_label":"Repository record","outbound_source":"dc:identifier.uri"},"source_record":{"url":"http://repositorio2.unb.br/oai/request?verb=GetRecord&metadataPrefix=dim&identifier=oai%3Arepositorio.unb.br%3A10482%2F21039","prefix":"dim"},"metadata_groups":[{"id":"people","label":"People","entries":[{"key":"dc:contributor.advisor","label":"Advisor","values":["Barbosa, João Alexandre Ribeiro Gonçalves"]},{"key":"dc:creator","label":"Author","values":["Lima, Jônatas Cunha Barbosa"]}]},{"id":"academic_context","label":"Academic Context","entries":[{"key":"dc:date.accessioned","label":"Dc Date Accessioned","values":["2016-07-28T11:07:17Z"]},{"key":"dc:date.available","label":"Dc Date Available","values":["2016-07-28T11:07:17Z"]},{"key":"dc:date.issued","label":"Date","values":["2016-07-28"]},{"key":"dc:type","label":"Dc Type","values":["Dissertação"]}]},{"id":"language_rights","label":"Language and Rights","entries":[{"key":"dc:language.iso","label":"Language (ISO)","values":["por"]},{"key":"dc:rights","label":"Dc Rights","values":["Acesso Aberto"]}]},{"id":"identifiers","label":"Identifiers","entries":[{"key":"dc:identifier.doi","label":"DOI","values":["http://dx.doi.org/10.26512/2016.02.D.21039"]},{"key":"dc:identifier.uri","label":"Identifier URI","values":["http://repositorio.unb.br/handle/10482/21039"]}]},{"id":"additional","label":"Additional Metadata","entries":[{"key":"dc:description","label":"Description","values":["Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2016."]},{"key":"dc:description.abstract","label":"Abstract","values":["Os receptores nucleares ativados por proliferadores de peroxissoma (PPAR) se mostram de grande importância nos mais diversos tecidos, dentre eles o tecido adiposo e o muscular de forma especial por estarem relacionados ao metabolismo glicose e lipídeos. Sendo assim, sua alteração pode estar relacionada a vários tipos de doenças como: diabetes, aterosclerose, hipertensão, dislipidemia e câncer, entre outras. Os PPAR tem sua conformação alterada após a interação com o ligante, podendo este ser diversas gorduras da dieta ou diversos metabólitos de lipídeos, permitindo assim a modulação de sua atividade pela ligação de diferentes cofatores. Devido a sua grande importância em várias partes do metabolismo, os PPAR têm sido alvo de várias moléculas contra as mais variadas doenças. Sendo assim, o presente trabalho usou análises in silico para estudar a interação entre a proteína PPARγ e possíveis ligantes derivados do ácido anacárdico. Para este objetivo, utilizou-se o programa Autodock Vina para realização das análises de docking e o Gromacs para a dinâmica molecular. Observou-se nas duas estratégias distintas de docking utilizadas (rígido e flexível) que todos os ligantes mostraram capacidade de interagir na região próxima à hélice 12 (RH12) e próxima à hélice 3 e às fitas β (RH3). Os ligantes LDT11, 13, 208, 380 e 383 apresentaram mais ligações de hidrogênio, o que pode estar relacionado a maior estabilidade do ligante: hélice 12, possivelmente gerando um maior recrutamento de coativadores. Uma terceira posição (RH3'), interagindo de modo polar com resíduos como Glu259 e Arg280, muito presente no docking rígido, quase não esteve presente no flexível que foi feito com alguns aminoácidos flexíveis, apresentando valores de afinidade menores. Nos experimentos de dinâmica molecular o LDT11 realizou interações durante longos períodos com a Ser289, His449 e Tyr473 na região da hélice 12, levando a menores valores de RMSD do que a estrutura apo, principalmente com dois ligantes no sítio de interação, o que pode indicar a cooperatividade como importante na estabilização dessa região da proteína. Na hélice 3 e fitas β, os contatos foram com a Arg288, Glu291, Ser342 e Glu343, possivelmente relacionado à estabilização e consequente inibição da fosforilação da Ser273. A região de interação com o ligante (LBD) da PPARγ foi expressa em grande porcentagem solúvel nas cepas de E. coli BL21 (DE3) e BL21 (DE3) pLysE a 25ºC e na BL21 (DE3) pLysS a 28ºC. A purificação da proteína foi executada por cromatografia de afinidade a metal imobilizado, sendo eluída a 250 mM de imidazol."]},{"key":"dc:title","label":"Title","values":["Análise da interação entre moléculas desenhadas a partir do ácido anacárdico e a proteína PPAR usando ferramentas in silico"]}]}],"canonical_facts":{"dc:contributor.advisor":["Barbosa, João Alexandre Ribeiro Gonçalves"],"dc:creator":["Lima, Jônatas Cunha Barbosa"],"dc:date.accessioned":["2016-07-28T11:07:17Z"],"dc:date.available":["2016-07-28T11:07:17Z"],"dc:date.issued":["2016-07-28"],"dc:description":["Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2016."],"dc:description.abstract":["Os receptores nucleares ativados por proliferadores de peroxissoma (PPAR) se mostram de grande importância nos mais diversos tecidos, dentre eles o tecido adiposo e o muscular de forma especial por estarem relacionados ao metabolismo glicose e lipídeos. Sendo assim, sua alteração pode estar relacionada a vários tipos de doenças como: diabetes, aterosclerose, hipertensão, dislipidemia e câncer, entre outras. Os PPAR tem sua conformação alterada após a interação com o ligante, podendo este ser diversas gorduras da dieta ou diversos metabólitos de lipídeos, permitindo assim a modulação de sua atividade pela ligação de diferentes cofatores. Devido a sua grande importância em várias partes do metabolismo, os PPAR têm sido alvo de várias moléculas contra as mais variadas doenças. Sendo assim, o presente trabalho usou análises in silico para estudar a interação entre a proteína PPARγ e possíveis ligantes derivados do ácido anacárdico. Para este objetivo, utilizou-se o programa Autodock Vina para realização das análises de docking e o Gromacs para a dinâmica molecular. Observou-se nas duas estratégias distintas de docking utilizadas (rígido e flexível) que todos os ligantes mostraram capacidade de interagir na região próxima à hélice 12 (RH12) e próxima à hélice 3 e às fitas β (RH3). Os ligantes LDT11, 13, 208, 380 e 383 apresentaram mais ligações de hidrogênio, o que pode estar relacionado a maior estabilidade do ligante: hélice 12, possivelmente gerando um maior recrutamento de coativadores. Uma terceira posição (RH3'), interagindo de modo polar com resíduos como Glu259 e Arg280, muito presente no docking rígido, quase não esteve presente no flexível que foi feito com alguns aminoácidos flexíveis, apresentando valores de afinidade menores. Nos experimentos de dinâmica molecular o LDT11 realizou interações durante longos períodos com a Ser289, His449 e Tyr473 na região da hélice 12, levando a menores valores de RMSD do que a estrutura apo, principalmente com dois ligantes no sítio de interação, o que pode indicar a cooperatividade como importante na estabilização dessa região da proteína. Na hélice 3 e fitas β, os contatos foram com a Arg288, Glu291, Ser342 e Glu343, possivelmente relacionado à estabilização e consequente inibição da fosforilação da Ser273. A região de interação com o ligante (LBD) da PPARγ foi expressa em grande porcentagem solúvel nas cepas de E. coli BL21 (DE3) e BL21 (DE3) pLysE a 25ºC e na BL21 (DE3) pLysS a 28ºC. A purificação da proteína foi executada por cromatografia de afinidade a metal imobilizado, sendo eluída a 250 mM de imidazol."],"dc:identifier.doi":["http://dx.doi.org/10.26512/2016.02.D.21039"],"dc:identifier.uri":["http://repositorio.unb.br/handle/10482/21039"],"dc:language.iso":["por"],"dc:rights":["Acesso Aberto"],"dc:title":["Análise da interação entre moléculas desenhadas a partir do ácido anacárdico e a proteína PPAR usando ferramentas in silico"],"dc:type":["Dissertação"]},"updated_at":"2026-08-21T16:42:33Z"}