{"id":{"repo_id":"athens","oai_identifier":"oai:lib.uoa.gr:uoadl:5369137"},"canonical_url":"https://search.dev.ndltd.org/etd/athens/oai:lib.uoa.gr:uoadl:5369137","repository":{"repo_id":"athens","name":"National and Kapodistrian University of Athens","base_url":"https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/frontend/oaipmh"},"display":{"title":"Ανάλυση των μοτίβων ματίσματος σε γονίδια που εμπλέκονται στην πρώιμη εκδήλωση Συστηματικού Ερυθηματώδους Λύκου","abstract":"Αντικείμενο της παρούσας μελέτης είναι η διερεύνηση των μοτίβων εναλλακτικoύ ματίσματος στο πλαίσιο του Συστηματικού Ερυθηματώδους Λύκου (ΣΕΛ). Ο ΣΕΛ είναι ένα αυτοάνοσο νόσημα που παρουσιάζει έντονο φυλετικό διμορφισμό, με τις γυναίκες να προσβάλλονται σε αναλογία 9:1 έναντι των ανδρών. Το εναλλακτικό μάτισμα αποτελεί κεντρικό μηχανισμό γονιδιακής ρύθμισης, η δυσλειτουργία του οποίου έχει συσχετιστεί με διάφορες παθολογικές καταστάσεις, συμπεριλαμβανομένου του ΣΕΛ. Τα γεγονότα εναλλακτικού ματίσματος διακρίνονται σε τέσσερις κατηγορίες: παράλειψη εξονίων (exon skipping), συγκράτηση ιντρονίων (intron retention) και εναλλακτικά σημεία δότη-λήπτη (alternative donor and acceptor sites). Βιβλιογραφικά δεδομένα υποδηλώνουν ότι η συγκράτηση ιντρονίων μπορεί να λειτουργεί ως ρυθμιστικός μηχανισμός που οδηγεί σε καθυστερημένη γονιδιακή έκφραση, ενώ η παράλειψη εξονίων να συμβάλλει στη διεύρυνση του μεταγραφικού δυναμικού και στην επιτάχυνση της μεταγραφικής επεξεργασίας. Η κεντρική μας υπόθεση είναι ότι αντίστοιχοι μηχανισμοί μπορεί να διέπουν την έκφραση γονιδίων στα μονοκύτταρα κατά την απόκριση του ανοσοποιητικού συστήματος. Η έρευνα εστιάζει ιδιαίτερα στην συγκράτηση ιντρονίων (intron retention), καθώς προηγούμενα αποτελέσματα δείχνουν υψηλότερη συχνότητα του φαινομένου σε υγιείς συγκριτικά με ασθενείς με ΣΕΛ. Επιπλέον, εξετάζεται ο ρόλος της SMC1A, πρωτεΐνης του συμπλόκου της κοχεσίνης, στην ενεργοποίηση των μονοκυττάρων υπό συνθήκες που προσομοιάζουν τον ΣΕΛ. Η SMC1A έχει διαπιστωμένα ενεργό ρόλο στο μάτισμα καθώς έχει δειχτεί ότι συνδέεται επιλεκτικά με περιοχές του γονιδιώματος όπου υπάρχει αυξημένη δραστηριότητα ματίσματος. Για τον σκοπό αυτό, αναλύθηκαν δεδομένα RNA-seq από τέσσερις πειραματικές συνθήκες καλλιέργειας μονοκυττάρων: (α) κύτταρα χωρίς καμία αλλαγή (control group), (β) κύτταρα με knockdown του γονιδίου της SMC1A, (γ) κύτταρα με επαγωγή με Interferon/TNFs/LPS (ITL) για προσομοίωση συνθηκών φλεγμονής και (δ) κύτταρα με συνδυασμό knockdown της SMC1A και επαγωγή με ITL. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν πως υπάρχουν περισσότερα συγκρατημένα ιντρόνια, μικρότερου μήκους, υψηλότερου ποσοστού GC% και με πιο συντηρημένες θέσεις ματίσματος, στα κύτταρα που δεν έχουν υποστεί αλλαγές έναντι αυτών που βρίσκονται υπό επαγωγή φλεγμονής. Η λειτουργία των γονιδίων που περιέχουν αυτά τα ιντρόνια, σχετίζεται με το ανοσοποιητικό σύστημα. Τα παραλειπόμενα εξώνια σχετίζονται με τη ρύθμιση του ματίσματος, όσον αφορά τη λειτουργία τους, με αυτά που βρίσκονται υπό συνθήκες φλεγμονής να διαθέτουν πιο αδύναμες θέσεις ματίσματος και είναι λιγότερο συντηρημένα συγκριτικά με αυτά που δεν έχουν υποστεί αλλαγές.","abstract_html":"Αντικείμενο της παρούσας μελέτης είναι η διερεύνηση των μοτίβων εναλλακτικoύ ματίσματος στο πλαίσιο του Συστηματικού Ερυθηματώδους Λύκου (ΣΕΛ). Ο ΣΕΛ είναι ένα αυτοάνοσο νόσημα που παρουσιάζει έντονο φυλετικό διμορφισμό, με τις γυναίκες να προσβάλλονται σε αναλογία 9:1 έναντι των ανδρών. Το εναλλακτικό μάτισμα αποτελεί κεντρικό μηχανισμό γονιδιακής ρύθμισης, η δυσλειτουργία του οποίου έχει συσχετιστεί με διάφορες παθολογικές καταστάσεις, συμπεριλαμβανομένου του ΣΕΛ. Τα γεγονότα εναλλακτικού ματίσματος διακρίνονται σε τέσσερις κατηγορίες: παράλειψη εξονίων (exon skipping), συγκράτηση ιντρονίων (intron retention) και εναλλακτικά σημεία δότη-λήπτη (alternative donor and acceptor sites). Βιβλιογραφικά δεδομένα υποδηλώνουν ότι η συγκράτηση ιντρονίων μπορεί να λειτουργεί ως ρυθμιστικός μηχανισμός που οδηγεί σε καθυστερημένη γονιδιακή έκφραση, ενώ η παράλειψη εξονίων να συμβάλλει στη διεύρυνση του μεταγραφικού δυναμικού και στην επιτάχυνση της μεταγραφικής επεξεργασίας. Η κεντρική μας υπόθεση είναι ότι αντίστοιχοι μηχανισμοί μπορεί να διέπουν την έκφραση γονιδίων στα μονοκύτταρα κατά την απόκριση του ανοσοποιητικού συστήματος. Η έρευνα εστιάζει ιδιαίτερα στην συγκράτηση ιντρονίων (intron retention), καθώς προηγούμενα αποτελέσματα δείχνουν υψηλότερη συχνότητα του φαινομένου σε υγιείς συγκριτικά με ασθενείς με ΣΕΛ. Επιπλέον, εξετάζεται ο ρόλος της SMC1A, πρωτεΐνης του συμπλόκου της κοχεσίνης, στην ενεργοποίηση των μονοκυττάρων υπό συνθήκες που προσομοιάζουν τον ΣΕΛ. Η SMC1A έχει διαπιστωμένα ενεργό ρόλο στο μάτισμα καθώς έχει δειχτεί ότι συνδέεται επιλεκτικά με περιοχές του γονιδιώματος όπου υπάρχει αυξημένη δραστηριότητα ματίσματος. Για τον σκοπό αυτό, αναλύθηκαν δεδομένα RNA-seq από τέσσερις πειραματικές συνθήκες καλλιέργειας μονοκυττάρων: (α) κύτταρα χωρίς καμία αλλαγή (control group), (β) κύτταρα με knockdown του γονιδίου της SMC1A, (γ) κύτταρα με επαγωγή με Interferon/TNFs/LPS (ITL) για προσομοίωση συνθηκών φλεγμονής και (δ) κύτταρα με συνδυασμό knockdown της SMC1A και επαγωγή με ITL. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν πως υπάρχουν περισσότερα συγκρατημένα ιντρόνια, μικρότερου μήκους, υψηλότερου ποσοστού GC% και με πιο συντηρημένες θέσεις ματίσματος, στα κύτταρα που δεν έχουν υποστεί αλλαγές έναντι αυτών που βρίσκονται υπό επαγωγή φλεγμονής. Η λειτουργία των γονιδίων που περιέχουν αυτά τα ιντρόνια, σχετίζεται με το ανοσοποιητικό σύστημα. Τα παραλειπόμενα εξώνια σχετίζονται με τη ρύθμιση του ματίσματος, όσον αφορά τη λειτουργία τους, με αυτά που βρίσκονται υπό συνθήκες φλεγμονής να διαθέτουν πιο αδύναμες θέσεις ματίσματος και είναι λιγότερο συντηρημένα συγκριτικά με αυτά που δεν έχουν υποστεί αλλαγές.","abstract_has_math":false,"creators":["ΜΑΝΤΗΣ ΧΡΗΣΤΟΣ","MANTIS CHRISTOS"],"institution":null,"degree_name":null,"degree_level":null,"degree_discipline":null,"degree_department":null,"school":null,"contributors":[],"advisors":[],"committee_chairs":[],"committee_members":[],"year":2026,"date_issued":"2026","date_published":"2026","updated_at":"2026-07-24T01:02:06Z","subjects":["Θετικές Επιστήμες","Science"],"languages":["English"],"rights":[],"rights_urls":[],"identifier_entries":[{"key":"dc:identifier","label":"Identifier","values":["uoadl:5369137"],"render_values":[{"text":"uoadl:5369137","href":null,"code":true}]}]},"links":{"outbound_url":"https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/5369137","outbound_label":"Repository record","outbound_source":"dc:identifier"},"metadata_groups":[{"id":"people","label":"People","entries":[{"key":"dc:creator","label":"Author","values":["ΜΑΝΤΗΣ ΧΡΗΣΤΟΣ","MANTIS CHRISTOS"]}]},{"id":"academic_context","label":"Academic Context","entries":[{"key":"dc:date","label":"Dc Date","values":["2026"]},{"key":"dc:type","label":"Dc Type","values":["born_digital_postgraduate_thesis","Διπλωματική Εργασία","Postgraduate Thesis"]}]},{"id":"subjects_keywords","label":"Subjects and Keywords","entries":[{"key":"dc:subject","label":"Dc Subject","values":["Θετικές Επιστήμες","Science"]}]},{"id":"language_rights","label":"Language and Rights","entries":[{"key":"dc:language","label":"Dc Language","values":["English"]}]},{"id":"identifiers","label":"Identifiers","entries":[{"key":"dc:identifier","label":"Identifier","values":["uoadl:5369137","https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/5369137"]}]},{"id":"additional","label":"Additional Metadata","entries":[{"key":"dc:description","label":"Description","values":["Αντικείμενο της παρούσας μελέτης είναι η διερεύνηση των μοτίβων εναλλακτικoύ ματίσματος στο πλαίσιο του Συστηματικού Ερυθηματώδους Λύκου (ΣΕΛ). Ο ΣΕΛ είναι ένα αυτοάνοσο νόσημα που παρουσιάζει έντονο φυλετικό διμορφισμό, με τις γυναίκες να προσβάλλονται σε αναλογία 9:1 έναντι των ανδρών. Το εναλλακτικό μάτισμα αποτελεί κεντρικό μηχανισμό γονιδιακής ρύθμισης, η δυσλειτουργία του οποίου έχει συσχετιστεί με διάφορες παθολογικές καταστάσεις, συμπεριλαμβανομένου του ΣΕΛ. Τα γεγονότα εναλλακτικού ματίσματος διακρίνονται σε τέσσερις κατηγορίες: παράλειψη εξονίων (exon skipping), συγκράτηση ιντρονίων (intron retention) και εναλλακτικά σημεία δότη-λήπτη (alternative donor and acceptor sites). Βιβλιογραφικά δεδομένα υποδηλώνουν ότι η συγκράτηση ιντρονίων μπορεί να λειτουργεί ως ρυθμιστικός μηχανισμός που οδηγεί σε καθυστερημένη γονιδιακή έκφραση, ενώ η παράλειψη εξονίων να συμβάλλει στη διεύρυνση του μεταγραφικού δυναμικού και στην επιτάχυνση της μεταγραφικής επεξεργασίας. Η κεντρική μας υπόθεση είναι ότι αντίστοιχοι μηχανισμοί μπορεί να διέπουν την έκφραση γονιδίων στα μονοκύτταρα κατά την απόκριση του ανοσοποιητικού συστήματος. Η έρευνα εστιάζει ιδιαίτερα στην συγκράτηση ιντρονίων (intron retention), καθώς προηγούμενα αποτελέσματα δείχνουν υψηλότερη συχνότητα του φαινομένου σε υγιείς συγκριτικά με ασθενείς με ΣΕΛ. Επιπλέον, εξετάζεται ο ρόλος της SMC1A, πρωτεΐνης του συμπλόκου της κοχεσίνης, στην ενεργοποίηση των μονοκυττάρων υπό συνθήκες που προσομοιάζουν τον ΣΕΛ. Η SMC1A έχει διαπιστωμένα ενεργό ρόλο στο μάτισμα καθώς έχει δειχτεί ότι συνδέεται επιλεκτικά με περιοχές του γονιδιώματος όπου υπάρχει αυξημένη δραστηριότητα ματίσματος. Για τον σκοπό αυτό, αναλύθηκαν δεδομένα RNA-seq από τέσσερις πειραματικές συνθήκες καλλιέργειας μονοκυττάρων: (α) κύτταρα χωρίς καμία αλλαγή (control group), (β) κύτταρα με knockdown του γονιδίου της SMC1A, (γ) κύτταρα με επαγωγή με Interferon/TNFs/LPS (ITL) για προσομοίωση συνθηκών φλεγμονής και (δ) κύτταρα με συνδυασμό knockdown της SMC1A και επαγωγή με ITL. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν πως υπάρχουν περισσότερα συγκρατημένα ιντρόνια, μικρότερου μήκους, υψηλότερου ποσοστού GC% και με πιο συντηρημένες θέσεις ματίσματος, στα κύτταρα που δεν έχουν υποστεί αλλαγές έναντι αυτών που βρίσκονται υπό επαγωγή φλεγμονής. Η λειτουργία των γονιδίων που περιέχουν αυτά τα ιντρόνια, σχετίζεται με το ανοσοποιητικό σύστημα. Τα παραλειπόμενα εξώνια σχετίζονται με τη ρύθμιση του ματίσματος, όσον αφορά τη λειτουργία τους, με αυτά που βρίσκονται υπό συνθήκες φλεγμονής να διαθέτουν πιο αδύναμες θέσεις ματίσματος και είναι λιγότερο συντηρημένα συγκριτικά με αυτά που δεν έχουν υποστεί αλλαγές.","The aim of the project is to study the Alternative Splicing (AS) patterns in the context of Systemic Lupus Erythematosus (SLE), an autoimmune disease with a strong sexual dimorphism affecting women/men with a 9:1 ratio. Alternative splicing plays a major role in gene regulation in general and has been shown to be implicated in a number of human pathologies including SLE. There are four types of events that can take place in AS, those being exon skipping, intron retention, alternative donor and acceptor sites. Intron retention has been suggested to function, in some cases, as a regulatory mechanism leading to the delayed expression of genes. Exon skipping events have, on the other hand, been implicated in expanding the transcriptomic potential and speeding up of transcriptional processing. Our working hypothesis is that similar mechanisms may also apply to genes in monocytes in the context of immune-related responses. The project primarily investigates intron retention, as preliminary results have shown a higher frequency of this event in non-patients compared to SLE-patients. In addition, we examine the role of the genome architectural protein, SMC1A, a member of the cohesin complex, in the context of SLE-like activation of human monocytes. This is driven by preliminary results that also suggest SMC1A's role in AS. RNA-seq data is collected from monocytes, with four distinct monocyte cultures utilized. The first serves as the control group, the second undergoes SMC1Α gene silencing, the third is treated with a combined biochemical stimulus (Interferon-TNFs-LPS) to simulate SLE conditions, and the fourth combines both SMC1A silencing and the induction treatment. Initial steps involve analyzing RNA-seq data at the splicing level using VAST-TOOLS to compare events across the four samples, followed by analyses of differentially spliced gene sequences to identify common patterns and unique characteristics among them."]},{"key":"dc:title","label":"Title","values":["Ανάλυση των μοτίβων ματίσματος σε γονίδια που εμπλέκονται στην πρώιμη εκδήλωση Συστηματικού Ερυθηματώδους Λύκου"]}]}],"canonical_facts":{"dc:creator":["ΜΑΝΤΗΣ ΧΡΗΣΤΟΣ","MANTIS CHRISTOS"],"dc:date":["2026"],"dc:description":["Αντικείμενο της παρούσας μελέτης είναι η διερεύνηση των μοτίβων εναλλακτικoύ ματίσματος στο πλαίσιο του Συστηματικού Ερυθηματώδους Λύκου (ΣΕΛ). Ο ΣΕΛ είναι ένα αυτοάνοσο νόσημα που παρουσιάζει έντονο φυλετικό διμορφισμό, με τις γυναίκες να προσβάλλονται σε αναλογία 9:1 έναντι των ανδρών. Το εναλλακτικό μάτισμα αποτελεί κεντρικό μηχανισμό γονιδιακής ρύθμισης, η δυσλειτουργία του οποίου έχει συσχετιστεί με διάφορες παθολογικές καταστάσεις, συμπεριλαμβανομένου του ΣΕΛ. Τα γεγονότα εναλλακτικού ματίσματος διακρίνονται σε τέσσερις κατηγορίες: παράλειψη εξονίων (exon skipping), συγκράτηση ιντρονίων (intron retention) και εναλλακτικά σημεία δότη-λήπτη (alternative donor and acceptor sites). Βιβλιογραφικά δεδομένα υποδηλώνουν ότι η συγκράτηση ιντρονίων μπορεί να λειτουργεί ως ρυθμιστικός μηχανισμός που οδηγεί σε καθυστερημένη γονιδιακή έκφραση, ενώ η παράλειψη εξονίων να συμβάλλει στη διεύρυνση του μεταγραφικού δυναμικού και στην επιτάχυνση της μεταγραφικής επεξεργασίας. Η κεντρική μας υπόθεση είναι ότι αντίστοιχοι μηχανισμοί μπορεί να διέπουν την έκφραση γονιδίων στα μονοκύτταρα κατά την απόκριση του ανοσοποιητικού συστήματος. Η έρευνα εστιάζει ιδιαίτερα στην συγκράτηση ιντρονίων (intron retention), καθώς προηγούμενα αποτελέσματα δείχνουν υψηλότερη συχνότητα του φαινομένου σε υγιείς συγκριτικά με ασθενείς με ΣΕΛ. Επιπλέον, εξετάζεται ο ρόλος της SMC1A, πρωτεΐνης του συμπλόκου της κοχεσίνης, στην ενεργοποίηση των μονοκυττάρων υπό συνθήκες που προσομοιάζουν τον ΣΕΛ. Η SMC1A έχει διαπιστωμένα ενεργό ρόλο στο μάτισμα καθώς έχει δειχτεί ότι συνδέεται επιλεκτικά με περιοχές του γονιδιώματος όπου υπάρχει αυξημένη δραστηριότητα ματίσματος. Για τον σκοπό αυτό, αναλύθηκαν δεδομένα RNA-seq από τέσσερις πειραματικές συνθήκες καλλιέργειας μονοκυττάρων: (α) κύτταρα χωρίς καμία αλλαγή (control group), (β) κύτταρα με knockdown του γονιδίου της SMC1A, (γ) κύτταρα με επαγωγή με Interferon/TNFs/LPS (ITL) για προσομοίωση συνθηκών φλεγμονής και (δ) κύτταρα με συνδυασμό knockdown της SMC1A και επαγωγή με ITL. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν πως υπάρχουν περισσότερα συγκρατημένα ιντρόνια, μικρότερου μήκους, υψηλότερου ποσοστού GC% και με πιο συντηρημένες θέσεις ματίσματος, στα κύτταρα που δεν έχουν υποστεί αλλαγές έναντι αυτών που βρίσκονται υπό επαγωγή φλεγμονής. Η λειτουργία των γονιδίων που περιέχουν αυτά τα ιντρόνια, σχετίζεται με το ανοσοποιητικό σύστημα. Τα παραλειπόμενα εξώνια σχετίζονται με τη ρύθμιση του ματίσματος, όσον αφορά τη λειτουργία τους, με αυτά που βρίσκονται υπό συνθήκες φλεγμονής να διαθέτουν πιο αδύναμες θέσεις ματίσματος και είναι λιγότερο συντηρημένα συγκριτικά με αυτά που δεν έχουν υποστεί αλλαγές.","The aim of the project is to study the Alternative Splicing (AS) patterns in the context of Systemic Lupus Erythematosus (SLE), an autoimmune disease with a strong sexual dimorphism affecting women/men with a 9:1 ratio. Alternative splicing plays a major role in gene regulation in general and has been shown to be implicated in a number of human pathologies including SLE. There are four types of events that can take place in AS, those being exon skipping, intron retention, alternative donor and acceptor sites. Intron retention has been suggested to function, in some cases, as a regulatory mechanism leading to the delayed expression of genes. Exon skipping events have, on the other hand, been implicated in expanding the transcriptomic potential and speeding up of transcriptional processing. Our working hypothesis is that similar mechanisms may also apply to genes in monocytes in the context of immune-related responses. The project primarily investigates intron retention, as preliminary results have shown a higher frequency of this event in non-patients compared to SLE-patients. In addition, we examine the role of the genome architectural protein, SMC1A, a member of the cohesin complex, in the context of SLE-like activation of human monocytes. This is driven by preliminary results that also suggest SMC1A's role in AS. RNA-seq data is collected from monocytes, with four distinct monocyte cultures utilized. The first serves as the control group, the second undergoes SMC1Α gene silencing, the third is treated with a combined biochemical stimulus (Interferon-TNFs-LPS) to simulate SLE conditions, and the fourth combines both SMC1A silencing and the induction treatment. Initial steps involve analyzing RNA-seq data at the splicing level using VAST-TOOLS to compare events across the four samples, followed by analyses of differentially spliced gene sequences to identify common patterns and unique characteristics among them."],"dc:identifier":["uoadl:5369137","https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/5369137"],"dc:language":["English"],"dc:subject":["Θετικές Επιστήμες","Science"],"dc:title":["Ανάλυση των μοτίβων ματίσματος σε γονίδια που εμπλέκονται στην πρώιμη εκδήλωση Συστηματικού Ερυθηματώδους Λύκου"],"dc:type":["born_digital_postgraduate_thesis","Διπλωματική Εργασία","Postgraduate Thesis"]},"updated_at":"2026-07-24T01:02:06Z"}