Rola helikaz RNA z rodziny DEAD-box: DRH1, RH46 i RH40 w biogenezie mikroRNA u roślin
type: CreativeWork
description: MikroRNA (miRNA) to krótkie, jednoniciowe i niekodujące RNA, które regulują ekspresję genów na poziomie potranskrypcyjnym. W ostatnich latach jedną z intensywnie badanych grup białek zaangażowanych w biogenezę miRNA u Arabidopsis thaliana stały się helikazy z rodziny DEAD-box. Genom Arabidopsis zawiera sekwencje kodujące ponad 50 różnych helikaz typu DEADbox. Spośród nich tylko trzy: DRH1, RH46 i RH40 zawierają domenę WW, która za pomocą analiz in silico została zidentyfikowana jako kluczowa dla oddziaływań z domeną CTD RNA polimerazy II (RNAPII). W ramach niniejszej pracy zbadano fenotyp potrójnego mutanta helikazowego w standardowych (22°C) oraz zmienionych (16°C) warunkach wzrostu. Analizy pokazały, że brak badanych helikaz powoduje zmiany w akumulacji miRNA u roślin hodowanych w obu warunkach temperaturowych. Ponadto, mutant hodowany w warunkach obniżonej temperatury wykazywał znaczne zmiany fenotypowe w porównaniu z roślinami typu dzikiego. Dodatkowo, badania wykonane w ramach niniejszej pracy wykazały, że DRH1 bezpośrednio oddziałuje z SERRATE (SE), ARGONAUTE1 (AGO1), a także domeną CTD RNAPII. Analizy struktury drugorzędowej wyselekcjonowanych prekursorów miRNA za pomocą targetowanego DMS-MaPseq przeprowadzone w potrójnych mutantach helikazowych hodowanych w 22°C i 16°C wykazały dodatkowo, że badane helikazy mają wpływ na strukturę wybranych RNA. Podsumowując, uzyskane dane wskazują, że DRH1, RH46 i RH40 wpływają na przebieg biogenezy miRNA prawdopodobnie poprzez modyfikację struktury drugorzędowej prekursorów miRNA. MicroRNAs (miRNAs) are short, single-stranded, non-coding RNAs that regulate gene expression at the post-transcriptional level. In recent days, DEAD-box helicases have emerged as one of the extensively researched groups of proteins involved in this process in Arabidopsis. The Arabidopsis genome encodes more than 50 DEAD-box helicases. Of these, only DRH1, RH46 and RH40 contain WW domains, which have been identified through in silico analysis as a…
abstract: MikroRNA (miRNA) to krótkie, jednoniciowe i niekodujące RNA, które regulują ekspresję genów na poziomie potranskrypcyjnym. W ostatnich latach jedną z intensywnie badanych grup białek zaangażowanych w biogenezę miRNA u Arabidopsis thaliana stały się helikazy z rodziny DEAD-box. Genom Arabidopsis zawiera sekwencje kodujące ponad 50 różnych helikaz typu DEADbox. Spośród nich tylko trzy: DRH1, RH46 i RH40 zawierają domenę WW, która za pomocą analiz in silico została zidentyfikowana jako kluczowa dla oddziaływań z domeną CTD RNA polimerazy II (RNAPII). W ramach niniejszej pracy zbadano fenotyp potrójnego mutanta helikazowego w standardowych (22°C) oraz zmienionych (16°C) warunkach wzrostu. Analizy pokazały, że brak badanych helikaz powoduje zmiany w akumulacji miRNA u roślin hodowanych w obu warunkach temperaturowych. Ponadto, mutant hodowany w warunkach obniżonej temperatury wykazywał znaczne zmiany fenotypowe w porównaniu z roślinami typu dzikiego. Dodatkowo, badania wykonane w ramach niniejszej pracy wykazały, że DRH1 bezpośrednio oddziałuje z SERRATE (SE), ARGONAUTE1 (AGO1), a także domeną CTD RNAPII. Analizy struktury drugorzędowej wyselekcjonowanych prekursorów miRNA za pomocą targetowanego DMS-MaPseq przeprowadzone w potrójnych mutantach helikazowych hodowanych w 22°C i 16°C wykazały dodatkowo, że badane helikazy mają wpływ na strukturę wybranych RNA. Podsumowując, uzyskane dane wskazują, że DRH1, RH46 i RH40 wpływają na przebieg biogenezy miRNA prawdopodobnie poprzez modyfikację struktury drugorzędowej prekursorów miRNA. MicroRNAs (miRNAs) are short, single-stranded, non-coding RNAs that regulate gene expression at the post-transcriptional level. In recent days, DEAD-box helicases have emerged as one of the extensively researched groups of proteins involved in this process in Arabidopsis. The Arabidopsis genome encodes more than 50 DEAD-box helicases. Of these, only DRH1, RH46 and RH40 contain WW domains, which have been identified through in silico analysis as a…
author: Jóźwiak, Monika
keywords: miRNA, biogeneza miRNA, helikazy DEAD-box, struktura drugorzędowa RNA, miRNA biogenesis, DEAD-box helicases, RNA secondary structure
date published: 2025
date modified: 2026-07-27T18:44:53Z
provider: Poznan
publisher: Networked Digital Library of Theses and Dissertations
type: WebPage
source organization: Poznan