{"id":{"repo_id":"amu-pl","oai_identifier":"oai:repozytorium.amu.edu.pl:10593/10090"},"canonical_url":"https://search.dev.ndltd.org/etd/amu-pl/oai:repozytorium.amu.edu.pl:10593/10090","repository":{"repo_id":"amu-pl","name":"Poznan","base_url":"https://repozytorium.amu.edu.pl/server/oai/request"},"display":{"title":"Badania strukturalne kompleksów Z-DNA oraz hybrydy RNA:DNA z kationami organicznymi i nieorganicznymi","abstract":"Zarejestrowano wysokorozdzielcze dane i rozwiązano struktury kryształów nie opisywanych dotychczas w literaturze kompleksów d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+, d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+, d(CGCGCG)2–Put2+–K+ i d(CGCGCG)2–Cr3+ oraz RNA:DNA–Mg2+. Za wyjątkiem kompleksu z Mn2+, w pozostałych strukturach z Z-DNA łańcuch kwasu nukleinowego wykazuje nieuporządkowanie (podwójne konformacje), którego stopień można uszeregować w następującej kolejności d(CGCGCG)2–Cr3+ > d(CGCGCG)2–Put2+–K+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+. Uzyskane w niniejszej pracy rezultaty świadczą o wysokim stopniu labilności konformacyjnej helisy d(CGCGCG)2. Uzyskane rezultaty dla RNA:DNA–Mg2+ dotyczące konformacji i parametrów helikalnych porównano z wartościami charakteryzującymi dwa, jak dotąd, opisane dupleksy RNA:DNA z sekwencją analogiczną do PPT. Analiza porównawcza wykazała różnice w konformacji cukrów, stopniu nieuporządkowania nici RNA, oddziaływaniach warstwowych w regionie a5-g6-a7 i w trajektorii osi helisy. Przekształcenia strukturalne zaobserwowane dla kompleksu RNA:DNA–Mg2+ występują w wielu miejscach łańcucha RNA z sekwencją PPT, co sugeruje, że są jednym z warunków wstępnych w efektywnej syntezie retrowirusowego DNA przez RT/HIV-1. Uzyskane wyniki wzbogacają wiedzę o procesie odwrotnej transkrypcji w retrowirusach oraz o stabilności kwasu nukleinowego w formie Z-DNA. High-resolution data were recorded and structures were solved of crystals of d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+, d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+, d(CGCGCG)2–Put2+–K+, d(CGCGCG)2–Cr3+ and RNA:DNA–Mg2+ complexes that have not yet been reported in the literature. With the exception of the complex with Mn2+, the nucleic acid chain shows a disorder (alternate conformations) in the remaining structures with Z-DNA. The degree of this disorder is as follows: d(CGCGCG)2–Cr3+ > d(CGCGCG)2–Put2+–K+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+. The results obtained in the present study of new Z-DNA complexes indicate a high degree of conformational lability for the d(CGCGCG)2 helix. The results concerning the conformation and helical parameters obtained for the RNA:DNA–Mg2+ complex were compared with the values characterizing two RNA:DNA duplexes with the PPT sequence of the HIV-1 virus, described to date. A comparative analysis has shown differences in sugar pucker, the degree of disorder of the RNA strand, stacking interactions in the a5-g6-a7 region and trajectory of the helix axis between the dodecamer and decamer of RNA:DNA with PPT sequence. Structural transformations observed in the RNA:DNA–Mg2+ complex occur in many sites of the RNA chain with PPT sequence, which suggests that they are one of preconditions in the effective synthesis of retroviral DNA by RT/HIV-1. The data obtained as a result of the studies correspond to reverse transcription processes in retroviruses and are associated with possibilities of nucleic acid stabilization in Z-DNA form.","abstract_html":"Zarejestrowano wysokorozdzielcze dane i rozwiązano struktury kryształów nie opisywanych dotychczas w literaturze kompleksów d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+, d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+, d(CGCGCG)2–Put2+–K+ i d(CGCGCG)2–Cr3+ oraz RNA:DNA–Mg2+. Za wyjątkiem kompleksu z Mn2+, w pozostałych strukturach z Z-DNA łańcuch kwasu nukleinowego wykazuje nieuporządkowanie (podwójne konformacje), którego stopień można uszeregować w następującej kolejności d(CGCGCG)2–Cr3+ > d(CGCGCG)2–Put2+–K+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+. Uzyskane w niniejszej pracy rezultaty świadczą o wysokim stopniu labilności konformacyjnej helisy d(CGCGCG)2. Uzyskane rezultaty dla RNA:DNA–Mg2+ dotyczące konformacji i parametrów helikalnych porównano z wartościami charakteryzującymi dwa, jak dotąd, opisane dupleksy RNA:DNA z sekwencją analogiczną do PPT. Analiza porównawcza wykazała różnice w konformacji cukrów, stopniu nieuporządkowania nici RNA, oddziaływaniach warstwowych w regionie a5-g6-a7 i w trajektorii osi helisy. Przekształcenia strukturalne zaobserwowane dla kompleksu RNA:DNA–Mg2+ występują w wielu miejscach łańcucha RNA z sekwencją PPT, co sugeruje, że są jednym z warunków wstępnych w efektywnej syntezie retrowirusowego DNA przez RT/HIV-1. Uzyskane wyniki wzbogacają wiedzę o procesie odwrotnej transkrypcji w retrowirusach oraz o stabilności kwasu nukleinowego w formie Z-DNA. High-resolution data were recorded and structures were solved of crystals of d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+, d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+, d(CGCGCG)2–Put2+–K+, d(CGCGCG)2–Cr3+ and RNA:DNA–Mg2+ complexes that have not yet been reported in the literature. With the exception of the complex with Mn2+, the nucleic acid chain shows a disorder (alternate conformations) in the remaining structures with Z-DNA. The degree of this disorder is as follows: d(CGCGCG)2–Cr3+ > d(CGCGCG)2–Put2+–K+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+. The results obtained in the present study of new Z-DNA complexes indicate a high degree of conformational lability for the d(CGCGCG)2 helix. The results concerning the conformation and helical parameters obtained for the RNA:DNA–Mg2+ complex were compared with the values characterizing two RNA:DNA duplexes with the PPT sequence of the HIV-1 virus, described to date. A comparative analysis has shown differences in sugar pucker, the degree of disorder of the RNA strand, stacking interactions in the a5-g6-a7 region and trajectory of the helix axis between the dodecamer and decamer of RNA:DNA with PPT sequence. Structural transformations observed in the RNA:DNA–Mg2+ complex occur in many sites of the RNA chain with PPT sequence, which suggests that they are one of preconditions in the effective synthesis of retroviral DNA by RT/HIV-1. The data obtained as a result of the studies correspond to reverse transcription processes in retroviruses and are associated with possibilities of nucleic acid stabilization in Z-DNA form.","abstract_has_math":false,"creators":["Drożdżal, Paweł"],"institution":null,"degree_name":null,"degree_level":null,"degree_discipline":null,"degree_department":null,"school":null,"contributors":[],"advisors":[],"committee_chairs":[],"committee_members":[],"year":2014,"date_issued":"2014-02-20","date_published":"2014-02-20","updated_at":"2026-07-27T18:45:13Z","subjects":["kwasy nukleinowe","nucleic acids","struktura krystalograficzna","crystal structure","kationy metali","metal cations","poliaminy biogenne","biogenic polyamines","oddziaływania","Non-covalent interaction"],"languages":[],"rights":[],"rights_urls":[],"identifier_entries":[{"key":"dc:identifier","label":"Identifier","values":["hdl:10593/10090"],"render_values":[{"text":"hdl:10593/10090","href":null,"code":true}]}]},"links":{"outbound_url":null,"outbound_label":null,"outbound_source":null},"metadata_groups":[{"id":"academic_context","label":"Academic Context","entries":[{"key":"dc:date.issued","label":"Date","values":["2014-02-20"]},{"key":"dc:type","label":"Dc Type","values":["doctoral thesis"]}]},{"id":"subjects_keywords","label":"Subjects and Keywords","entries":[{"key":"dc:subject","label":"Dc Subject","values":["kwasy nukleinowe","nucleic acids","struktura krystalograficzna","crystal structure","kationy metali","metal cations","poliaminy biogenne","biogenic polyamines","oddziaływania","Non-covalent interaction"]}]},{"id":"identifiers","label":"Identifiers","entries":[{"key":"dc:identifier","label":"Identifier","values":["hdl:10593/10090"]}]},{"id":"additional","label":"Additional Metadata","entries":[{"key":"dc:description.other","label":"Dc Description Other","values":["Zarejestrowano wysokorozdzielcze dane i rozwiązano struktury kryształów nie opisywanych dotychczas w literaturze kompleksów d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+, d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+, d(CGCGCG)2–Put2+–K+ i d(CGCGCG)2–Cr3+ oraz RNA:DNA–Mg2+. Za wyjątkiem kompleksu z Mn2+, w pozostałych strukturach z Z-DNA łańcuch kwasu nukleinowego wykazuje nieuporządkowanie (podwójne konformacje), którego stopień można uszeregować w następującej kolejności d(CGCGCG)2–Cr3+ > d(CGCGCG)2–Put2+–K+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+. Uzyskane w niniejszej pracy rezultaty świadczą o wysokim stopniu labilności konformacyjnej helisy d(CGCGCG)2. Uzyskane rezultaty dla RNA:DNA–Mg2+ dotyczące konformacji i parametrów helikalnych porównano z wartościami charakteryzującymi dwa, jak dotąd, opisane dupleksy RNA:DNA z sekwencją analogiczną do PPT. Analiza porównawcza wykazała różnice w konformacji cukrów, stopniu nieuporządkowania nici RNA, oddziaływaniach warstwowych w regionie a5-g6-a7 i w trajektorii osi helisy. Przekształcenia strukturalne zaobserwowane dla kompleksu RNA:DNA–Mg2+ występują w wielu miejscach łańcucha RNA z sekwencją PPT, co sugeruje, że są jednym z warunków wstępnych w efektywnej syntezie retrowirusowego DNA przez RT/HIV-1. Uzyskane wyniki wzbogacają wiedzę o procesie odwrotnej transkrypcji w retrowirusach oraz o stabilności kwasu nukleinowego w formie Z-DNA. High-resolution data were recorded and structures were solved of crystals of d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+, d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+, d(CGCGCG)2–Put2+–K+, d(CGCGCG)2–Cr3+ and RNA:DNA–Mg2+ complexes that have not yet been reported in the literature. With the exception of the complex with Mn2+, the nucleic acid chain shows a disorder (alternate conformations) in the remaining structures with Z-DNA. The degree of this disorder is as follows: d(CGCGCG)2–Cr3+ > d(CGCGCG)2–Put2+–K+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+. The results obtained in the present study of new Z-DNA complexes indicate a high degree of conformational lability for the d(CGCGCG)2 helix. The results concerning the conformation and helical parameters obtained for the RNA:DNA–Mg2+ complex were compared with the values characterizing two RNA:DNA duplexes with the PPT sequence of the HIV-1 virus, described to date. A comparative analysis has shown differences in sugar pucker, the degree of disorder of the RNA strand, stacking interactions in the a5-g6-a7 region and trajectory of the helix axis between the dodecamer and decamer of RNA:DNA with PPT sequence. Structural transformations observed in the RNA:DNA–Mg2+ complex occur in many sites of the RNA chain with PPT sequence, which suggests that they are one of preconditions in the effective synthesis of retroviral DNA by RT/HIV-1. The data obtained as a result of the studies correspond to reverse transcription processes in retroviruses and are associated with possibilities of nucleic acid stabilization in Z-DNA form."]},{"key":"dc:title","label":"Title","values":["Badania strukturalne kompleksów Z-DNA oraz hybrydy RNA:DNA z kationami organicznymi i nieorganicznymi"]}]}],"canonical_facts":{"dc:date.issued":["2014-02-20"],"dc:description.other":["Zarejestrowano wysokorozdzielcze dane i rozwiązano struktury kryształów nie opisywanych dotychczas w literaturze kompleksów d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+, d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+, d(CGCGCG)2–Put2+–K+ i d(CGCGCG)2–Cr3+ oraz RNA:DNA–Mg2+. Za wyjątkiem kompleksu z Mn2+, w pozostałych strukturach z Z-DNA łańcuch kwasu nukleinowego wykazuje nieuporządkowanie (podwójne konformacje), którego stopień można uszeregować w następującej kolejności d(CGCGCG)2–Cr3+ > d(CGCGCG)2–Put2+–K+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+. Uzyskane w niniejszej pracy rezultaty świadczą o wysokim stopniu labilności konformacyjnej helisy d(CGCGCG)2. Uzyskane rezultaty dla RNA:DNA–Mg2+ dotyczące konformacji i parametrów helikalnych porównano z wartościami charakteryzującymi dwa, jak dotąd, opisane dupleksy RNA:DNA z sekwencją analogiczną do PPT. Analiza porównawcza wykazała różnice w konformacji cukrów, stopniu nieuporządkowania nici RNA, oddziaływaniach warstwowych w regionie a5-g6-a7 i w trajektorii osi helisy. Przekształcenia strukturalne zaobserwowane dla kompleksu RNA:DNA–Mg2+ występują w wielu miejscach łańcucha RNA z sekwencją PPT, co sugeruje, że są jednym z warunków wstępnych w efektywnej syntezie retrowirusowego DNA przez RT/HIV-1. Uzyskane wyniki wzbogacają wiedzę o procesie odwrotnej transkrypcji w retrowirusach oraz o stabilności kwasu nukleinowego w formie Z-DNA. High-resolution data were recorded and structures were solved of crystals of d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+, d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+, d(CGCGCG)2–Put2+–K+, d(CGCGCG)2–Cr3+ and RNA:DNA–Mg2+ complexes that have not yet been reported in the literature. With the exception of the complex with Mn2+, the nucleic acid chain shows a disorder (alternate conformations) in the remaining structures with Z-DNA. The degree of this disorder is as follows: d(CGCGCG)2–Cr3+ > d(CGCGCG)2–Put2+–K+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+. The results obtained in the present study of new Z-DNA complexes indicate a high degree of conformational lability for the d(CGCGCG)2 helix. The results concerning the conformation and helical parameters obtained for the RNA:DNA–Mg2+ complex were compared with the values characterizing two RNA:DNA duplexes with the PPT sequence of the HIV-1 virus, described to date. A comparative analysis has shown differences in sugar pucker, the degree of disorder of the RNA strand, stacking interactions in the a5-g6-a7 region and trajectory of the helix axis between the dodecamer and decamer of RNA:DNA with PPT sequence. Structural transformations observed in the RNA:DNA–Mg2+ complex occur in many sites of the RNA chain with PPT sequence, which suggests that they are one of preconditions in the effective synthesis of retroviral DNA by RT/HIV-1. The data obtained as a result of the studies correspond to reverse transcription processes in retroviruses and are associated with possibilities of nucleic acid stabilization in Z-DNA form."],"dc:identifier":["hdl:10593/10090"],"dc:subject":["kwasy nukleinowe","nucleic acids","struktura krystalograficzna","crystal structure","kationy metali","metal cations","poliaminy biogenne","biogenic polyamines","oddziaływania","Non-covalent interaction"],"dc:title":["Badania strukturalne kompleksów Z-DNA oraz hybrydy RNA:DNA z kationami organicznymi i nieorganicznymi"],"dc:type":["doctoral thesis"]},"updated_at":"2026-07-27T18:45:13Z"}