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Results
Showing 1 to 20 of 22 for “"Molekulardynamik"”.
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Theoretische Modellierung von Kohlenstoffnanomembranen mit Hilfe klassischer Molekulardynamik
This thesis is about the determination of the structure of carbon nanosheets with the help of the classical EDIP potential. Such layers are produced at the Bielefeld University in an experimental physics working group. The manufacturing process includes irradiating the layers with electrons. As a …
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Growth of Platinum Clusters in Solution and on Biopolymers: The Microscopic Mechanisms
… wird auf atomarer Skala durch ab-initio Molekulardynamik mit der Methode von Car und Parrinello durchgeführt. In einem klassischen, generell akzeptierten Mechanismus erfolgt die Aggregation von Pt-Atomen nur nach kompletter Reduktion der Pt(II)-Komplexen zum metallischen Pt(0)-Zustand. Im …
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Quantenmechanische Feinstruktur und molekulare Dynamik gekoppelter Spin-1/2-Systeme in der In-vivo-NMR-Spektroskopie
… Dadurch wurden qualitative Aussagen über die Molekulardynamik in vivo mit einer nicht-invasiven Technik möglich. Für ATP wurden aus der Feinstruktur die Clebsch-Gordan-Koeffizienten der gekoppelten Spins ermittelt, um eine Verbesserung der Quantifizierung hochaufgelöster 31P-NMR-Spektren der …
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Free energy calculations of protein-ligand complexes with computational molecular dynamics
… für große Systeme, wie z.B. Proteine, mittels Molekulardynamik Simulationen mit atomarer Auflösung wird oft durch die Stichprobengrösse einer Simulation limitiert. Trotz der zahlreichen vorhandenen Studien über die verfügbaren Methoden ist es schwierig zu beurteilen, wie gut diese Methoden ihre …
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Entwicklung influenzabindender Peptide für die Biosensorik
… sich, dass in Übereinstimmung mit begleitenden Molekulardynamik-Simulationen zwei der drei Peptide (PeB und PeC) analog zur Bindefähigkeit des Antikörpers in der Lage sind, Influenzaviren vom Stamm X31 (H3N2 A/Aichi/2/1968) zu binden. Die Interaktion des Peptids PeB, welches potentiell mit der …
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Molecular Modelling und Chiralität: Aufklärung der absoluten Konfiguration von Natur- und Wirkstoffen mit ungewöhnlichem Circular-Dichroismus
… zusammen mit Prof. J. Fleischhauer etablierte Molekulardynamik-Methodik (MD-Methodik) – neben der schon vorher angewandten Boltzmann-Methodik (BM-Methodik) – zur Untersuchung des Circular-Dichroismus flexibler Verbindungen eingesetzt. Begonnen wurden die Studien mit der Evaluierung des …
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Konformationsdynamik lichtschaltbarer Peptide: Molekulardynamiksimulationen und datengetriebene Modellbildung
… strukturellen Änderungen werden häufig Molekulardynamik (MD)-Simulationen eingesetzt, die auf empirisch parametrisierten molekularmechanischen (MM) Kraftfeldern basieren. Die vorliegenden Arbeit stellt einen Ansatz zur Validierung solcher MM-Kraftfelder vor, der darin besteht, die …
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Proteine in wässriger Umgebung: Kontinuumstheorie der Lösungsmittelelektrostatik und ihre effiziente Berechnung
… sind dabei elektrostatischer Natur. Bei Molekulardynamik-(MD-)Simulationen von Protein-Lösungsmittel-Systemen müssen diese Wechselwirkungen daher genau erfasst und, wegen der Größe der behandelten Systeme, numerisch effizient berechnet werden. Es bietet sich dazu an, das üblicherweise …
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Elektrostatische Wechselwirkungen in komplexen Flüssigkeiten und ihre Beschreibung mit Molekulardynamiksimulationen
… (2003)]. Bei molekularmechanischen (MM) Molekulardynamik (MD) Simulationen ermöglicht dieser Algorithmus die Beschreibung sehr großer Systeme mit mehr als 10^5 Atomen auf einer Nanosekunden-Zeitskala. Für flüssiges Wasser konnten damit winkelaufgelöste Korrelationsfunktionen, die von mir …
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Quantenchemische und molekulardynamische Untersuchungen zur Photoanregung von Riboflavin
… beitragen. Dazu wurde eine 200 fs lange Molekulardynamik in angeregten Zuständen betrachtet. Durch die Analyse charakteristischer Atombewegungen und durch die Berechnungen zeitaufgelöster Emissionsspektren fand man heraus, dass nach der optischen Anregung Schwingungen im Ringssystem des …
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Thermische und langreichweitige Effekte in nichtlinearer Gitterdynamik mit Anwendungen in der Bio- und Nanophysik
… stimmen mit frueheren Resultaten aus Molekulardynamik-Simulationen ueberein. Es hat sich gezeigt, dass die thermische Leitfaehigkeit einer zehn Atomabstaende breiten Fermi-Pasta-Ulam-Carbon-Ebene und einer Fermi-Pasta-Ulam-Kette fuer genuegend grosse Systeme mit der gleichen Potenz der …
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Simulationen von Röntgenabsorptionsprozessen zur Charakterisierung von Systemen in kondensierter Phase
… Die Spektren werden bereits mithilfe klassischer Molekulardynamik sehr gut reproduziert. Die erhaltenen Peakbreiten sind verglichen mit dem Experiment allerdings zu klein. Die Hauptursache der Peakverbreiterung ist die Molekularbewegung. Intermolekulare Wechselwirkungen verschieben die …
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Structural mechanism of the recovery-stroke in Myosin II molecular motor at atomic detail
… wird. In einem weiteren Teil der Arbeit werden Molekulardynamik-Simulationen von Myosin II des Organismus Dictyostelium Discoideum in beiden End-Zustaenden des "recovery stroke" mit verschiedenen Nukleotid-Zustaenden (ATP, ADP.Pi, ADP) durchgefuehrt. Diese Simulationen zeigen dass die …
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Crystal Engineering molekularer Festkörper
… einen weiteren endothermen Peak aufweist. Molekulardynamik (MD)-Simulationen konnten zeigen, dass dieser endotherme Vorgang mit dem Entstehen von metastabilen Defekten zusammenhängt, die sich vor dem eigentlichen Schmelzpunkt ausbilden. Experimentell konnte dies mittels 1H-SS-NMR …
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Berechnung molekularer Eigenschaften in komplexer Lösungsmittelumgebung
… Leistungsfähigkeit von Supercomputern die Molekulardynamik- Simulation (MD-Simulation) von molekularen Systemen mit bis zu 100 Atomen. Verwendet man nicht-lokale Austausch-Korrelations-Funktionale, so werden Elektronen-Korrelationseffekte erfaßt. Damit kann insbesondere das Kraftfeld von …
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Folding and aggregation of amyloid peptides
Aggregation of the Amyloid β (Aβ) peptide to amyloid fibrils is associated with the outbreak of Alzheimer’s disease. Early aggregation intermediates in form of soluble oligomers are of special interest as they are believed to be the major toxic components in the process. These oligomers are of …
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First-principles simulations of the oxidation of methane and CO on platinum oxide surfaces and thin films
The catalytic oxidation activity of platinum particles in automobile catalysts is thought to originate from the presence of highly reactive superficial oxide phases which form under oxygen-rich reaction conditions. The thermodynamic stability of platinum oxide surfaces and thin films was studied, …
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Ab-initio molecular dynamics studies of laser- and collision-induced processes in multielectron diatomics, organic molecules and fullerenes
This work presents applications of an ab-initio molecular dynamics method, the so-called nonadiabatic quantum molecular dynamics (NA-QMD), for various molecular systems with many electronic and nuclear degrees of freedom. Thereby, the nuclei will be treated classically and the electrons with …
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Thermal cis-trans isomerization of azobenzene studied by path sampling and QM/MM stochastic dynamics
Azobenzene-based molecular photoswitches have extensively been applied to biological systems, involving photo-control of peptides, lipids and nucleic acids. The isomerization between the stable trans and the metastable cis state of the azo moieties leads to pronounced changes in shape and other …
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