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Results
Showing 1 to 18 of 18 for “"Bioinformatik"”.
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Bioinformatik-Strategien zur Analyse regulatorischer RNA-Motive und ihre experimentelle Validierung
Regulatorische Motive in untranslatierten Regionen spielen eine entscheidende Rolle bei der posttranskriptionellen Genregulation von mRNAs. In der vorliegenden Arbeit wurden bioinformatische Strategien zur Vorhersage und Validierung potentiell regulatorischer RNA-Motive entwickelt. Die Berechnung …
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Entschlüsselung der Genomsequenz von Escherichia blattae und komparative Bioinformatik mikrobieller Genome
Sequenzierung des Bakteriums Escherichia blattae sowie Vergleich mit anderen Enterobakterien. Vergleich der Genomsequenzen von Methanosarcina mazei Goe1 und Thermus thermophilus HB27 mit denen der nächsten Verwandten.
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lp-Norm Multiple Kernel Learning
… des Maschinellen Lernens, wie zum Beispiel der Bioinformatik oder der Computer Vision, sind die Daten auf vielfältige Art und Weise in Merkmalsgruppierungen repräsentiert. Im Voraus ist allerdings die optimale Kombination jener Merkmalsgruppen oftmals unbekannt. Die Methodologie des Lernens mit …
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Distributed computations in a dynamic, heterogeneous Grid environment
… angefangen von Astrophysik, Molekülphysik, Bioinformatik, Meteorologie, bis hin zur Zahlentheorie und Fluiddynamik um nur einige Gebiete zu nennen. Je nach Art der Problemstellung und des Lösungsverfahrens gestalten sich solche "Meta-Berechnungen" mehr oder weniger schwierig. Allgemein kann …
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Vergleichen und Aggregieren von partiellen Ordnungen
… Lernen, in der künstlichen Intelligenz, in der Bioinformatik und vor allem in verschiedenen Bereichen des World Wide Web rücken bereits bekannte, jedoch bislang eher wenig studierte Aspekte in den Fokus der Forschung. Zum einen gewinnt die algorithmische Komplexität von Rangordnungsproblemen an …
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Regularization based multitask learning with applications in computational biology
… beschrieben wird. Dieser Fall ist in der Bioinformatik von besonderer Bedeutung, da hier oft Informationen aus verschiedenen Organismen zu kombinieren sind und deren Beziehung durch einen Stammbaum beschrieben werden kann. Wir evaluieren die vorgestellten Methoden sowohl auf synthetischen …
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Flexible protein annotation with sequence- and secondary structure information
Eine Standardproblem der Sequenzanalyse in der Bioinformatik ist die Verwandtschaftssuche, bei der eine Datenbank nach verwandten Genen zu einer Anfragesequenz durchsucht wird. Obwohl es hierfür bereits verschiedene Ansätze gibt, ist noch Raum für Erweiterungen vorhanden. Eine Möglichkeit ist es, …
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Sequenz, Energie, Struktur - Untersuchungen zur Beziehung zwischen Primär- und Tertiärstruktur in globulären und Membran-Proteinen
… detektieren, die mit herkömmlichen Methoden der Bioinformatik nicht gefunden werden können. Die letzten beiden Kapitel schließlich geben eine Zusammenfassung bzw. einen Ausblick auf künftige Entwicklungen und Anwendungen des Modells.
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Bioinformatische Identifikation von Domänenunterschieden bei Parasit und Wirt am Beispiel der Malaria
… auch eine Übersicht über die Schwerpunkte der Bioinformatik in Würzburg zusammengestellt (H. Bertram, S. Balthasar, T. Dandekar (2003) Bioforum 1-2: 26-7). Schließlich wird beschrieben, wie die Pathogenomik und Virulenz von Bakterien der bioinformatischen Analyse zugänglich gemacht werden …
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Insights into the evolution of protein domains give rise to improvements of function prediction
The growing number of uncharacterised sequences in public databases has turned the prediction of protein function into a challenging research field. Traditional annotation methods are often error-prone due to the small subset of proteins with experimentally verified function. Goal of this thesis …
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Towards structure and dynamics of metabolic networks
This work presents mathematical and computational approaches to cover various aspects of metabolic network modelling, especially regarding the limited availability of detailed kinetic knowledge on reaction rates. It is shown that precise mathematical formulations of problems are needed i) to find …
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Mass-balanced randomization : a significance measure for metabolic networks
Complex networks have been successfully employed to represent different levels of biological systems, ranging from gene regulation to protein-protein interactions and metabolism. Network-based research has mainly focused on identifying unifying structural properties, including small average path …
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Analyse von Translationsstarts in prokaryotischen Genomen mit Methoden des Maschinellen Lernens
Die exakte Annotation von Translationsstarts in prokaryotischen Genomen mit automatischen Systemen ist noch immer problematisch. Im Folgenden werden zwei Verfahren aus dem Bereich des Maschinellen Lernens zur Verbesserung der Annotation prokaryotischer Genome, vorgestellt: Der …
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Analyse biologischer Signaltransduktionsnetzwerke auf der Grundlage von Genexpressionsdaten
Eine Methode, die Genexpressionsdaten mit biologischem Expertenwissen über Signaltransduktionsnetzwerke kombiniert, um zusätzliche, nicht differentiell exprimierte, Gene oder Genprodukte zu identifizieren, die eine spezifische Rolle für die untersuchten Gewebe bzw. Zustände spielen könnten.
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Detektion funktioneller RNAs in Genomsequenzen
Unter Verwendung bewährter Werkzeuge wird eine Pipeline zur fRNA-Vorhersage in kompletten Genomsequenzen entwickelt. Das Programm ermöglicht sowohl die Vorhersage neuer, bisher unbekannter fRNAs, als auch die Vorhersage der Mitglieder bereits bekannter Familien. Hierbei ist kein Expertenwissen zu …
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A structural classification of protein-protein interactions for detection of convergently evolved motifs and for prediction of protein binding sites on sequence level
BACKGROUND: A long-standing challenge in the post-genomic era of Bioinformatics is the prediction of protein-protein interactions, and ultimately the prediction of protein functions. The problem is intrinsically harder, when only amino acid sequences are available, but a solution is more …
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Context-specific metabolic predictions
All life-sustaining processes are ultimately driven by thousands of biochemical reactions occurring in the cells: the metabolism. These reactions form an intricate network which produces all required chemical compounds, i.e., metabolites, from a set of input molecules. Cells regulate the activity …
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Komparative Genomanalyse zur Stammoptimierung produktionsnaher Bacillus-Stämme
B. licheniformis DSM13 ist ein gram+ , ubiquitär vorkommendes, sporenbildendes Bakterium, das in großem Maßstab für die industrielle Produktion von Exoenzymen eingesetzt wird, weil es hohe Proteinmengen sekretieren kann. Das Genom wurde 2004 im Göttinger Genomlabor sequenziert. Seit der …