Universität Tübingen
Optimierung massenspektrometrischer Methoden zur Identifizierung von HLA-Liganden und ihre Anwendung in der klinischen Forschung
Abstract
T-Zellen spielen bei der Abwehr und Eliminierung von Pathogenen im Körper eine wichtige Rolle. Um entscheiden zu können, welche Körperzelle gesund und welche Körperzelle krank oder entartet ist, gibt es spezielle membranständige Proteinkomplexe auf den Zelloberflächen, die sogenannten Haupthistokompatibilitätskomplexe (MHC von engl. Major Histocompatibility Complex), über die es den T-Zellen möglich ist, den Gesundheitszustand der Zelle zu überwachen. Die Aufgabe der MHC-Moleküle besteht darin, das Proteom einer Zelle in Form von Peptiden, den MHC-Liganden, auf der Zelloberfläche zu präsentieren, so dass den T-Zellen auf diese Weise ein Blick in das Innere der Zellen gewährt wird. Erst diese Art der Peptidpräsentation führt zur T-Zell-Erkennung, welche die Unterscheidung zwischen Selbst- und Fremdantigenen sowie zwischen normalen und entarteten Zellen ermöglicht. Zur Identifizierung und Sequenzierung von MHC-Liganden ist die Massenspektrometrie derzeit unumgänglich. Aufgrund der geringen Probenmengen, die für solche Art Analysen in der Regel zur Verfügung stehen ist es notwendig, die Massenspektrometer sowie die zur Probentrennung vorgeschaltete Hochleistungsflüssigkeitschromatographieanlage bestmöglich aufeinander abzustimmen, um eine größtmögliche Anzahl an Liganden zu charakterisieren. In diesem Zusammenhang wurde auch eine Software getestet, über die diese Sequenzierung automatisiert ablaufen soll. Auf diese Weise war es möglich, über 750 verschiedene Peptidsequenzen, die von 500 µl pelletierter Zellen der B-lymphoblastoiden Zelllinie JY isoliert wurden, eindeutig zu identifizieren. Auf Gebieten der klinischen Forschung war es möglich, mehr als 300 Liganden, die auf Gehirngewebe von Patienten mit Multipler Sklerose präsentiert wurden, zu sequenzieren. Darunter waren auch einige Peptide, die aus Proteinen wie beispielsweise dem Myelin-Basischen Protein stammen, welche in Verdacht stehen, mit dieser Autoimmunerkrankung assoziiert zu sein. Des Weiteren wurde die Methode zur Detektion tumorassoziierter MHC-Peptide auf Zellen oder soliden Geweben verbessert, indem über eine Software vorhergesagte oder bereits bekannte Liganden synthetisiert und nach differentieller N-terminaler Isotopenmarkierung als Eichpeptide einem natürlichen Ligandengemisch als Vergleichsprobe zugesetzt wurden. Über diesen Ansatz wurden zwei Peptide, die aus dem tumorassoziierten Protein Survivin stammen, eindeutig identifiziert.
Author and committee
dc:creator, dc:contributor.*- Author
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- Drews, Oliver
Identifiers
dc:identifier.*- Identifier
- hdl:10900/49566